Умирая, Федор не назначил себе преемника, а только оставил на всех "своих великих государствах" жену свою Ирину Федоровну. Тотчас после его смерти Москва присягнула царице; ее просили править с помощью брата Бориса Федоровича. Но от царства Ирина наотрез отказалась, съехала из дворца в Новодевичий монастырь и постриглась там под именем Александры. Вместе с сестрой поселился и Борис, а царством правил патриарх и бояре именем царицы. Все понимали, что управление временное и что необходимо избрать преемника покойному царю. Но кто же мог ему наследовать? По общему складу понятий того времени, наследовать должен был родовитейший в государстве человек: но родовые счеты бояр успели к этому времени так уже перепутаться и осложниться, что разобраться в них было не так легко. Род Рюриковичей был очень многочислен, и относительное старшинство его членов определить вряд ли можно было с точностью. К тому же многие из очень родовитых членов были затерты при дворе менее родовитыми, но более счастливыми по службе родичами, а с другой стороны, среди московского боярства было много очень родовитых людей не Рюриковичей. В то время из Рюриковичей особым значением пользовалась родовитая семья князей Шуйских. Она была старше даже князей московских, а рядом с ней стояли во главе боярства очень знатные князья чужого рода — Гедиминовичи, Мстиславские и Голицыны. Наиболее талантливой из этих княжеских фамилий была фамилия Шуйских: не раз давала она государству выдающихся деятелей, отмеченных крупным воинским или административным талантом. Менее блестящи были Мстиславские и Голицыны, но они, как и Шуйские, всегда занимали первые места в рядах московского боярства. По понятиям этого боярства, право быть выбранным на престол принадлежало одному из этих княжеских родов более чем кому-либо другому. А между тем были в Москве два рода не княжеского происхождения, которые пользовались громадным значением при последних царях и по влиянию своему ничем не уступали знатнейшим Рюриковичам и Гедиминовичам, раздавленным и загнанным опричниной. Это старые слуги князей московских: Романовы и Годуновы. Предок Романовых, по преданию, выехал в XIV в. из "Прусс", как выражаются древние родословные. Его потомки были впоследствии известны под именем Кошкиных, Захарьиных и, с половины XIV в., Романовых (от имени Романа Юрьевича Захарьина). Дочь этого Романа Юрьевича в 1547 г. вышла замуж за Ивана IV и таким образом Романовы стали в родстве с царем. Стой поры род Романовых пользовался большой симпатией со стороны народа. В минуту смерти царя Федора было несколько Романовых, сыновей Никиты Юрьевича Романова. Из них самым выдающимся слыл Федор Никитич Романов. И он, и все его братья в это время были известны под именем Никитичей.
Род Годунова был не из первостепенных родов и выдвинулся не родовой честью, а случайно только в XVI в., хотя и восходил к XIV в. Предок Годуновых, татарин Мурза-Чет, приехал, как говорит предание, в XIV в. на службу к московскому князю. Как его потомки успели выдвинуться из массы подобной им второстепенной знати, неизвестно. Пользуясь постоянным расположением Грозного царя, Борис участвовал в его опричнине. Но и в Александровской слободе держал он себя с большим тактом; народная память никогда не связывала имени Бориса с подвигами опричнины. Особенно близки стали Годуновы к царской семье с того времени, как сестра Годунова, Ирина, вышла замуж за царевича Федора. Расположение Грозного к Годуновым все росло. В минуту смерти Ивана IV Борис был одним из ближайших к престолу и влиятельнейших бояр, а в царствование Федора влияние на дела всецело перешло к Борису. Он не только был фаворитом, но стал и формальным правителем государства. Это-то значение Годунова и обусловливало ненависть к нему бояр; несколько раз они пробовали с ним бороться, но были им побеждены. Влияние его поколебать было нельзя, и это было тем горше для боярства, что оно предугадывало события. Оно понимало, что бездетность Федора может открыть путь к престолу тому из бояр, кто будет сильнее своим положением и влиянием. А сила Годунова была беспримерна. Он располагал большим имуществом (Флетчер считает его ежегодный доход в 100 000 р. и говорит, что Борис мог со своих земель поставить в поле целую армию). Положение Бориса при дворе было так высоко, что иностранные посольства искали аудиенции у Бориса; слово Бориса было законом. Федор царствовал, Борис управлял; это знали все и на Руси, и за границей. У этого-то придворного временщика и было более всех шансов по смерти Федора занять престол, а он отказался и ушел за сестрой жить в монастырь.