В "Записной книге С. - Петербургской гарнизонной канцелярии" читается: "26 июня пополуночи в 8-м часу начали сбираться в гварнизон его величество, светлейший князь, князь Яков Федорович (Долгорукий), Гаврило Иванович (Головкин), Федор Матвеевич (Апраксин), Иван Алексеевич (Мусин-Пушкин), Тихон Никитич (Стрешнев), Петр Андреевич (Толстой), Петр Шафиров, генерал Бутурлин; и учинен был застенок, и потом, быв в гварнизоне до 11 часа, разъехались. Того же числа пополудни в 6-м часу, будучи под караулом в Трубецком раскате в гварнизоне, царевич Алексей Петрович преставился". 30 июня царевич был похоронен в Петропавловском соборе в одном месте с женой в присутствии царя и царицы.
Петр в рескриптах к заграничным министрам своим так велел описать кончину сына: после объявления сентенции суда царевичу "мы, яко отец, боримы были натуральным милосердия подвигом, с одной стороны, попечением же должным о целости и впредь будущей безопасности государства нашего - с другой, и не могли еще взять в сем зело многотрудном и важном деле своей резолюции. Но всемогущий бог, восхотев чрез собственную волю и праведным своим судом, по милости своей нас от такого сумнения, и дом наш, и государство от опасности и стыда свободити, пресек вчерашнего дня (писано июня 27) его, сына нашего Алексея, живот по приключившейся ему по объявлении оной сентенции и обличении его толь великих против нас и всего государства преступлений жестокой болезни, которая вначале была подобна апоплексии. Но хотя потом он и паки в чистую память пришел и по должности христианской исповедался и причастился св. тайн и нас к себе просил, к которому мы, презрев все досады его, со всеми нашими зде сущими министры и сенаторы пришли, и он чистое исповедание и признание тех всех своих преступлений против нас со многими покаятельными слезами и раскаянием нам принес и от нас в том прощение просил, которое мы ему по христианской и родительской должности и дали; и тако он сего июня 26, около 6 часов пополудни, жизнь свою христиански скончал".
Но понятно, что при таких обстоятельствах дела официальным изложением его не довольствовались. До нас дошли два других подробных изложения его: одно иностранное, которое говорит, что царевич был отравлен; другое русское, утверждающее, что он был задушен подушками; в обоих авторы рассказа присутствовали при событии! Взглянем, как оно отразилось и в народе, что можем узнать из дел Преображенского приказа и Тайной канцелярии. В 1721 году поп Игнатий говорил: "Слышал он, что в С. - Петербурге государь собрал в Сенат архиереев и других многих людей и говорил, чтоб дать суд на царевича за непослушание, и тогда ж в ту палату вошел царевич, не снял шапки перед государем и сказал: "Что мне, государь батюшка, с тобою судиться? Я завсегда перед тобою виноват", и пошел вон, а государь молвил: "Смотрите, отцы святии, так ли дети отцов почитают!" И приехал государь в свой дом, царевича бил дубиною, и от тех побоев царевич и умер. Царя дважды хотели убить, да не убьют: сказывают ему про то нечистые духи". В одном из дел того же года записаны слова столяра Королька: "Пока государь здравствует, по то время и государыня царица жить будет; а ежели его, государя, не станет, тогда государыни царицы и светлейшего князя Меншикова и дух не помянется, того для что и ныне уже многие великому князю (Петру Алексеевичу) сказывают, что по ее, государыни царицы, наговору государь царевича своими руками забил кнутом до смерти; а наговорила она, государыня царица, государю так: как тебя не станет, а мне от твоего сына и житья не будет; и государь, послушав ее, бил его, царевича, своими руками кнутом, и оттого он, царевич, и умер". По словам Королька, старуха Кулбасова говорила: "Чаю, вестимо великому князю, что батюшки его не стало. Быть было царицею светлейшей княгине, да поспешила Екатерина Алексеевна, бог знает, какого она чина, мыла сорочки с чухонками; по ее наговору и царевич умер; подчас будто его жалеет, да не как родная мать. Она же государю говорила: "Как царевич сядет на царство, и он возьмет свою мать, и в то время мне от твоего сына и житья не будет". И по тем ее словам, государь пошел в застенок к царевичу, и был там розыск. Государь своими руками его, царевича, бил кнутом, а уже потом бог знает, что сделалось".
Православные по смерти царевича Петра Петровича, случившейся в 1719 году, видели законного наследника в великом князе Петре Алексеевиче и видели в нем мстителя за смерть отцовскую. Иначе относились к великому князю Петру раскольники. За Соликамском, по реке Тагиле, жили раскольники, старцы и старицы, бежавшие с Керженца; здесь говорилось: "Мы странствуем и скитаемся в лесах, гонимы от еретической веры; роды царские пошли неистовы: царевна Софья была блудница и жила блудно с боярами, да и другая царевна, сестра ее. И государь Петр Алексеевич такой же: сжился с простою шведкою, да ее за себя и взял, и мы за такого государя за здравие бога не молим, молимся, чтоб он возвратился в истинную веру. От царевича Алексея Петровича родился царевич от шведки, с зубами, не прост человек. Царь - ненавистник истинной вере, швед обменный, образа пишут с шведских персон, платье возлюбил шведское, со шведами пьет и ест, из их королевства не выходит, и швед у него в набольших; извел русскую царицу, от себя сослал в монастырь, чтоб с нею царевичев не было, и царевича Алексея Петровича извел, своими руками убил для того, чтоб ему, царевичу, не царствовать, и взял за себя шведку, и та царица детей не родит, и он сделал указ, чтоб за предбудущего государя крест целовать, и крест целуют за шведа, одноконечно станет царствовать швед, либо его государев родственник, или царицы Екатерины брат; и великий князь Петр Алексеевич родился от шведки, с зубами, он антихрист".