Апраксин во дворце и в конференции нашел себе сильного защитника в графе Петре Ив. Шувалове; но сильнее всех нападал на него канцлер Бестужев, во-первых, из желания прекратить толки о своем участии в отступлении, во-вторых, из враждебного чувства к Апраксину, которое явилось в нем именно вследствие сильного заступничества Шувалова: канцлеру было ясно, что Апраксин очень близок и дорог Шувалову, следовательно, Шувалов считал его вполне себе преданным. Враги Бестужева толковали, что канцлер замешан в дело об отступлении, а Бестужев толковал, что виноват во всем Шувалов; он так защищает Апраксина перед императрицею, что тот не боится никакой ответственности и делает что хочет.
Шувалов, несмотря на всю свою силу, не мог отстоять Апраксина, который должен был сдать начальство над армиею генералу Фермору. Мы видели, что новый главнокомандующий совершенно оправдывал старого и многие были недовольны этим назначением, говорили, что дурные советы Фермора были виною отступления Апраксина и что гораздо лучше было бы дать главное начальство генералу Броуну. Назначение Фермора объясняли единственно особенною милостью к нему императрицы. Но кроме милости было и другое основание назначению: первые военные успехи - занятие Мемеля и Тильзита - были соединены с именем Фермора.
18 октября 1757 года Апраксин получил указ ехать в Петербург и писал императрице, что указ этот "совершенно отчаянную жизнь вновь ему возвратил". В начале ноября Апраксин приехал в Нарву и получил чрез ординарца лейб-кампании вице-капрала Суворова высочайшее обнадеживание монаршею милостию, причем приказано ему отдать все находящиеся у него письма. Причиною этого отобрания писем были письма к Апраксину великой княгини, о которых проведали таким образом: Бестужев, получая их от Екатерины для пересылки Апраксину, показывал их саксонскому советнику посольства Прассе и приезжавшему в Петербург австрийскому генералу Буккову для успокоения их насчет доброго расположения молодого двора к общему делу, потому что в них Екатерина убеждала Апраксина спешить походом. Букков рассказал об этих письмах Эстергази, и теперь, когда захотели повредить Апраксину и Бестужеву вместе, Эстергази сообщил об этой переписке великой княгини с Апраксиным самой императрице, представив это дело очень опасным.
Прошло месяца полтора после отобрания писем; Апраксин все жил в Нарве. 14 декабря он решился написать умилостивительное письмо императрице: "Последнейший ваш раб, представя бедность моего состояния, в котором я, бедный, чрез шесть недель здесь пребывая, не только совсем своего лишился здоровья и потерял разум и память, но и едва поднесь мой дух сдержаться во мне мог, и поднесь едва ногою владеть могу, приемлю дерзновение, не принося никаких оправданий, высочайшего и милосерднейшего помилования просить. Как пред Богом вашему величеству доношу, что если мною что погрешено, то всеконечно разве от неведения и недостатка разумения; причем и то могу донести, что во всей армии не было ни одного такого человека, который бы не хотел пролить последней капли своей крови за соблюдение высочайших интересов и во исполнение воли вашего величества, и во все советы, где только важность и обстоятельства требовали, призыван был весь генералитет, который, не исключая никого, все свои старания распространял к пользе, и ничего мною в противность примечено не было. Правда, что до соединения с генералом Фермором генерал Ливен по испытанному знанию в военном искусстве во всех советах был мне довольным советником; но по соединении с генералом Фермором, с коего времени пошли главные дела, по особливой его ко мне ласке и ежедневному два раза ко мне приезду, паче же по известной мне вашего императорского величества к нему особливой милости и доверенности, я ничего не предпринимал, не поговоря и не посоветовав наперед с ним, еже во многих генералах, как еще и генерал Лопухин жив был, немалую произвело зависть; но я, елико моему смыслу и рассуждения было, столько умеривал, что не допустил ни до чего дальнего и никаких ссор и неудовольствий не токмо не видал, ниже слышал. А в наилучшее доказательство сего осмелюсь еще то донести, что и о возвращении нашем от Аленбурга я первому открыл генералу Фермору и, посоветовав с ними и не открывая никому, с ним одним согласно сие положа, созвав военный совет и приглася полковников, уже сие предложение сделал, почему и согласно от всех положено поворотить к Тильзиту. Я во всем том самим Фермором свидетельствуюсь".
Понятно, что ссылка на Фермора служила Апраксину лучшим оправданием: нельзя было у одного отнять звание главнокомандующего за то самое, за что другого возводили в это звание. У Фермора не нужно было спрашивать, правду ли говорил Апраксин о согласии его на отступление. Запискою 14 октября Фермор решительно признал распоряжения Апраксина необходимыми, и те, которые говорили против назначения Фермора, были последовательны. Но о последовательности не могло быть речи: Апраксин не подвергался опале за отступление, он был жертвою, принесенною для успокоения союзников, для поддержания общего дела; разумеется, Апраксин был бы достаточно вознагражден за эту роль жертвы, если б все дело состояло в отступлении. Но дело состояло теперь в переписке великой княгини с Апраксиным. Письма сами по себе не могли бы быть поставлены в вину ни писавшей, ни получившему их; но зачем сношения, переписка между этими лицами? Не было ли каких-нибудь других внушений со стороны Екатерины? Канцлер, подозрительный канцлер служил посредником!