Видя, что Ирина постриглась и царствовать не хочет, бояре задумали, как говорит предание, сделать Боярскую Думу временным правительством и выслали дьяка Щелкалова к народу на площадь с предложением присягнуть боярам. Но народ отвечал, что он "знает только царицу". На заявление об отказе и пострижении царицы из народа раздались голоса: "Да здравствует Борис Федорович". Тогда патриарх с народом отправился в Новодевичий монастырь и предложил Борису Годунову престол. Борис наотрез отказался, говоря, что прежде надо успокоить душу Федора. Тогда решили подождать выбора царя до тех пор, пока пройдет сорок дней со смерти Федора и соберутся в Москву земские люди для царского избрания. По свидетельству Маржерета, Борис сам потребовал созвания по восьми или десяти человек выборных из каждого города, чтобы весь народ решил, кого надо избрать царем. Это показание Маржерета прекрасно объясняется известием из бумаг Татищева, что бояре хотели ограничить власть нового царя в свою пользу, а Борис, не желая этого, ждал земского собора в надежде, что на соборе "простой народ выбрать его без договора бояр принудит". Если это известие верно, то можно сказать, что в этом деле умный Борис оказался дальновиднее боярства.
В феврале 1598 г. съехались соборные люди и открылся собор. Любопытен его состав. Лиц, участвовавших в этом соборе, считают обыкновенно несколько более 450, но вероятнее, что на соборе присутствовало более 500 человек. Из них духовных лиц было до 100 человек, бояр до 15, придворных чинов до 200, горожан и московских дворян до 150 человек и тяглых людей (но не крестьян) до 50 человек. Соображая численное отношение разных московских групп на соборе, мы имеем возможность сделать следующие выводы: 1) собор 1598 г. состоял преимущественно из лиц служилых чинов, был собором служилым. 2) В состав его входили преимущественно московские люди, а из других городов выборных служилых и тяглых людей было не более 50 человек. Таким образом, на соборе 1598 г. была хорошо представлена Москва и очень неполно вся остальная земля. Но полноты представительства московские люди никогда не достигали. Они стали к ней приближаться только в XVII в., и то далеко не всегда. Поэтому неполнота собора 1598 г. и преобладание на нем московских людей должны считаться естественным делом, а не следствием интриг Бориса, как многие думают. Далее, вглядываясь в состав этого собора, мы заметим, что на соборе было очень мало представителей этого многочисленного класса рядовых дворян, в котором привыкли видеть главную опору Бориса, его доброхотов. И наоборот, придворные чины и московские дворяне, т. е. более аристократические слои дворянства, на соборе были но множестве. А из этих-то слоев и являлись, по нашим представлениям, враги Бориса. Стало быть, на соборе не прошли друзья Бориса и могли пройти в большом числе его противники. Так заставляет думать состав собора — аристократического и московского, и это отнимает у нас возможность предполагать, как делают некоторые исследователи, что собор 1598 г. был подтасован Борисом и потому представлял из себя игрушку в руках опытного лицемера. После статей В. О. Ключевского "О составе представительства на московских соборах" в правильности состава и законности собора 1598 г. едва ли можно сомневаться.
17 февраля собор избрал царем Бориса. Его предложил сам патриарх. Три дня служили молебны, чтобы Бог помог смягчить сердце Бориса Федоровича, и 20 февраля отправились опять просить его на царство, но он снова отказался; отказалась и Ирина благословить его. Тогда 21-го патриарх взял чудотворную икону Божией Матери и при огромном стечении народа отправился с крестным ходом в Новодевичий монастырь, причем было решено, что если Борис опять будет отказываться, то его отлучат от церкви, духовенство прекратит совершение литургий, а грех весь падет на душу упорствующего. После совершения в монастыре литургии патриарх с боярством пошел в келью Ирины, где был Борис, и начал уговаривать его, а в монастырской ограде и за монастырем стояли толпы народа и криком просили Бориса на престол. Тогда, наконец, Ирина согласилась благословить брата на престол, а затем дал согласие и Борис.