Но самое важное дело, начавшееся вследствие доношений Нестерова, было дело о злоупотреблениях сибирского губернатора князя Гагарина. Еще в 1711 году до царя дошли сведения, что сибирский губернатор ведет себя не очень чисто, вследствие чего Гагарин получил приказание вывести из Сибирской губернии свойственников своих. Мы видели, что донос Нестерова о китайском караване был подан в 1714 году; чтоб понять сущность дела, надобно обратить внимание на то, как производилась у нас в это время торговля с Китаем. Туда отправлялся царского величества купчина, с которым отпускались казенные товары из Сибирского приказа и из сибирских городов тысяч на 200 рублей. Купчина этот забирал также в Москве и в городах по договору всякие товары у всякого чина людей по настоящей московской цене или в каком городе какая цена товарам будет; по выходе из Китая купчина отдавал за взятые в России товары каждому по договору китайскими товарами вдвое; договоры о том, какими товарами отдать вдвое, заключались в Сибирском приказе. Люди, отдавшие свой товар купчине, назывались складчиками. Несмотря на то что Сенат не обратил внимания на представление Нестерова о необходимости послать в Сибирь верного человека, обер-фискал не унывал, проведывал явно и тайно, расхищения казны в Сибирском приказе усмотрел немало, запечатал два ящика с делами и дал знать в Сенат. Сенаторы опять не занялись этим делом, а сенатор Мусин-Пушкин, приехав из Петербурга в Москву, велел ящики распечатать и все уничтожить, говоря, что фискалам в приказах по десятый год ничего смотреть не велено. Но Нестеров не отставал от своей добычи и обвинил купцов Евреиновых, которые торговали табаком в Сибири и незаконно обогащались по губернаторской поблажке. Дело пошло на рассмотрение к князю Якову Долгорукому, но вопросы, как доносил Нестеров, были предложены Гагарину и Евреиновым "самые фальшивые, с закрытием, как ему, Гагарину, в том надобно". Это было в печальный 1717 год; Нестеров воспользовался прибытием Петра в Москву по делу царевича Алексея, и дело Евреиновых было взято от Долгорукого и поручено комиссии, составленной из офицеров гвардии - Дмитриева-Мамонова, Лихарева, Пашкова и Бахметева. Нестеров был тут при допросах Евреиновых, которые, как писал фискал, "моими усердными трудами и призыванием чрез разговоры, со всяким увещанием в надеяние вашего к ним милосердия, объявили мне письменное известие о всяких сибирских и китайских торгах немалые дурости, показано великое похищение вашей государевой казны и взятки золотом и прочими вещами, а именно на губернатора Гагарина и на людей его, Якова Матвеева с другими, и на племянников его, князя Василья и князя Богдана Гагариных, и купчин китайских караванов, и на купецких людей, как на Бориса Карамышева, который согласник губернатору, все ведает в Сибирском приказе и всякого зла в похищении исполнен, и на других разных купецких же людей, также и на тамошних комендантов. Истину вашему величеству пишу, а не лжу: но только великое чудо или ужас, как там делано, не боясь бога и забыв души свои и присягу. Еще ж Евреиновы показали, что за них, как взяты были к Долгорукому по доношению моему в распрос, дал он, Гагарин, князю Долгорукому немалые взятки". После Нестеров доискался подробностей и представил: "Генерал князь Долгорукий во время розыску по делам, которые были в канцелярии его ведомства, получил себе в презент с разных персон, а именно с князя Богдана Гагарина 500 червонцев; князь Матвей Гагарин прислал к нему из Сибирского приказа мех ценою в 600 рублев, который уступил он светлейшему князю; да с него же князя Матвея за Евреиновых 1000 червонных, с Никиты Демидова 500 рублей да к палатному строению железа 1030 пуд и 20 заслонок трубных; с детей думного дьяка Автомона Иванова 500 червонных за то, что к ним был милостив; красноселец Иван Симонов на дачу ему, Долгорукому, поручил госпоже Балкше коробочку серебряную во 100 рублей, а в ней 100 червонных да 500 рублей за то, чтоб от розыску быть свободну; да у него же с светлейшим князем и с фельдмаршалом Шереметевым и с господами Апраксиными и с Кикиным между собою были подарки лошадьми с конскими уборами, что обер-фискал прилагает во взятку"
Дмитриев-Мамонов с товарищи дали знать царю с своей стороны, что Евреиновы в некоторых худых своих делах повинную принесли и Алексей Евреинов просил написать государю, чтоб приказал остановить и осмотреть караван, идущий из Китая с купчиною Гусятниковым, потому что в нем много было провезено неявленных товаров. Евреинов же написал и сказал в допросе: "Сибирский губернатор князь Гагарин в Китайское государство купчин избирает по своему нраву, которые к тому делу доступают великими дачами и во всем с ним общее согласие имеют и более угождают ему, нежели усердствуют о пополнении казны и о государственной пользе. В караване, которого ждут теперь из Китая, товаров Гусятникова на 40000 рублей да у целовальников пошло товаров тысяч на сорок же". Для исследования дела на месте отправлен был в Сибирь майор гвардии Лихарев и прислал целый реестр взяток и сборов, которых в приходе не оказалось. По следствию оказалось, что Гагарин утаил хлеб, купленный на Вятке для отпуска за море, велел брать казенные деньги и товары на свои расходы, а приходные и расходные книги кинул; брал взятки за отдачу на откуп винной и пивной продажи; писал угрожающее письмо к купчине Гусятникову, чтоб прислал ему китайские подарки, что и было исполнено; взял у купчины Карамышева казенные товары и заплатил за них казенными же деньгами, причем переводных писем в Сибирском приказе записывать не велел; взял у князя Якова Долгорукого в китайский торг товары без оценки и, не дождавшись купчины с караваном, велел выдать деньги вдвое; удержал три алмазных перстня и алмаз в гнезде, купленный на деньги, взятые в китайский торг из комнаты царицы Екатерины Алексеевны; взял себе товары из караванов купчины Худякова и, приняв у купчины книги этих караванов, сжег.