Война в Малайе была объявлена 18 июня 1948 г. после убийства трех управляющих членами коммунистической партии Малайи (сокр. МКП). Участие Австралии началось в июне 1950 г., после которого в ответ на запрос Великобритания отправила шесть самолетов Avro Lincoln от 1-й эскадрильи и Dakotas от 38-й эскадрильи, прибывших в Сингапур и образовавших часть британских Содружеских дальневосточных ВВС. Dakotas позднее использовались для перевозки грузов, солдат и разбрасывания листовок, а самолеты Avro Lincoln осуществляли бомбардировки на коммунистическо-террористические базы. ВВС были особенно успешны в воздушных боях; одним из ярких примеров является так называемая операция «Термит», во время которой пять бомбардировщиков Avro Lincoln уничтожили 181 коммунистический лагерь, убили 13 коммунистов и заставили капитулировать, а затем присоединились в операцию Королевских ВВС Великобритании и сухопутных войск.
Австралийские сухопутные войска высадились в Малайе в октябре 1955 г. в составе Дальневосточного стратегического резерва. В январе 1956 г. первая пехота в составе 2-го Батальона Королевского австралийского полка развернулась на Малайском полуострове. Батальон участвовал, в основном, в операциях по «зачистке» следующие 20 месяцев, проводя обширное патрулирование, включая прилегающие территории коммунистическо-террористических лагерей, являясь частью 28-й британской Содружеской бригады. Контакт с врагом был нечастым, а результаты малы — относительно немного убитых. 2-й Батальон покинул Малайзию в октябре 1957 г. и сменился 3-м Батальоном. Последний прошел шесть недель обучения в джунглях, после чего стал отбрасывать силы МКП обратно в джунгли Перака и Кедаха. Новый батальон широко участвовал в патрулированиях и засадах. Контакт с противником снова был нечастым, однако он добился больше успехов, чем его предшественник. К концу 1959 г. операция против МКП вошла в финальную фазу, после которой большинство коммунистов были отброшены к границе с Таиландом и за нее. 3-й Батальон покинул Малайзию и снова сменился 1-м Батальоном, которому не пришлось контактировать с повстанцами, после чего в октябре 1960 г. он сменился на 2-й Батальон, дислоцировавшийся в Малайзии до августа 1963 г. Война в Малайе официально закончилась 31 июля 1960 г.
Австралией в качестве поддержки предоставлялись артиллерия, техническая помощь и самолеты. Королевские ВМС Австралии служили в малайских водах, атакуя найденные позиции коммунистов в 1956—1957 гг. Война была для Австралии самым продолжительным действием в её военной истории. В войне участвовали 7 000 австралийских солдат, среди них 51 погиб, хотя только 15 из них участвовали в операциях, и еще 27 раненых.