Столичный сёгунат способствовал симбиозу культур аристократии и самурайства, что дало рождение новой японской культуре. её особенностями были мощное влияние дзэн-буддизма и китайских эстетических ценностей.
Культуру начала 15 века называют культурой Китаяма, по названию одноименной горы, на которой сёгун Ёсимицу возвел свою резиденцию, так называемый Золотой павильон. Этой культуре были присущи величие и великолепие в архитектуре и искусстве. Одной из её главных вех было появление театра Но. Через полвека, во времена управления Асикаги Ёсимасы, оформилась новая культура Хигасияма, названная в честь местности, где был возведен Серебряный павильон. Эта культура базировалась на идеях изысканности и простоты, так называемых принципах ваби и саби. В это же время стал популярным «кабинетный стиль» интерьера, появились японские каменные сады, татами, японская чайная церемония и искусство аранжировки цветов икебана. В изобразительном искусстве приобрели популярность монохромные картины суми-э, лучшие из которых принадлежат художнику Сэссю. Одновременно возникла художественная школа Кано, которая творила в разноцветном стиле ямато-э.
Постепенно элементы элитарной культуры начали проникать в культуру народную. Из-за опустошения столицы войнами много аристократов и монахов покидали её, неся киотоские обычаи и знания в регионы. При провинциальных храмах стали открываться школы для детей знати и крестьянства. В литературе появился новый вид колаборативних поэзии рэнга и жанр иллюстрированных рассказы отогидзоси. Японские кулинары впервые начали широко использовать соевый соус и приправу мисо. В городках и сёлах традиционным стало торжественное проведение праздников мацури и танцев, например, на праздник Обон.