Во всех сферах преобразовательное движение шло усиленно от 1711 до 1721 года, во вторую эпоху Великой войны, когда отсутствие опасности от страшного, победоносного врага давало более возможности заниматься делами внутренними. При этом усиленном движении к новому, что же делалось в церкви, обязанной охранять древнее православие и в то же время обязанной воспользоваться новыми средствами и обязанной иначе определить свои отношения к государству и обществу вследствие новых обстоятельств? Положение русской церкви в описываемое время было по-прежнему затруднительно: с одной стороны, раскол, с другой - наплыв иностранцев-иноверцев, протестантская и католическая пропаганда, и в то же время новые требования гражданского правительства и переворот в высшем управлении.
Мы видели, как в Олонецких местах по реке Выгу поселились раскольничьи отшельники, как здесь образовалось знаменитое раскольничье пристанище, начальником которого был церковный дьячок Данила Никулин (или Викулин), как у Данилы для обороны от присыльных людей были три пушки медные, много пищалей, бердышей, пороху. К этому Даниле пришел молодой человек, начитанный, школьнообразованный, энергический, рожденный для власти, для общественной организации: то был знаменитый Андрей Денисов Второго, или Вторушин, ведший свое происхождение от князей Мышецких. Как всегда и везде, около вождя собирается дружина; на Выге образовалась большая община из братьев и сестер, принявшая характер монастырский; пришел иеромонах Пафнутий, долго живший в Соловецком монастыре, знающий чины церковные и монастырские, и начали учреждать общежитие и церковную службу по чину и уставу, поставили екклесиарха, певцов, псаломщиков, конархистов. Но было еще скудное пустынное житие: службу в часовне отправляли с лучиною, икон и книг в часовне мало, колокола не было, звонили в доску, дороги с волостей в пустыню еще не было, ходили на лыжах. Пришли два человека из Москвы, знатоки писания, много пришло людей и из других мест, и начали по праздникам петь всеночные по чину церковному; уставили все по чину монастырскому, келарей и подкеларников, нарядников, старост и надсмотрщиков; а в хлебне хлебы пекли, в поварнях щи варили и квасы делали сестры. Потом, когда народонаселение умножилось, начали пашни пахать и скот держать, поставили конский двор на братской стороне, коровий - у сестер, посредине монастыря поставили стену и обнесли весь монастырь оградой. Мужчины жили на своей стороне, женщины - на своей, между ними стена, в стене маленькая келья с окном для приходу братии к своим сродницам для свидания и ради других братских нужд; две старицы сидели в келье и наблюдали, о чем братья будут говорить с сестрами в окно. Сделался голод, ели хлеб из соломы, отказались от ужина, потом обобрали у всех деньги и ценные вещи и отправили Андрея Денисова на низ по Волге за хлебом. Денисов промыслил хлеба чрез добрых людей, частик купил, частию в милостыню выпросил и привез в монастырь В 1702 году разнеслась страшная весть: царь Петр идет из Архангельска к Финскому заливу, проложили прямую дорогу пустыми местами через Выг; одни из братьев и сестер начали готовиться к смерти, приготовили смолу и солому в часовне, другие сбирались бежать, но гроза прошла: когда государю доложили, что по Выгу живут раскольники, то он сказал: "Пускай живут!" - и прошел смирно. Мы уже знаем взгляд Петра на отношения своей власти к совести подданных. "Господь дал царям власть над народами, но над совестию людей властен один Христос", - говорил он. Рассказывают, что однажды он спросил: "Каковы купцы из раскольников, честны ли и прилежны ли?" Когда ему отвечали, что честны и прилежны, то он сказал: "Если они подлинно таковы, то, по мне, пусть веруют, чему хотят, и когда уже нельзя их обратить от суеверия рассудком, то, конечно, не пособит ни огонь, ни меч; а мучениками за глупость быть - ни они той чести не достойны, ни государство пользы иметь не будет". В Олонецких местах, в соседстве с раскольниками, начали строиться железные заводы, и в Выговскую пустынь пришел указ: "Ведомо его царскому величеству учинилось, что живут для староверства разных городов люди в Выговской пустыне и службу свою к богу отправляют по старопечатным книгам; а ныне его царскому величеству для войны шведской и для умножения ружья и всяких воинских материалов ставятся два железные завода, и один близ их Выговской пустыни: так чтоб они в работы к Повенецким заводам были послушны и чинили бы всякое вспоможение по возможности своей, а за то царское величество дал им свободу жить в той Выговской пустыне и по старопечатным книгам службы свои к богу отправлять". "И от этого времени, - говорит историк пустыни, - начала Выговская пустыня быть под игом работы его императорского величества". Но благодаря этому игу олонецкие раскольники получили сильную защиту: всем выгорецким жителям позволено было выбрать к мирским делам старосту и при нем выборного, которые обязаны были оберегать новопоселенных жителей, доносить, какие выгорецким жителям для распространения и в прибавку надобны земли и угодья; пустынь изъята была из ведомства старосты и выборного, управлялась своим начальством. По жалобе Андрея Денисова с товарищи Меншиков в 1711 году издал указ, чтоб никто общежителям, Андрею Денисову с товарищи, и посланным от них обид и утеснения и в вере помешательства отнюдь не не чинили под опасением жестокого истязания. Потом Денисову позволено было рассылать своих людей для рыбной и звериной ловли куда захочет. В 1714 году брат Андрея Денисова Семен был схвачен в Новгороде духовною властию; раскольники подали царю челобитную: "Вашего величества нижайшие рабы. Олонецкого уезда выгопустынские общежители Данил Викулов с товарищами: мы убозии догматов и ересей никаких не нововведохом, ниже градские церкви обладаем, ниже доходы их, духовных, себе отлучихом; но в нужных местех живуще, отцепреданное благочестие по старопечатным книгам имеем, по них же о вашей милосердой державе господа бога молим и плачемся о гресех своих, а таковая безмилостивная от них страждем паче всех вер на земле, в разброде же от нужд сих опасаемся в непоставке работ своих остановки Повенецким заводам, а ныне мы, рабы твои, определены к другой работе: на весь Повенецкий завод известь ломаем". Просьба имела сильное подкрепление: начальник заводов Геннин писал царю: "Прошу, ваше величество, пожалуй для лучшей пользы и отправления на морской флот твоих дел, помилосердуй, учини против моих пунктов указ, так я буду воистину посмелее ступать, понеже я опасаюсь от архиерея новгородского погубления, понеже он верит другим своим бездельникам, а не своим рассмотрением управляет, и от них ныне в заключении сидит у архиерея Семен Денисьев, который в здешнем подъеме и, в сыску руд был годен и пред другими радетелен в заводской работе; для иных нужд и за челобитьем от них послан был и захвачен в Новегороде в архиерейский приказ. Прикажи архиерею его свободить и от твоих заводских дел не трогать и не ловить". Пункты Геннина состояли в следующем: "Чтоб государь велел отнять совершенно из-под архиерейского и монастырского управления погосты, определенные к заводам, ибо прикащики архиерейские и монастырские работных людей не высылают порядочно, старостам воли не дают искать воров, разбойников и беглых, отбивают и не дают к розыску, сбирают лишнее, берут взятки; пустынных жителей, которые живут в лесу, руду и известь на завод ставят безо всякого ослушания и радеют лучше других, архиерейские приказчики и заказчики обижают, бьют и стращают. Попы здешние владеют многими деревенскими государевыми участками, кроме церковной земли, и с них не хотят с другими тянуть, в равенство в заводском деле; я для допросов посылаю, а они с рогатинами отбиваются и в допрос нейдут. Для завода нужны грамотные люди, а у попов, дьяконов, пономарей и дьячков много сыновей, которые, кроме гулянья и драки, ничего не делают; не повелеть ли их взять в то ученье". Но никакое ходатайство не помогло: новгородский митрополит, известный нам Иов, был силен, так силен, что церковные имущества его епархии оставались в его управлении, а не были отданы в управление Монастырскому приказу. Иов возил Семена с собою в Петербург и представлял царю как опасного расколоучителя. Петр, по словам историка Выговской пустыни, "взяв оного Семена пред себя и испытав из тиха на словах и поговори мало, ни его отпустити, ни испытати жестоко не повеле, тако ж де и митрополиту не повеле, оставил его тако". Иов свез Семена назад, в Новгород, где он оставался в неволе четыре года; много знатных господ заступались за него; брат его Андрей в эти четыре года мало жил в монастыре, но все был в отъездах, то в Москве, то в Петербурге, все хлопотал за брата, и все понапрасну. Наконец Семену удалось тайком уйти из Новгорода, но, ушедши, не смел прямо явиться в монастырь, полгода укрывался в разных местах. Он должен был так долго не показываться и потому, что в это время новая беда постигла Выговскую пустынь: по доносу колодника, прежде жившего в пустыни, схвачен был Данила Викулич; Геннин опять заступился за раскольников, и царь велел выпустить Викулича.