В медицинском факультете сначала был также один профессор, Керштенс, читавший врачебное веществословие; в 1764 году поступил Эразмус, первый открывший кафедру анатомии, хирургии и повивального искусства; для его лекций был устроен анатомический театр; но полиция не хотела исполнять требований университетского начальства, не доставляла трупов.
В 1757 году читался в университете на французском языке курс экспериментальной физики аббатом Франкози. "Собрание было немалое любителей наук, между которыми находились и дамские персоны".
В обеих гимназиях было 36 учителей: 16 русских и 20 иностранцев. О преподавании в этих гимназиях мы имеем несколько известий в записках Фон-Визина, бывшего одним из первых учеников университета. Здесь для уразумения слов Фон-Визина надобно заметить, что гимназии были слиты с университетом и об ученике, проходившем гимназический курс, говорилось, что он учится в университете. "Самая справедливость, - говорит Фон-Визин, - велит мне предварительно признаться, что нынешний (т. е. позднейший) университет уже не тот, какой при мне был. Учителя и ученики совсем ныне других свойств, и, сколько тогдашнее положение сего училища подвергалось осуждению, столь нынешнее похвалы заслуживает, Я скажу в пример бывший нам экзамен в нижнем латинском классе. Накануне экзамена делают приготовление; вот в чем оно состоит: учитель наш пришел в кафтане, на коем было пять пуговиц, а на камзоле четыре; удивленный сею странностию, спросил я учителя о причине. "Пуговицы мои вам кажутся смешны, - говорил он, - но оне суть стражи вашей и моей чести, ибо на кафтане значут пять склонений, а на камзоле - четыре спряжения; итак, - продолжал он, ударя по столу рукою, - извольте слушать все, что говорить стану. Когда станут спрашивать о каком-нибудь имени, какого склонения, тогда примечайте, за которую пуговицу я возьмусь: если за вторую, то смело отвечайте: второго склонения. С спряжениями поступайте, смотря на мои камзольные пуговицы, и никогда ошибки не сделаете". Вот каков был экзамен наш! Тогдашний наш инспектор покровительствовал одного немца, который принят был учителем географии. Учеников у него было только трое. Но как учитель наш был тупее прежнего латинского, то пришел на экзамен с полным партищем пуговиц, и мы, следственно, экзаменованы без всякого приготовления. Товарищ мой спрошен был: "Куда течет Волга?" "В Черное море", - отвечал он. Спросили о том же другого моего товарища. "В Белое", - отвечал тот. Сей же самый вопрос сделан был мне. "Не знаю", - сказал я с таким видом простодушия, что экзаменаторы единогласно мне медаль присудили. Как бы то ни было, я должен с благодарностию воспоминать университет, ибо в нем, обучась по латыни, положил основание некоторым моим знаниям. В нем научился я довольно немецкому языку; и паче всего в нем получил я вкус к словесным наукам. В бытность мою в университете учились мы весьма беспорядочно, ибо, с одной стороны, причиною тому была ребяческая леность, а с другой - нерадение и пьянство учителей. Арифметический наш учитель пил смертную чашу, латинского языка учитель был пример злонравия, пьянства и всех подлых пороков, но голову имел преострую и как латинский, так и российский язык знал очень хорошо". У Фон-Визина встречаем также известие о курсе Шадена, бывшего ректором гимназии: "Сей ученый муж имеет отменное дарование преподавать лекции и изъяснять так внятно, что успехи наши были очевидны". Шаден преподавал логику на латинском языке.
Фон-Визин поминает университет добром за то, что выучился в нем хорошо по-латыни и довольно немецкому языку. Но другие воспитанники университета не могли похвалиться последним. Когда генерал-поручик Корф, управлявший во время Семилетней войны завоеванною провинциею Пруссиею, потребовал присылки к нему молодых людей, которые могли бы служить при нем переводчиками французского, немецкого и польского языков, то правительство обратилось в университет, и тот выслал в Кенигсберг четырех студентов и шесть человек учеников. Но когда они приехали в Кенигсберг, то Корф нашел, что в переводчики они не годятся да и ни к каким должностям определить их нельзя по незнанию немецкого языка, притом же ученики несовершеннолетние и только начали учиться. Губернатор назад отсылать их не заблагорассудил и распорядился таким образом: "Приемля в рассуждение, что оные студенты и ученики как уже несколько лет обучались и на то немалый кошт употреблен, приказал обучаться им наукам в Кенигсберге во всем, как и прочие там студенты и ученики употребляются, и жалованья давалось студентам по 90, а ученикам по 50 рублей в год".
Сравнительно университет стоял высоко, несмотря на свою юность; лучшие молодые люди из окончивших курс в других учебных заведениях отсылались в университет для дальнейшего образования: так, в 1756 году Сенат приказал кадетского корпуса капралу Кожину за хорошее его обучение против прочих выпущенных из корпуса капралов дать чин подпоручика и отослать в Московский университет по требованию куратора Шувалова. Университет должен был увеличить число приготовленных молодых людей русских для таких занятий, для каких до сих пор употреблялись иностранцы. В 1761 году Медицинская канцелярия напечатала в газетах приглашение иностранцам отдавать детей своих для обучения хирургии. Сенат велел призвать главного доктора в Медицинской канцелярии Лерха и секретаря и внушить им, что объявление в "Ведомостях" сделано очень неосновательно и чтоб вперед в таких делах поступали осторожно, ибо для обучения хирургии можно сыскать довольно и русских людей, как-то: из Московского университета, из Академии наук, из семинарий и других училищ, где преподается латинский язык. До сих пор каждая коллегия имела свою школу, образовывала для себя молодых людей, носивших название юнкеров. В 1763 году вышел указ: в Сенате и прочих местах юнкеров не иметь, а наличных всех из дворян поместить в сухопутный и морской корпуса, а не из дворян - в Московский университет, а других, которые по летам не могут учения продолжать, - в военную и гражданскую службу по способностям.