Академия Наук поделила типографию с Синодом; в ее руках издание "Ведомостей"; но у Синода осталась цензура книг, печатаемых в академической типографии. Западное образование допускается под условием не вредить православию. Для многих вопрос об отношениях нововводимого просвещения, преобразования к старому православию был на первом плане: церковь должна быть охранена от влияния иноверных учителей. Но подверглась ли уже она этому влиянию? Чисты ли от него все пастыри церкви? Новая форма церковного управления достаточна ли для того, чтоб охранить православие в опасной борьбе? Не следует ли возвратиться к прежней форме, тем более что движение к старым формам уже началось в областном управлении? Эти вопросы занимали очень многих, и потому неудивительно, что по поводу их происходит борьба, за них хватаются люди, преследуя свои личные интересы, нападая на своих врагов и соперников или защищаясь от них. Мы видели, как но смерти преобразователя, когда свободнее и спокойнее можно было заняться разными вопросами, возбужденными преобразованием, главный деятель преобразования в сфере церковной Феофан Прокопович подвергся нападениям: враги увидали, что это не Феодосий Яновский, что его не так легко свергнуть, как последнего: но зато и Феофану пришлось пережить тяжелое время, когда он, первый архиерей русский, оставлен был в подозрении, когда ему объявили, что он освобождается от должного ему наказания только по милости императора. Разумеется, он не мог быть покоен при Меншикове. в котором видел врага своего. После ссылки светлейшего князя Феофан вздохнул спокойнее, но не избавился от опасности; по-прежнему должен был вести трудную оборонительную войну, с напряженным вниманием следить за движениями врагов. Самым главным, самым опасным врагом Феофана был. естественно, самый видный по энергии, способностям и связям архиерей Георгий ростовский, стремившийся к первенству, думавший и о восстановлении патриаршества для себя и потому необходимо сталкивавшийся с Феофаном, занимавшим первое место. Обстоятельства после ссылки Меншикова были таковы, что могли возбуждать в разных лицах разные надежды и заставлять их начинать движение, начинать борьбу; но обстоятельства были вместе таковы, что не допускали решительного окончания борьбы. Когда Меншиков сильною рукой держал правление, тогда решение всех вопросов зависело от него и. конечно, он не мог благосклонно отнестись к мысли о восстановлении патриаршества. После его падения такого сосредоточения власти уже не было; все зависело от того, кто в известную минуту и в известном вопросе окажет больше влияния на молодого императора. За это влияние спорили или делили его полюбовно Остерман и Долгорукие. Остерман не мог, разумеется, желать восстановления патриаршества, PI все симпатии его были обращены к Феофану: оба они были дети одних и тех же условий известного времени и должны были подавать друг другу руки для поддержания этих условий, для поддержания направления, господствовавшего при Петре Великом; Долгоруким не было ни времени, ни охоты думать о вопросах, подобных вопросу о восстановлении патриаршества; у них было одно на уме - удержаться б фаворе, закрепить его для себя как можно сильнее. Для других вельмож придворные отношения - придворная смута была на первом плане; все внимание их было обращено туда, все другие дела покидались; при случае могли потолковать о Синоде и патриаршестве и высказать свое сочувствие к последнему, высказать больше сочувствия к Георгию, чем к Феофану; но словами это сочувствие и ограничилось, и Георгий Дашков понапрасну раздаривал лошадей своих влиятельным людям, как утверждали его враги. Таким образом, Феофан мог держаться крепко против всех нападений, на него направленных. Другая громадная выгода его положения состояла в том, что враги были гораздо ниже его по своим личным средствам, борьба с ним была тяжела; если и Меншиков не мог решиться наложить свою тяжелую руку на эту звезду красноречия и учености, то кого другого можно было заставить содействовать низвержению Феофана? Многие могли его не любить, как Остермана, но когда представлялся случай, требовавший особенного знания и уменья, то должно было обращаться к Феофану, как в затруднительных вопросах дипломатии и внутренней администрации обращались к барону Андрею Ивановичу. Преобразование сделало свое дело: оно породило потребности, для удовлетворения которых необходимы были Остерманы и Феофаны; Феофан Прокопович мог быть свергнут таким же Феофаном Прокоповичем, но никак не Георгием Дашковым с товарищи.
Но Георгий после падения Меншикова начал борьбу, думая, что обстоятельства теперь благоприятны; его, как многих других, манила надежда на Москву, куда собирался двор для коронации, манила надежда на влияние царицы-бабки. Средство действовать против Феофана было указано - обвинение в неправославии; орудие также готовое - старый обвинитель, Маркелл Родышевский. Маркелл в конце 1727 года подает в Верховный тайный совет донос, что с 1722 года появились в России разные книжки неизвестно чьего сочинения и неизвестно кто осмелился одобрить эти книжки указом императора Петра Великого и тем опорочить его преславное имя, потому что в них содержится кальвинская и лютеранская ересь. Но прежде чем донос был подан, Феофан, узнал о нем, достал его и представил в Синод вместе с своими опровержениями. "В этом злоречьи, - пишет Феофан, - заключается не одна ложь, но плевелы и клеветы мятежные: Синод обвиняется в ереси и достойной смерти дерзости, ибо выходит, что Синод дерзнул опорочить славное имя Петра Великого, потому что книжки напечатаны по приказанию Синода". В заключение Феофан внушает Синоду, что "хотя мятежеслов Маркелл дерзок и шаток, бесстыден и бессовестен, однако отнюдь не отважился бы так поступать сам собою; но есть один или несколько людей, которые для интересов своих, им душепагубных, церкви же и государству зловредительных. сего элодея употребляют к такому возмущению и его в продерзостях беспечальна творят и великими обещаниями дурака обнадеживают". В доказательство этого Феофан скоро представил в Синод расспросные речи двух своих слуг, которые разговаривали с Маркеллом в Невском монастыре: по их показанию, Маркелл говорил: "Я желаю покориться его преосвященству (Феофану), пошел бы я на коленях в дом его архиерепства из Невского монастыря, только б меня во всей моей вине простил, да не велит мне вышняя моя власть, преосвященный ростовский, который вскоре будет патриархом, да превысокие мои господа и милостивцы, на которых и надеюсь".