Вторая группа постановлений войскового собора касается устройства в войске приказов, которые ведали бы управление, вместо московских приказов, осадой осужденных бездействовать, да и не признаваемых более за власть со стороны земли. (Решено было учредить приказы: Большой Разряд и Поместный, которые ведали бы службу и средства содержания служилых людей — поместья; затем Большой Приход, который должен был ведать финансы; приказы Разбойный и Земский, ведавшие уголовные дела и имевшие судебный характер.)
Третья группа постановлений собора касается поместий. Смута внесла беспорядок в поместные дела: одни незаконно захватили себе лишние земли, а у других была отнята и последняя земля; нужно было распутать происшедшую путаницу и водворить порядок. В этих видах решили отобрать: 1) все те поместные земли, владельцы которых не служили в войске, и 2) все те лишние земли, какие окажутся у помещиков сверх их нормального поместного оклада, хотя бы владельцы и находились на службе. Отобранные земли решено было отдать в поместья неимущим и разоренным служилым людям, служащим в войске. Но не все земли, с каких не было службы, решили отобрать; оставлены были поместья: 1) у жен и детей тех дворян, которые были в великом посольстве и которых вместе с главными послами задержал Сигизмунд; 2) у вдов и детей дворян, убитых на службе; 3) у тех дворян, которым поместья, хотя бы и лишние, сверх оклада даны М. В. Скопиным-Шуйским за поход от Новгорода к Москве. (Чем, кроме уважения к памяти Скопина, можно объяснить это любопытное постановление?) Далее позволено было и казакам получать поместья и входить таким путем в ряды служилых людей. Это позволение можно рассматривать как единственную уступку приговора казачеству. В остальном же приговор, как сейчас увидим, направлен против него.
Последнюю группу постановлений составляют постановления о казаках и о тех, кто к ним тянул, т. е. о беглых. Во избежание грабежей, приговорили воротить под Москву в войско всех казаков, разосланных на службу и ушедших в города; впредь за припасами для войска не посылать одних казаков, а с ними командировать служилых людей. Этим стеснялась казачья вольность, над казаками учреждался контроль, отнималась у них возможность поживиться грабежом где-нибудь в стороне от войска. Еще больший удар наносился казачеству тем, что постановили беглых крестьян и холопей, до сих пор считавшихся казаками, возвращать их прежним господам и обращать в прежнее состояние.
Ряд последних постановлений о казачестве, как и весь склад приговора, стремившегося восстановить общественный порядок в его старых формах, показывает нам очень определенно, что на соборе 3 июня служилые люди решительно преобладали над вольными казаками, — элемент общественный взял верх над элементом противообщественным. Хотя под приговором рядом с подписями служилых представителей 25 городов находятся утвердившие приговор и казачьи рукоприкладства, тем не менее казачество много терпело от его постановлений. Хозяевами дел и в лагере подмосковном и во всей стране становились служилые люди, люди исстари установленного общественного порядка и во главе их, конечно, "всего московского воинства властитель" Прокопий Ляпунов. Недаром ошибся летописец, когда, рассказывая об этом приговоре, он написал, что Ляпунов "приказал" его составить; своей ошибкой он точно отметил степень власти Ляпунова, созданную приговором 30 июня.