В период Муромати имели место ряд качественных изменений в социально-экономической жизни Японии. В сельском хозяйстве стали использовать производительные инновации — водяные колёса, тягловую силу животных и природные удобрения, что позволило собирать урожаи злаков дважды в год. Наряду с этим получило распространение прикладное садоводство для изготовления шёлка, красителей, лака, масла. В 16 веке началось разведение хлопка, который был завезена из Кореи. В ремёслах появилась региональная специализация, а в металлургии произошло разделение на кузнечное и литейное. Ремесленники, которые работали под патронатом светских или духовных вельмож, объединялись в корпорации дза, и, платя дань патрону, получали монопольные права на производство и продажу своей продукции. Благодаря развитию сельского хозяйства и ремесел активизировалась торговля. На главных путях и перед воротами храмов и святилищ начали устраивать периодические ярмарки. С подъёмом производства возникли посреднические общества морских и сухопутных перевозчиков.
С развитием производства и транспорта стали возникать городки торговцев и ремесленников, преимущественно в местах проведения ярмарок. Наиболее состоятельные центры, такие как Сакаи и Хаката, пользовались автономией, имели коллегиальные органы управления и армию. В Киото появились квартальные объединения мещан для защиты города от частых самурайских погромов. Движение самоуправления достигло и сёл, где появились сельские общины со во главе с местными самураями и зажиточными крестьянами. Они часто поднимали восстания для защиты своих прав от произвола центральной власти и местных властителей.