Получив эти известия, императрица приказала предложить Совету следующие меры, чтоб, сколько возможно, остановить распространение заразы: 1) установить карантин для всех выезжающих из Москвы верстах в тридцати от этой столицы как по большим, так и проселочным дорогам; 2) Москву, если возможность есть, запереть и не впускать никого без дозволения гр. Солтыкова; 3) обозы со съестными припасами останавливать в семи верстах от Москвы в назначенных местах: сюда московским жителям приходить и закупать то, что им нужно, в назначенные дни и часы; 4) на этих местах московская полиция должна между покупщиками и продавцами разложить большие огни и сделать надолбы; должна наблюдать, чтоб городские жители до приезжих не дотрогивались и не смешивались вместе, деньги обмакивать в уксус; 5) московский архиерей должен по отправленному из Синода формуляру приказать читать по церквам молитвы о прилипчивой болезни во всей своей епархии, дабы народ еще больше остерегался от опасности; то же велеть делать во Владимирской, Переяславской, Тверской и Крутицкой епархиях. Для города Петербурга установить на Тихвинской, Старорусской, Новгородской и Смоленской дорогах во ста верстах карантин, хотя семидневный, и если не окажется болезни, то пропускать, окуривая людей и вещи, обмакивая в уксус письма и прочее, как положено будет. Тотчас после просухи вывести все воинские команды в лагерь не в ближнем и не в дальнем расстоянии от города, всякий полк или команду особо, и для того заранее выбрать места и дать повеления. Хорошо было бы, если бы и морское начальство то же сделало. Под воинскими командами разумеются здесь и полки гвардии. Совет, рассуждая об этих мерах, решил представить императрице, не угодно ли будет в Петербурге назначить особу, которая была бы в состоянии независимо от предписаний своею расторопностию принимать все нужные меры: В ведении этой особы будут заставы, которых всего лучше устроить три: в Чудове, Бронницах, Твери и Ладоге; что же касается Москвы, то пункты ее в-ства послать фельдмаршалу Солтыкову с тем, что "сие предписание предподается яко способы ко употреблению по усмотрению на месте, поелику распространение болезни требовать будет по оным исполнения".
В то же заседание Совета 28 марта приглашены были доктор Ореус и московский губернатор Юшков. Первый объявил, что по долгу и званию своему признает болезнь заразительною и что сам больных осматривал. Юшков донес, что московские медики на этот счет между собою не согласны.
Императрица согласилась со мнением Совета, и карантинное устройство было поручено генерал-поручику гр. Брюсу. Совет еще прежде, 21 марта, рассуждал, что по старости гр. Солтыкова охранение Москвы от заразы надобно поручить кому-нибудь другому, но остановился затем, что это будет предосудительно главному командиру. Но императрица не остановилась, и распоряжение всеми мерами против чумы в Москве было поручено генерал-поручику сенатору Петру Дмитр. Еропкину.
Солтыков признавал необходимость внутренних мер очищения Москвы как от зачумленных, так и от условий, благоприятствующих распространению заразы, но по-прежнему стоял против оцепления столицы как невозможного по ничтожному количеству войска, крайне стеснительному и могущему потому повести к волнениям. Он писал императрице 4 апреля: "В установлении карантина для всех выезжающих, кажется, надобности нет, а более в том неудобство; также въезд в Москву запретить весьма опасно: почти весь город питается покупным хлебом; ежели привозу не будет, то будет голод, все работы станут, за семь же верст никто не пойдет покупать, а будет грабить; и без того воровства довольно. Москву запереть способу нет, городу нет, Белый разломан, войска нет, кем окружить? Лучше, чтоб разъезжались по деревням на чистый воздух, в городе тесноты менее будет".
Солтыкову не понравилось назначение Еропкина, что видно из письма его от 21 апреля: "Как по повелению в. в-ства все оное поручено генерал-поручику сенатору Еропкину, предосторожности же все сначала взяты, кажется, больше нечего делать, только ему остается наблюдать учрежденное, того ради все от меня ему попечение поручено, только чтобы меня уведомлять в известие".
Между тем ход болезни в Москве был такой: от 7 апреля Солтыков доносил, что, кроме Угрешского и Симонова монастырей, умерших и больных нет. 18 апреля писал, что вывелено из Москвы фабричных в Симонов, Данилов и Покровский монастыри 943 человека обоего пола. 25 мая в Петербурге в первом департаменте Сената читалось ведение московских департаментов, что так как теперь большая часть работников, бежавших с Суконного двора в карантины, уже собрана и несысканных осталось очень немного, то в удовольствие обществу разрешено топить бани. 30 мая Солтыков прислал утешительное известие, что в карантинных монастырях умерших и вновь заболевших никого нет, только в Угрешском 9 человек больных. Поэтому последовал указ императрицы распустить фабричных, содержавшихся по карантинам в Покровском и Даниловом монастырях, и позволить им жить всюду по частным квартирам, что и было исполнено. Но с двадцатых чисел июня в Симонове монастыре опять появилась язва: умерло 10 фабричных, заболело 6. С этих пор болезнь начала усиливаться. Еропкин действовал неутомимо, сделал все, что мог, учредив крепкий, по-видимому, надзор за тем, чтоб каждый заболевший немедленно препровождался в больницу, или так называемый карантин, вещи, принадлежавшие чумным, истреблялись немедленно; но ни Еропкин, никто другой не мог перевоспитать народ, вдруг вселить в него привычку к общему делу, способность помогать правительственным распоряжениям, без чего последние не могут иметь успеха; с другой стороны, ни Еропкин, никто другой не мог вдруг создать людей для исполнения правительственных распоряжений и надзора за этим исполнением - людей, способных и честных, которые бы не позволяли себе злоупотреблений. Жители Москвы не столько боялись чумы, сколько больниц, или так называемых карантинов, и потому скрывали больных, не объявляли о них начальникам, которых Еропкин поставил в каждой части города. Другие, оставляя больных одних в домах безо всякой помощи и попечения, сами разбегались и разносили повсюду болезнь и ужас. Иные скрытно выносили из домов мертвых и кидали на улице для того, чтоб не лишиться зараженных пожитков и не подвергнуться осмотру назначенных для того людей. Какого же рода злоупотребления позволяли себе последние, это обозначено в манифесте императрицы: "Наша воля есть, чтоб при осмотре домов и при вывозе в карантин и тако на месте со всеми поступлено было со стороны начальников и приставленников со всем возможным человеколюбием и попечением и чтоб всякий по своему состоянию все к жизни нужные выгоды имел. Всякое же угнетение, утеснение, грубость и нахальство всем и каждому запрещаем употребить, наипаче же паки и паки наистрожайше запрещаем всем начальникам и подчиненным брать взятки, вынуждать у кого бы то ни было деньги и лихоимствовать под каким бы то предлогом ни было как при осмотрах, так и при выводе в карантин... Слух же есть, что таковых беспорядков много ныне на Москве".