Эта записка, важная в том отношении, что обрисовывает характер писавшего ее, разумеется не могла нисколько облегчить участи Кикина, а только могла произвести еще большее против него раздражение в царе. На двух новых пытках Кикин подтвердил прежние показания, а не те, которые подал в записке, и министры приговорили "учинить ему смертную казнь жестокую". Ивана Афанасьева приговорили просто к смертной казни. К смертной же казни был приговорен дьяк Федор Воронов, на которого Афанасьев показал, что знал от него о побеге царевича, объявил готовность служить царевичу и дал Афанасьеву цифирь для ведения переписки.
Кикин напрасно боялся, что князь Василий Владимирович Долгорукий уйдет от беды: Долгорукого схватили в Петербурге и в оковах привезли в Москву. Страшный удар, страшное бесчестье готово было поразить знаменитый род, и старший князь Яков Федорович написал Петру: "Премилосердый государь! Впал я злым несчастием моим в ненавистное богу и человекам имя злодейского рода. Утверждаюся сердцевидцем создателем моим, что весь род мой всегда непоколебимо пребывал в верности. В начале царствования твоего, во время богомерзкого бунта, дядя и брат мой злую смерть приняли за истинную верность к державе вашего величества; потом я с троими братьями в Троицком монастыре и всегда противны злу были, не боясь, явно показывали себя в верной службе вашего величества, готовы были всегда умереть; и в том намерении прежде были и ныне пребываем и должны пребывать до смерти нашей. Недавно в поучении некоем явились непристойные слова; когда я их услышал, то, не устрашась и не рассуждая лица сильного, вменится ли то мне за благо, обличил и явно запретил, за что мне в воздаяние обещана, как и слышу, лютая на коле смерть. Вижу ныне сродников моих, впадших в некоторое погрешение, хотя дела их подлинно не ведаю, однако то ведаю, что никогда они ни в каких злохитрых умыслах не были, чему и причина есть: весь мой род обязан всем высокой милости вашего величества. Разве явилась вина их в каких дерзновенных словах? Известно вашему величеству оное дерзновенное состояние и слабость необузданного языка, который иногда с разумом не согласуется; иногда и то, может быть, необузданный язык произносил, чего никогда и в уме не имел человек. Ино есть дело злое, ино есть слово с умыслом и намерением злым, ино есть слово дерзновенное без умыслу и хотя не безвинное, однако не такой достойное мести, какой достойны злодеи, умыслом виновные. Пусть за такое слово будет тяжко одним виновным; а нас бы, безвинных, во время старости нашей те их вины не губили, ибо нам собою всенародного обычая переменить нельзя: порок одного злодея привязывается и к невинным сродникам. Того ради, падая, яко неключимые рабы, молим: помилуй, премилосердый государь, да не снидем в старости нашей во гроб с именем злодейского рода, которое может не только отнять доброе имя, но и безвременно вервь живота пресечь".
Министры (князь Иван Ромодановский, Шереметев, граф Головкин, Мусин-Пушкин, Стрешнев, адмирал Апраксин, князь Петр Прозоровский, Петр Шафиров, Алексей Салтыков, Василий Салтыков) приговорили: "Если бы на князя Василья показывал не царевич, а другой кто-нибудь, то следовал бы розыск; а поверить вполне словам царевича трудно: царевич сам показывал, что князь Василий относительно побега не был его советником и по совету Кикина написано было к князю Василью письмо для того, чтоб набросить на него подозрение. А за дерзкие слова князь Василий заслуживает быть сосланным с лишением чина и имения". Князь Василий подал объяснение: "Я говорил царевичу: письмо подай немедленно (отцу об отречении от престола) и бояться тебе нечего и по требованию отцову хотя б 10 или 20 писем давать надобно: это не такие письма, как между нашею братьею прежде бывали, с сеазами и с неустойкою, и опасаться этого нечего. А может быть, говорил: "Хотя и тысячу писем давай" - того не упомню. А говорил, чтоб его к тому привесть, чтоб то письмо подал, конечно, видя, что царскому величеству и государственному интересу надобно". Долгорукий был сослан в Соликамск.
Учитель Никифор Вяземский в показании своем настаивал, что он уже давно в немилости у царевича: в 1711 году в Вольфенбителе, в герцоговом доме, царевич драл его за волосы, бил палкою и сбил с двора; в 1712 году он хотел его убить до смерти под Штетином, о чем известно князю Меншикову, канцлеру Головкину и другим. Вяземский был сослан в Архангельск.
Одновременно с этим розыском шел другой. Капитан-поручик гвардии Григорий Скорняков-Писарев был отправлен 4 февраля в суздальский Покровский монастырь, где жила инокиня Елена, бывшая царица Евдокия Федоровна. Посланный застал инокиню в мирском платье и в церкви на жертвеннике нашел таблицу, по которой поминали вместе с царем Петром благочестивейшую и великую государыню Евдокию Федоровну. Скорняков-Писарев повез Евдокию в Москву и дал знать о необходимости схватить Абрама Лопухина, князя Семена Щербатого и суздальского протопопа Андрея Пустынного, которые могли показать "многое воровство". Видя беду, Евдокия написала еще с дороги повинную царю: "Всемилостивейший государь! В прошлых годах, а в котором не упомню, по обещанию своему пострижена я была в суздальском Покровском монастыре в старицы и наречено мне был имя Елена. И по пострижению в иноческом платье ходила с полгода; и не восхотя быть инокою, оставя монашество и скинув платье, жила в том монастыре скрытно, под видом иночества, мирянкою. И то мое скрытие объявилось чрез Григорья Писарева. И ныне я надеюсь на человеколюбивые вашего величества щедроты. Припадая к ногам вашим, прошу милосердия, того моего преступления о прощении, чтоб мне безгодною смертию не умереть. А я обещаюся по-прежнему быти инокою и пребыть в иночестве до смерти своей и буду бога молить за тебя, государя. Вашего величества нижайшая раба, бывшая жена ваша Авдотья".