Теперь уже никто не назначал товарища Разумовскому, хотя по-прежнему не он управлял Академиею. Ломоносов продолжал болеть, но это положение его не стесняло его врагов. Разумовский подписал предложение взять из-под его ведения географический департамент. Больной лев не дал себя лягнуть: он подал в Академическую канцелярию представление: "Мое о новом российском атласе рачение не токмо географическому департаменту и Академической канцелярии, но и Правительствующему Сенату довольно известно, ибо 1) моим хождением истребованы от Сената указы, во все города российского государства разосланные с запросами географическими, и получаются довольные ответы. 2) Получено от Сената позволение и определены требованные вспоможения для географических экспедиций по моему ж представлению. 3) Из Камер-коллегии истребованы и присылаются реестры душ мужеска полу для великой надобности к сочинению российского атласа моим же старанием. 4) Сочинено 9 российских ландкарт к новому российскому атласу под моею же дирекциею. 5) Геодезисты и студенты географического департамента, кои прежде ландкарты только копировали, ныне же уже сами от себя их сочиняют чрез мое попечение. 6) Сочинена экстрактом топография тех городов, из коих присланы довольные ответы под моим старанием. Вместо награждения за неусыпное мое о географическом департаменте старание и успехи вижу себе горестное наказание, ибо что может быть несноснее, как моим рачением исходатайствованные и расположенные к полезному успеху способы видеть от меня по ложным причинам отнятые с поношением за благодарение!" Ломоносов удержал за собою географический департамент.
Несмотря на ослабление сил, Ломоносов не переставал заботиться об академической гимназии и о том, чтоб русским ученым даны были все средства заниматься наукою, просил прибавить по 12 рублей на содержание гимназиста. "Ей, - писал он, - по нынешней дороговизне 36 рублями содержать невозможно". Просил о доступности для профессора Попова обсерватории, также для адъюнкта Красильникова, геодезистов и студентов, "ибо оная для того и построена, чтобы пользоваться природным россиянам к пользе отечества". К этому же времени относится любопытная для истории русского просвещения записка Ломоносова о трудах его по академическому университету и гимназии. "По вручении ему, Ломоносову, в единственное смотрение университета соединил он студентов в общежитии, снабдив довольным столом, приличным платьем и прочими надобностями; учредил порядочные лекции и издавал их каталоги, как в университетах ведется. В гимназии хотя немало было гимназистов, однако в весьма бедном и бесполезном состоянии, затем что: 1) жалованье им давалось в руки, которое брали себе их родители или свойственники и держали больше на себя, нежели на школьников, так что в школы приходили в бедных рубищах, претерпевали наготу и стужу и стыдно было их показать посторонним людям. Притом же пища их была весьма бедная и един иногда хлеб с водою. В таких обстоятельствах наука мало шла им в голову. 2) Да и времени им к тому не было, затем что дома должны были служить отцу и матери для бедности, и, в гимназию ходя по дальнему расстоянию, теряли лучшие часы, и всегда случай имели резвиться и от школ отгуливать. И так не дивно, что чрез семь лет не было произведено из гимназии в университетские студенты ни единого человека. Но после поручения оной гимназии советнику Ломоносову в единственное смотрение все оные неудобства отвращены и пресечены, ибо гимназисты соединены, как и студенты, в общежитие, снабдены приличною одеждою и общим довольным столом по мере определенного им жалованья; не теряют времени ни ходьбою на дома, ни службою родителям, ниже заочною резвостию, будучи у инспектора гимназии и у нарочных надзирателей перед глазами в одном доме".
Только весною 1763 года в Москве узнали или начали думать о просьбе Ломоносова. 23 апреля императрица писала Олсуфьеву: "Я чаю Ломоносов беден; сговоритесь с гетманом, неможно ль ему пенсион дать, и скажи мне ответ". 2 мая дан был именной указ Сенату о вечной отставке Ломоносова с оставлением по смерть половинного жалованья и с производством в статские советники, но 13 мая указ был вытребован назад из Сената, по каким побуждениям - неизвестно. Быть может, успели внушить, что причиною просьбы Ломоносова об отставке была не болезнь, но неудовольствие, обида, что нельзя жертвовать Ломоносовым какому-нибудь Тауберту. Трудно было не поразиться мыслию, что в Академии уже не будет более Ломоносова; употреблялись все усилия, чтоб вызвать знаменитых иностранных ученых в Академию, и в то же время лишали Академию своей признанной знаменитости! У современников была привычка дурно отзываться об Академии, говорить, что она наполнена иностранцами, бесполезна для России; повторяли обыкновенно слова Ломоносова и забывали о самом Ломоносове, забывали, что в Академии находится русский ученый, который один стоит многих и многих других и которого знаменитая деятельность тесно, неразрывно была соединена с Академиею. Ломоносов без Академии, Академия без Ломоносова были немыслимы. Ломоносова оставили в Академии и в конце года дали ему чин статского советника и назначили жалованья 1875 рублей.