Но в то же время как Феофан торжествовал над враждебными ему архиереями, Маркелл Родышевский писал "Житие новгородского архиепископа еретика Феофана Прокоповича"; монах Иона, добавляя это сочинение разными вставками в виде гимнов, псалмов и молитв, распространял его в народе. В начале 1731 года список "Жития" попался в руки Феофану, и он донес об нем, указав на Родышевского как автора и на других как распространителей возмутительных тетрадей. В то же самое время архимандрит Варлаам представил императрице другие обличительные сочинения Родышевского на Феофана. Родышевский, Иона и Аврамов были арестованы.
В бумагах Родышевского заключались возражения на Духовный регламент и на указ о монашестве. Он доказывал, что патриаршество есть древнейшая и единственно законная форма церковного управления. В возражениях на указ о монашестве Родышевский не отрицает необходимости исправления монашества, но ему не нравятся способы, определенные в указе; он представляет свой способ: "Первое дело власти императорской - велеть духовному правлению искать себе от монашеского чина самых богодухновенных монахов и, освидетельствовав, что они действительно таковы, как о них слух идет, производить в архиереи и архимандриты. Когда такие добрые епископы будут, то станут всячески стараться по епархиям своим исправить все монашество, особенно когда в главнейшем духовном правлении будут такие же или такой человек будет поставлен главным правителем церкви, ибо он будет производить в епископы только подобных себе. Которые же в семинарии будут учиться у лютеранских учителей или хотя и у своих, но духом еретическим зараженных, такие начнут не назидать, но развращать всю церковь и хотя постригутся в монахи, но сделают это не ради монашества, а в надежде архиерейства и архимандритства. А в архиереи и архимандриты не так нужны люди ученые, как богодухновенные и добродетельные, которые учили бы не столько словом, сколько делом".
Иона показал, что "по означенным в пунктах Родышевского резонам новгородский архиерей звания своего недостоин; о тех резонах он, Иока, сам не сведом и видел их в экстракте Родышевского. Долгорукие, архиерей ростовский и прочие за вины свои сосланы; а по показанию Родышевского на новгородского архиерея указа не учинено, и потому мыслил он. Иона, что об нем ее величеству от господ не донесено; поэтому и написал на них, господ, что божескую честь презирают, должно быть охраняя его, архиерея, потому что если б ее величеству о том было донесено, то по показанию Родышевского давно бы исследовано было, ибо ее величество благочестивую веру содержит твердо и по вступлении своем на российский престол прежде ревность возымела о св. божиих церквах, чем о гражданских делах. А противных дел за новгородским архиереем он, Иона, не знает, а усмотрел о том из писем Родышевского. Только знает он, Иона, за ним, архиереем, то, что он церкви у себя в доме не имеет и в мясоеды и во все посты мясо ест; а о том мясоястии сводом он, Иона, от повара его, Петра".
По окончании следствия состоялся указ: "Так как Маркелл Родышевский в доносах своих на Феофана, архиепископа новгородского, доказательств, кроме своей персоны, никаких не представил; так как дерзнул развратно толковать Регламент духовный и разные книги, изданные изволением Петра Великого и советом всего Освященного собора; так как раздиакон Осип (Иона) к непристойным укоризнам Родышевского на архиепископа Феофана прибавил от себя еще другие, которые хотя темно, однако касаются к поношению высочайшей чести и власти; так как Михайла Аврамов эти книги с Родышевским читал и почитал их полезными к защите церкви и старался о представлении их ее императорскому величеству; так как они всеми этими делами против присяги своей дерзали миру и тишине церковной вредить, самодержавную ее императорского величества честь поносить, сочиненные книги развращенно толковать и тем причину подавать к отвращению людей от пути спасительного и благонравного жития, за что по всем государственным правам должны быть казнены смертию; однако ее величество смертию казнить их не указала, а указала Маркелла послать в Белозерский монастырь, Аврамова в Иверский, Осипа, бив кнутом, в кексгольмский Валаамский, не выпускать их никуда, чернил и бумаги не давать".
Так рассеялись надежды, возбужденные в ревнителях древнего благочестия манифестом 17 марта; знаменитый нововводитель, тот архиерей, которого они называли еретиком, восторжествовал; мечта о патриаршестве исчезла. Но эта борьба автора Духовного регламента и указа о монашестве с ревнителями древнего благочестия имеет важное значение: победа была куплена очень дорого, что научило осторожности, указало границы, дальше которых идти было нельзя. Петр Великий, по своему смыслу, мог положить эти границы, мог в своих преобразованиях не увлечься, как увлекся Генрих VIII в Англии; но Петр Великий представлял явление чрезвычайное; для будущего России важно было не то только, как вопрос был поставлен в бурное время преобразования волею великого человека; важно было то, как этот вопрос решался обществом при спокойном разбирательстве в материалах преобразования, без руководства преобразователя, которое могло являться насильственным. Феофан Прокопович восторжествовал, сказали мы; но здесь дело идет не о торжестве одного отдельного лица: восторжествовала коллегиальная форма церковного управления, восторжествовал тот принцип преобразования, по которому пастыри церковные долженствовали быть учеными; Аврамов с товарищи из опасения одностороннего результата этого принципа поворачивали к другой односторонности, вред которой сознала еще допетровская Россия: они требовали пастырей благочестивых только, а не ученых, ибо наука, говорили они, может только заразить ересями. Очень важно было, что обе стороны были сопоставлены, из чего увидали, что разделять их нельзя. При Петре Великом выставлялось преимущественно одно требование - требование образования, учености, и Феофан Прокопович был порождением этого требования; после Петра Великого указали на односторонность его и выставили другое требование, которого односторонность была также очевидна, но очевидно было и то, что на оба требования нужно было обратить внимание. Феофан Прокопович восторжествовал, но какого рода было это торжество? Дал ли он торжество тем убеждениям, за которые на него нападали? Нисколько. Необычайными усилиями, постоянною борьбою ему удалось защититься, избегнуть участи Феодосия Яновского; он защищался от упреков в неправославии, следовательно, должен был стараться быть православным, и здесь-то смысл дела; отсюда дальнейшая невозможность того направления, проводником которого считали Феофана. Нам вовсе не нужно исследовать, справедливо или несправедливо считали Феофана проводником этого направления, потому что общая история России не нуждается в этой биографической подробности; для нас важно то, что Феофан защищался от обвинений в неправославии. Он защитился, или его защитили, обвинителей его заточили; но они заставили Феофана клясться, что он православный, отчураться всеми средствами от протестантского направления.