Несмотря на это объявление скопчества как дела гражданского, а не церковного, церковь должна была заняться им, когда жены двенадцати оскопленных крестьян, возвращенных помещику, подали просьбу о позволении вступить им во второй брак. Синод решил, что эти женщины как ни в чем не виновные имеют право отвергнуть от себя супругов, которые браком возгнушались и тем уничтожили благословение церкви, данное им на супружество. Позволив женам скопцов вступать в новый брак, относительно самих скопцов Синод постановил: семь лет не допускать их до св. причащения, кроме смертного случая, а исповедоваться им дважды в год.
В 1769 году несколько раскольнических учителей были сосланы в Азовскую и Таганрогскую крепости для определения в военную службу, причем Военной коллегии было предписано иметь за ними наикрепчайшее наблюдение, чтоб они между собою никакого сообщения не имели и прелести своей не рассевали. Но предписание не исполнялось. Воронежский губернатор донес Сенату, что один из таких сосланных, солдат Степан Кузнецов, часто отлучаясь от своей команды на прежнее свое место жительства, в Воронеж, распространял в этом городе раскол; особенно усердными его ученицами явились женщины, из которых две крестьянки, Варвара Ефимова и дочь сержанта Овчинникова девица Акулина, торжественно на площади проповедовали народу о необходимости двуперстного сложения. У раскольников нашли четыре псалма, которые они пели в своих собраниях, причем Акулина Овчинникова и мать ее Мавра показали, что петь эти псалмы научил их бог. Сенат наикрепчайше подтвердил, чтоб сосланные в крепости за отступление от благочестия отнюдь не были отпускаемы на прежние жилища, но прибавил распоряжение: из всех вступивших теперь о раскольниках в Сенат дел, сочиня экстракт, отослать в св. Синод на его примечание, с тем чтоб благоволил духовным властям дать наставление: при случае производства следствий о каких-нибудь суевериях подлежащие духовному суду люди требованы были в консисторию со всевозможным осмотрением и осторожностью, чтоб как-нибудь и таким, которые к суевериям непричастны, не могло быть причинено ни малейшего притеснения и чрез то "не произвесгь бы существительного вида инквизиции". Мы видели, что Синод указывал на построение раскольниками часовни с колоколами на реке Иргизе. Узнали, что на обеих реках Иргизах образовались раскольничьи скиты, служащие убежищем для беглых, вследствие чего Сенат предписал казанскому губернатору Бранту отправить туда команду и осмотреть все скиты вдруг, чтоб раскольники не могли укрыться из одного скита в другой; этим способом в них найдено беглых разного звания мужчин и женщин 44 человека.
Такого же рода щекотливые отношения продолжались по делам магометан. Синод жаловался, что в Казани вопреки прежним указам построены мечети подле православных церквей и что прежний губернатор Квашнин-Самарин, с позволения которого это сделано, объявил о получении им на это устного указа от императрицы. На доклад Сената об этом Екатерина велела отвечать: "Как всевышний бог на земле терпит все веры, языки и исповедания, то и она из тех же правил, сходствуя его святой воле, и в сем поступает, желая только, чтоб между подданными ее всегда любовь и согласие царствовали; а впрочем, ее в-ство приказать соизволили Сенату объявить, что бывший губернатор Квашнин-Самарин дозволение строить каменные мечети сделал в сходственность данного большого наказа 494, 495 и 496-й статей". Месяца через два Синод дал знать Сенату, что магометане, приезжая в Барабинскую степь, обращают в свою веру обращенных недавно в христианство идолопоклонников, и хотя сибирский губернатор въезд туда татарам и бухарцам запретил, однако все же происходят от них разные обольщения: так, разглашают, будто бы из Сената прислан указ, которым позволено им и мечети там строить, отчего новокрещенные, пришедши в соблазн, перестали ходить в церковь, особенно же к исповеди и причастию. Сенат приказал: тобольскому губернатору предписать, чтоб он не запрещал магометанам совершенно въезда к новокрещенным, ибо они могут приезжать для торговли, а приказал бы только накрепко смотреть, чтоб они не совращали новокрещен в свою веру. Что же касается наказания кнутом совратившихся из христианства, то от него совсем удержаться и стараться приводить их в благочестие посредством духовных лиц одним увещанием и ласкою, а не наказанием. Что же касается разглашения, будто бы дозволено строить мечети, даже и каменные, то губернатор должен их уверить, что это разглашение неосновательно.
Мы видели, что Екатерина при своем основном стремлении: действовать против безнравственных явлений средствами нравственными, а не жестокостию наказаний, обращалась за помощью к церкви, как то поступлено было в деле Жуковым. И в описываемое время она продолжала поступать таким же образом преимущественно в делах по убийствам крестьян своими помещиками. О дворянке Мориной, убившей свою крепостную, Екатерина написала: "Посадить на 6 недель на хлеб и на воду и сослать в женский монастырь на год в работу". По решению Екатерины белозерские помещики Савины за убийство крестьянина посажены в тюрьму на полгода и потом преданы церковному покаянию. Капитанша вдова Кашинцева за прижитие с человеком своим младенца и несносное телесное наказание служанки, от которого та повесилась, приговорена была на шесть недель в монастырь на покаяние. Жена унтер-шахмейстера Гордеева была присуждена к содержанию месяц в тюрьме и церковному покаянию за истязание своей дворовой, от которого та скоро умерла. Сенат при этом приказал взять с нее подписку, чтоб она вперед от таких наказаний удержалась; но императрица переменила сенатское решение и написала: отдать ее мужу, с тем чтоб он ее впредь до такой суровости под своим ответом не допускал.