Недовольная докладом комиссии, императрица оставила дело без решения до 1785 года; а между тем известия, которые она получала из-за границы о поведении там русских дворян, утверждали ее в мнении, что комиссия слишком зашла вперед. Так, между прочим, она писала вице-канцлеру кн. Голицыну: "Князь Александр Михайлович, меня просят, дабы я вывезла из Парижа Дмитрия Мих. Матюшкина, который там во всем разорительную и развращенную жизнь ведет. Я все оное наперед пророчествовала, но меня не послушали. Прикажите писать, чтоб он сюда без замедления ехал". Этот пример не был единственным.
Кроме постановления о вольности дворянской, требовавшего пересмотра, от Петра III оставалось постановление о раскольниках 29 января, утверждавшее за ними свободное отправление веры с указанием на магометан и идолопоклонников, не терпящих никакого притеснения в их вере. Указ возбудил сильные надежды раскольников, которые обращались теперь к Екатерине с новыми требованиями. Дело было передано в Синод, но Синод медлил по важности и трудности дела. От 28 февраля сохранилась записка императрицы к Глебову: "Александр Иванович, разбуди преосвященных новгородского и псковского об раскольническом деле, что они хотели написать: я от оных людей (т. е. от раскольников) еще сегодня просительное письмо получила". Преосвященные - Димитрий новгородский и Гедеон псковский - подали мнение: "Пастыри российской церкви крайнее старание прилагали и прилагают о единстве веры не только относительно догматов и обрядов, и многие книги ими сочинены на показании самой истины, но кроткие способы не великое возымели действие. Тогда такоже ревностию приведены, пастыри стали устранять клятвою и отсечением от церкви совершенным, но и это средство не помогло. Итак, по примеру искусных врачей, которые, когда одно лекарство не пользует, другим целить болезнь стараются, и нам следует теперь помышлять о другом способе собрать заблудших овец. Теперь хотят они возвратиться, но требуют сохранения некоторых только своих обрядов, семи просвир, двуперстного сложения и проч., обещая во всем другом повиноваться церкви и принимать наших священников. Первый вопрос здесь: можем ли мы это позволить, когда эти обряды на соборах прокляты? Отвечаем: не обряды, но больше содержащие их сей клятве подвергаются, и то не за обряды точно самые, но за сопротивление их св. церкви и отторжение самовольное от нее, а паче еще за произносимые от многих из них на оную хулы и ругательства разные, в чем и мы правильную находим причину, если же бы за одни обряды проклятие то было положено, то была б причина почитать оное за недействительное и от непомерной не по разуму ревности происходящее. По апостолу Павлу, по нужде и закону пременение бывает, то уже пременение обрядов или обычаев не больше ли изменения в вере причинять не должно? Пусть только они во всем, хотя кроме обрядов, будут с православною нашею церковию единомысленны, то в таком случае и нет сомнения, что их принять и присоединить православному нашему обществу, а прочее устроит Бог. И сие есть мнение наше. Уповаем, что и прочие братия наши и сопастыри св. церкви по сей причине согласны в том быть имеют, а когда и соборное рассуждение приложится к сему нашему рассуждению, то, как ему придастся твердость, так и восторжествовать имеет несумненно вся церковь о спасении отлученных чад своих".
Но двое других преосвященных, Гавриил петербургский и Амвросий крутицкий, подали особое мнение: "Принять раскольников и содержать без всякого притеснения можно только на таком основании, как здешние записные раскольники содержатся. А чтоб позволить им на все то, чего они требуют, а именно: допустить им строить церкви особые, держать попов своих, иметь старопечатные книги и при тех же обрядах жить, как они поныне за рубежом живут, того дозволять предосудительно. Синкретизм, или допущение разных вер в самодержавное государство, от всех умных людей за вред оному почитается, потому что ничто так не обовязует подданных к своему государю, как единоверие с ним; вопреки же разность в вере за весьма опасну поставляется. Чего избегая, многие государи у себя возникших разноверцев всячески истребляли и истребляют. Ежели дозволить им церкви особые строить и попов особых иметь, то и архиереев особых же дозволить следует, которые не захотят от нас святиться, и потому раскольники начнут или беглых извергов наших принимать, или сами ставить. И так церковь в России может раздраться надвое. Еще в рассуждение приходит и сие: не кроется ли здесь какой обман и не подают ли поводу им, заграничным, наши домашние раскольники домогаться таких кондиций и привилегий? Ибо, чтоб заграничным возвращаться в Россию, нужды крайней не предвидится для того, что они там всякую свободу имеют и, как хотят, так веруют и живут. Правда, что в Российской империи инославным христианским религиям кирхи публичные, так и магометанам свои мольбища иметь дозволяется; но то раскольникам не в пример, ибо от тех нашим православным никакого повреждения не происходит".