Трудный вопрос, связанный с многими другими, был предоставлен решению другого учреждения.
В апреле 1725 года государыня указала правительствующему Сенату для доклада приходить к ней каждую неделю по пятницам; но в том же месяце уже пронесся слух, что над Сенатом будет поставлено новое высшее учреждение, членами которого будут немногие самые доверенные и знатные лица. В начале 1727 года эта мысль осуществилась по следующему, как рассказывают, поводу. В последних числах 1725 года в Сенате происходил жаркий спор: Миних прислал требовать 15000 солдат для окончания Ладожского канала; требование поддерживали Толстой и генерал-адмирал Апраксин, говоря, что необходимо окончить такую полезную работу, необходимо кончить ее и из уважения к памяти Петра Великого. Меншиков говорил против, указывал, что войска погибают на работах и что солдаты набираются с такими издержками и заботами не для того, чтоб землю копать. Ему замечали, что если бы несколько солдат и погибло на канале, то все же эта работа полезна для войска: солдаты заняты, а между тем сохраняются деньги, которые бы пошли на наем работников. Тут Меншиков покончил спор, вставши и объявивши по приказанию императрицы, что этот год ни один солдат не будет употреблен на канале, ибо она назначает для войска другое занятие. Сенаторы разошлись, крайне оскорбленные: совершенно равный им товарищ объявляет им волю императрицы и смеется над ними, заставляя их спорить понапрасну. Начали рассуждать о средствах, как бы сломить значение Меншикова; говорили, что не станут ездить в Сенат. В начале нового, 1726 года разнесся слух, что недовольные вольможи хотят возвести на престол великого князя Петра с ограничением его власти, что австрийский двор благоприятствует этому, что движение начнется в украинской армии, которую начальствует князь Михаил Михайлович Голицын. Толстой, видя опасность для Екатерины и ее дочерей, начал хлопотать, как бы прекратить неудовольствие, ездил к Меншикову, Голицыну, Апраксину, и результатом этих поездок и совещаний было учреждение Верховного тайного совета, где главные сановники должны быть членами с равным значением под. председательством самой императрицы, где, следовательно, никто не мог провести ничего без общего ведома и обсуждения. Указ об учреждении Верховного тайного совета, изданный в феврале 1726 года, говорил следующее: "Понеже усмотрели мы, что тайным действительным советникам и кроме сенатского правления есть немалый труд в следующих делах: 1) что они часто имеют по должности своей, яко первые министры, тайные советы о политических и о других важных государственных делах; 2) из них же заседают некоторые президентами в первых коллегиях, отчего в первом и весьма нужном деле, в Тайном совете, немалое им чинится помешательство, да и в Сенате в делах остановка и продолжение оттого, что они за многодельством не могут вскоре чинить резолюции и на государственные внутренние дела. Того для за благо мы рассудили и повелели с нынешнего времени при дворе нашем как для внешних, так и для внутренних государственных важных дел учредить Верховный тайный совет, при котором мы будем сами присутствовать. В том Верховном тайном совете быть при нас из первых сенаторов, а вместо их в Сенат выбраны будут другие, которые всегда при одном сенатском правлении будут. Быть при нас в Тайном верховном совете нижеписанным персонам: генерал-фельдмаршалу и тайному действительному советнику светлейшему князю Меншикову; генерал-адмиралу и тайному действительному советнику графу Апраксину; государственному канцлеру, тайному действительному советнику графу Головкину; тайному действительному советнику графу Толстому; тайному действительному советнику князю Голицыну; вице-канцлеру и тайному действительному советнику барону Остерману".
Избранные члены подали императрице "мнение не в указ о новом учрежденном Тайном совете": 1) "Тайный совет может для домашних и внутренних дел в среду, а для чужестранных дел в пяток съезжаться, но когда случится много дел, то назначается чрезвычайный съезд. 2) Так как ее величество в Тайном совете президентство сама имеет и есть причина надеяться, что она персонально часто присутствовать будет, то этот Тайный совет не следует считать за особливую коллегию, потому что он служит только к облегчению ее величества в тяжком бремени правления, все дела скорее будут отправляться, и не один человек будет думать о приращении безопасности ее величества и государства; чтоб безопаснее высоким ее именем указы выходили, надобно писать в них так: вначале - "мы, божиею милостию и проч.", в средине - "повелеваем и проч." и на конце - "дан в нашем Тайном совете". 3) Никаким указам прежде не выходить, пока они в Тайном совете совершенно не состоялись, протоколы не закреплены и ее величеству для всемилостивейшей апробации прочтены не будут, и потом могут они быть закреплены и разосланы действительным статским советником Степановым. 4) Рапорты, доношения или представления, которые могут приходить на решение в Верховный тайный совет, подписываются прямо на имя ее императорского величества с прибавкою: к поданию в Тайном совете. 5) Когда ее величество сама присутствовать изволит, то в ее всемилостивейшее соизволение о том предлагать, что заблагорассудит; когда же она присутствовать не изволит, то лучше каждому члену дать какой-нибудь департамент или повытье, о каких делах он предлагать имеет, дабы прежде довольно рассудить: а) потребное ли это дело; б) как его лучше решить, дабы тем легче было императорскому величеству принять свое решение. 6) В Тайном совете надобно два протокола держать: один - образом журнала, который подписывать не нужно; другой должен содержать резолюции и определения, и его члены закрепляют. 7) Тайному совету надобно иметь свою канцелярию и дела разделить, чтоб все порядочно было и без конфузии благовременно отправлено быть могло. Так как эта канцелярия должна служить образцом для других, то надобно, чтоб в ней не было столько ненужной переписки и штат ненужными служителями не отягощать; поэтому в учреждении канцелярии надобно поступать очень осторожно и все постановить с великим рассуждением, дабы и в содержании секретных дел безопаснее было. 8) Чужестранные министры остаются при коллегии Иностранных дел; но коллегия должна всегда о предложениях их доносить ее императорскому величеству в Тайном совете. 9) Дела, подлежащие ведению Тайного совета, суть: а) чужестранные; б) все те, которые до ее императорского величества собственного высочайшего решения касаются. 10) Сенат и прочие коллегии остаются при своих уставах; но дела особенной важности, о которых в уставе нет определений или которые подлежат собственному решению ее императорского величества, они должны с своим мнением передавать в Верховный тайный совет. 11) Первые три коллегии (Иностранная, Военная и Морская) под Сенатом быть не могут, как и без того Иностранная никогда от него не зависела. 12) Апелляции на Сенат и на три коллегии к ее императорскому величеству должны быть позволены и рассматриваются в Верховном тайном совете; но если апелляция окажется неосновательною, то апеллировавший наказывается лишением жизни, чести и имения, чтоб ее величество и Тайный совет дерзкими апелляциями утруждаемы не были. 13) Так как Тайному совету принадлежит надзор над всеми коллегиями и прочими учреждениями, о чем еще разные полезные определения могут быть постановлены, то не надобно очень торопиться, потому что все это делается высочайшим ее императорского величества именем, дабы польза всей империи тем лучше могла быть получена и в народе наибольшее прославление находила и явна была. Так как сношения с Сенатом и другими коллегиями остановились затем, что не знают, как Сенат титуловать, ибо правительствующим уже писать невозможно, для того Сенату придать титул высокоповеренный или просто высокий Сенат. Синод пишет в Сенат указы о старых обыкновенных делах, о новых же доносит ее императорскому величеству в Тайном совете".