Далее Синод просил: "В сенатском приговоре определено, что быть в Синоде тем секретарям и подьячим, которые не у дел, вследствие чего определяются такие, которые уже к делам не годны и которыми не только такого важного и великого дела, но и легчайших дел управлять невозможно. В том же сенатском приговоре определено, чтоб Синод довольствовался дьяками и подьячими Монастырского и Патриарших приказов, архиерейскими и знатных монастырей; но из этих мест лучшие приказные люди разобраны уже давно к делам в коллегии и в губернии, оставлены только негодные". На это Петр отвечал: "Которые (секретари и подьячие) против сего желаются, и что оные ни в Сенате, ни в коллегиях, но у других дел, и таковых без спору отдать в Синод духовной".
Синод просил: "Духовные персоны, до определения духовного правительства, по разным касающимся до них делам браны были в разные канцелярии и приказы; а отныне, дабы вашего величества всемилостивейшим указом повелено было, что бы до духовных персон ни касалось, по оговорам, производить следствия о том в духовном правительстве, пока кто-нибудь из них не должен будет подвергнуться розыску гражданского суда, дабы иногда безвинные не страдали с злодеями в темницах. А ежели какая-нибудь духовная персона взята будет в явном злодействе, то следовать в гражданском суде и только для снятия чина присылать в духовное правительство по-прежнему". На это был ответ: "На которых оговор какой будет (кроме тяжких государственных дел) в каком партикулярном злодеянии, таких отсылать к Синоду, против сего пункта силы, пока оные до гражданского суда приличны будут, а самим не брать в коллегии или где инде и не держать, и должен каждый челобитчик в злодеянии на духовных нигде инде бить челом, токмо в Синоде, сие разумеется о брани, бою, краже и прочих тому подобных дел, а не о тех, который тяжебные дела, к которым сами себя духовные привязали, яко какая покупка, промыслы, откупы, торги и прочее тому подобно, еже где определено, всем там и на духовных бить челом, например в иностранных торгах в Коммерц-коллегии, во внутренних торгах и промыслах, откупах в Камер-коллегии и прочее тому подобное".
Синод просил: "О требованиях духовного правительства в Сенате бывает доклад как о партикулярных делах по реестру, от чего происходит в духовных делах замедление и остановка: просим, чтоб дела духовного правительства предлагались к резолюции немедленно, мимо реестра". Ответ: "О духовных делах надлежит прежде всех коллегийских дел, первые по наших указах слушать и решить, а что касается до внешних дел, то по реестру с прочими яко партикулярные".
Сенат рассердился на Синод за подачу царю этих пунктов; он писал в своем ведении Синоду: "Велено подьячим в Синоде быть, которые не у дел, к тому же определено взять Монастырского и Патриарших приказов, архиерейских и знатных монастырей дьяков и подьячих, ведая, что тех мест помянутыми служителями удовольствоваться могут; а те, которые требованы из Синода по реестру, поименно, не определены для того, чтоб тех дел, у которых они обретаются, не остановить к повреждению интереса; и если бы тем определением духовный правительствующий Синод был и недоволен, и о том бы надлежало опять писать в Сенат, не трудя тем царское величество".
Получив от царя позволение взять секретарей и подьячих, которые хотя и у дел, но не в коллегиях, Синод взял к себе канцеляриста Корнышова, который находился при постройках на Котлине-острове. Но постройками заведовал Меншиков; не давши знать в Синод, он велел схватить Корнышова и привести на Котлин-остров, где избил его жестоко. "Такими неумеренными поступками, - писал Синод царю, - благорассудно уставленное от вашего величества духовное собрание, которое всем повелено почитать за важное и сильное правительство, уничтожено". На первых же порах Синод должен был жаловаться на астраханского губернатора Волынского, который взял насильно в астраханском Троицком монастыре каменные кельи, где жили старцы, и поместил в них канцелярии, велел взять шесть келий кладовых и положил в них свою кладь, приказал сломать монастырские каменные ворота, караульную каменную келью, деревянную конюшню и разбросать монастырские оградные заборы, наконец, отрезал монастырскую землю под площадь".
Деятельность новоучрежденного Синода высказывалась не в одних этих спорах: он разослал, указ, чтоб священники отвращали своих прихожан от богопротивного обычая обливать водою и купать в реках и прудах тех, которые не бывают у заутрени на св. неделе, причем иногда люди тонут, обливаемые спросонья и с похмелья, лишаются ума; наконец, тут же воспоминается мерзкий идол Купало. Мы видели, что во второй половине XVII века русская церковь перестала смотреть на католиков как на некрещеных, перестала требовать перекрещивания их при переходе в православие; при Петре с разрешения константинопольского патриарха перестали требовать перекрещивания от протестантов. После этого сделан был третий шаг: Синод издал послание к православным, в котором доказывал, что браки с иноверцами позволительны. Это послание вызвано донесением капитана Василия Татищева, отправленного в Сибирь для горного дела; он писал, что шведские пленники охотно приняли бы русское подданство, если бы им позволено было жениться на русских девицах без перемены веры; но так как многие из них поженились, но потом за разностию веры жен у них отняли и выдали за других, то они не хотят вступать в русскую службу, потому что своей веры женщин достать не могут, а русских за них не выдают. Для увеличения церковных доходов, которые могли бы быть употреблены для бедных, постановлено, чтоб продажа свечей производилась от церквей; на деньги, от этой продажи выручаемые, построить везде при церквах богадельни для больных нищих; для заведования церковными доходами учреждены были церковные старосты, избираемые прихожанами.