Наступил 1764 год. Шлецер приближался к тридцатому году своей жизни. Ему было хорошо в Петербурге, но его беспокоило будущее. "До сих пор, - писал он Михаелису, - перекочевывал я, как номад, из одной науки в другую не по юношеской ветрености, но увлекаемый течением обстоятельств... Многоразличные сведения, которые я чрез это приобрел, должны быть мне полезны, когда я наконец остановлюсь на чем-нибудь одном". О путешествии на Восток уже нечего было больше думать; Шлецер начал думать о том, следует ли ему оставаться в Петербургской Академии, издавать русские летописи, создавать русскую статистику, распространять в великом русском народе познания о других народах. Первое изучение русских летописей было для него очень привлекательно.
Но Шлецер по природе своей не был способен к страстным привязанностям, не был способен забывать все для любимого предмета занятий; до тридцати лет этого любимого предмета он еще не нашел, кочевал от одной науки в другую. По своей расчетливой природе он при начале каждого труда спрашивал: а что я за него получу, какие приобрету материальные выгоды? Так и теперь спрашивал он себя: какая мне будет награда, если я, прекратив кочеванье, остановлюсь на русской истории? Место ординарного профессора с 860 рублями жалованья! Но в Петербурге этим жить нельзя, особенно если жениться. Шлецер начал думать, что надобно оставить Россию и в Германии издать свои Rossica, т. е. приобретенные материалы по русской истории и статистике. Весною 1764 года Шлецер подал доношение в Академию, где, во-первых, просил об отпуске в Германию на три года, во-вторых, просил, что если Академия одобряет его деятельность и считает достойным оставаться при ней, то чтоб соблаговолила сообщить ему свое решение до его отъезда, причем он желает представить план занятий, которые он намерен предпринять в будущем для пользы наук. вообще и для распространения их в русской публике. План распадался на два: первый заключал указания, как изучать отечественные памятники критически, грамматически и исторически и как изучать иностранные памятники, заключающие известия о русской истории. Второй план касался распространения сведений в русском народе. Миллионы русских людей, представлял Шлецер, могут читать и писать, сотни тысяч могут читать книги и страстно стремятся к приобретению сведений. Но иностранные языки известны немногим, следовательно, надобно помогать большинству в приобретении познаний посредством переводов; кто же должен помогать? Разумеется, Академия, столь богатая средствами; ее призвание состоит не в том только, чтоб делать открытия по наукам для целого мира; ее русский мир к ней ближе. Но что она сделала? Байер и другие издали очень хорошие, самостоятельные, непереводные учебники для молодого императора Петра II; но с 1736-го по 1764-й печальное затишье и ни одного самостоятельного сочинения, все одни переводы. Латинские комментарии Академии заключали в себе, конечно, важные статьи, но русские не читали их, русские считали большие суммы, которые шли на Академию, и громко говорили, что за такие суммы народ получает только календарь, от этого уменьшается уважение к иностранцам, из которых преимущественно состоит Академия. Последняя, по мнению Шлецера, должна была распространять в русском народе сведения в малых приемах, римскую историю, например, издать не в 26 томах (намек на Тредиаковского), а в одном или двух; многотомные классические сочинения иностранных писателей не издавать; даже легкие, всем доступные иностранные сочинения должно не переводить, а переделывать. Шлецер предлагал свои услуги при составлении учебников или народных книг по предметам, ему известным: по истории, географии и статистике; он предлагал или переделывать уже существующие иностранные сочинения, или из девяти хороших сочинений составлять десятое.
Против продолжения деятельности Шлецера в Академии с обычною своею страстностию вооружился Ломоносов. Его подозрительность к немцам, к их властолюбивым, вредным замыслам была возбуждена в высшей степени. До сих пор иностранцы, вызывавшиеся в Академию, занимались каждый своею наукою; Мюллер занимался русскою историею, был русским историографом, и за то Ломоносов зорко следил за каждым его шагом в самостоятельной деятельности по русской истории, не проводит ли иностранец каких-нибудь нехороших мыслей, не оскорбляет ли величия русского народа, постоянно придирался, постоянно протестовал. Но вот теперь является немец, который едва приехал в Петербург, едва успел познакомиться с русским языком, с русскими древними письменными памятниками, как уже хочет распоряжаться полновластным хозяином и в области русской истории, и в области русского языка. Дерзость неимоверная! Но понятно, что сам он не мог дойти до такой степени дерзости: это все Тауберт, он принял Шлецера под свое покровительство, когда тот рассорился с Мюллером, заплатив ему черною неблагодарностию; он приставил Шлецера учителем к гетманским детям, ввел его в Академию и теперь хочет противопоставить ему, Ломоносову, и в занятиях русскою историею, и даже русским языком: Шлецер по настоянию Тауберта уже написал русскую грамматику. Самую сильную выходку сделал Ломоносов против этой грамматики: "Хотя всяк российскому языку искусный легко усмотреть может, сколь много нестерпимых погрешностей в сей беспорядочной грамматике находится, показующих сочинителевы великие недостатки в таковом деле, но больше удивится его нерассудной наглости, что, зная свою слабость и ведая искусство, труды и успехи в словесных науках природных россиян, не обинуясь, приступил к этому и как бы некоторый пигмей поднял Альпийские горы. Но больше всего оказывается не токмо незнание, но и сумасбродство в произведении слов российских". Приводя несколько словопроизводств, Ломоносов заключает: "Из сего заключить можно, каких гнусных пакостей не наколобродит в российских древностях такая допущенная в них скотина". Мюллер в своем отзыве нисколько не отрицал достоинств Шлецера; он настаивал на одном - что этот ученый непрочен Академии и России: "Если он обяжется служить два, три, пять, положим, десять лет, то, чем долговременнее будет его пребывание в России, тем больше он добудет в свои руки известий о ней, которыми по возвращении в Германию он воспользуется с большою для себя выгодою; но я не вижу, что же выйдет из этого для чести и пользы России?"