Но запорожцы пользовались всегда сочувствием в низшем слою украинского народа, особенно поюжнее, куда именно двигались шведы; пример Запорожья и теперь мог быть заразителен, и Петр пишет Меншикову, чтоб он оставался в Украйне, не ездил к нему в Воронеж. "Ежели вы не в пути, то лучше б еще немного там для запорожского дела задержались, а сие дело, сам ты знаешь, что не из последних; я уже три письма писал до г. фельдмаршала, чтоб он подался к Переволочне для сего дела, при том же советую и вам, буде невозможно всеми, хотя б частью позадь Полтавы протянуться для сего ж дела". Опасения Петра оправдались. Один из его министров, князь Григорий Фед. Долгорукий, находившийся теперь вместе с гетманом Скоропадским, писал ему 3 апреля: "Вор кошевой яд свой злой еще продолжает: на другую сторону за Днепр непрестанно прелестно пишет, дабы побивали свою старшину, а сами б до него за Днепр переходили, что уже такая каналия там за Днепром купами сбирается и разбивает пасеки". Запорожцы были побиты в схватке с отрядом полковника Болтина; также запорожский отряд потерпел сильное поражение вместе с шведами у местечка Сокольна от генерала Ренне; за отсутствием Гордеенки в Сечи выбрали в кошевые Сорочинского, и Петр писал Меншикову: "Мы зело порадовались, что господь бог в начале сей кампании таким счастием благословил, наипаче тому я рад, что проклятые воры (запорожцы) сами видели, что шведов разбили, от чего принуждены будут оные разбежаться, а что кошевым выбрали Сорочинского, он добрый человек, я его сам знаю". Но Петр ошибся в доброте Сорочинского; перемена кошевого не повела ни к какой перемене в Запорожье относительно царя, и царь послал Меншикову указ взять и разорить Сечь.
Назначенные к Запорожью полки сели на суда в Киеве под начальством полковника Яковлева. У Переволочны Яковлев встретил несколько тысяч запорожцев и послал к ним с требованием, чтоб вины свои великому государю принесли, но козаки, соединясь с переволочинскими жителями, вышли на бой, и Яковлев принужден был доставать их штурмом, с уроном своих войск. У обоих кодаков встречено было также сопротивление. 11 мая Яковлев подошел к Сечи; сначала искал он всяким добрым способом, чрез письма и пересылки склонить воров к стороне государевой. Запорожцы как будто обнаруживали склонность, но это была только хитрость: они хотели продлить время. Потеряв терпение и зная, что Сорочинский поехал за ордою, Яковлев решился добыть Сечь оружием. С сухого пути приступа не было; вода со всех сторон облила крепость; 14 мая солдаты подплыли на лодках, но при нападении на крепость встретили отчаянное сопротивление и должны были отступить, потерявши до 300 человек убитыми, в том числе полковника Урна, много офицеров было переранено; пленники, взятые запорожцами, были "срамно и тирански" умерщвлены. Но в тот же день показалось вдали какое-то войско: запорожцы подумали, что это к ним идет Крымская орда на помощь, и вышли было на вылазку, но жестоко обманулись: пришли на помощь к Яковлеву драгуны от генерала князя Волконского с полковником Галаганом. Запорожцы, увидав свою ошибку, замешались; тут осаждающие устремились на них, ворвались в Сечь и овладели ею. Большая часть козаков погибли в схватке, немногим удалось уйти, пленных взято с 300 человек, пушек и амуниции взято много. "Знатнейших воров, - доносил Меншиков, - велел я удержать, а прочих казнить и над Сечею прежний указ исполнить, также и все их места разорить, дабы оное изменническое гнездо весьма выкоренить".
"Сего дня, - отвечал Петр 23 мая, - получили мы от вас письмо о разорении проклятого места, которое корень злу и надежда неприятелю была, что мы, с превеликою радостию услышав, господу, отмстителю злым, благодарили, с стрельбою ивам за оное премного благодарствуем, ибо сие дело из первых есть, которого опасаться надлежало было. Что же пишете о деташементе полковника Яковлева, чтоб оному быть в армии, и то добро, только надлежит из оного оставить от семи до пяти сот человек пехоты и от пяти до шести сот конницы в Каменном Затоне, дабы того смотрели, чтоб опять то место от таких же не населилось, також которые в степь ушли, паки не возвратились или где инде не почали собираться; для чего ежели комендант в Каменном Затоне плох, то б из офицеров доброго там на его место оставить, а прочим быть в армию".
Было еще одно место в Малороссии, на которое правительство смотрело подозрительно. В начале 1709 года Головкин писал киевскому губернатору князю Дм. Мих. Голицыну, чтоб выслал за рубеж студентов из поляков (т. е. русских родом из польских владений), находящихся в киевском Братском монастыре; чтоб дал знать, сколько останется студентов из малороссиян, сколько монахов из поляков и нет ли в них какого подозрения? Голицын отвечал (15 февраля), что "выслал из Киева всех студентов родом из Литвы и Польши; студентов из малороссиян осталось 161 человек; монахов в Братском монастыре 30 человек, и из них малороссиян только человек пять, а то все из-за границы польской, но иные с младенчества живут в Киеве; узнать, нет ли в ком из монахов подозрения, трудно, потому что монахи все нас чуждаются; во всем Киеве нашел я только одного человека, именно из Братского монастыря префекта, который к нам снисходителен". Этот префект был знаменитый впоследствии Феофан Прокопович: не предчувствовал князь Дмитрий, в каких отношениях будет находиться после к этому снисходительному префекту!