Признанием Кочубея и Искры в ложном доносе дело оканчивалось: 24 апреля Головкин писал Петру: "Понеже Кочубей зело стар и дряхл безмерно, того ради мы его более пытать опасались, чтоб прежде времени не издох. А более в гетманском деле розыскивать нечего, и для того и в Киев их не посылаем, потому что во всем они винились, кроме факции или наущения от неприятеля, и ежели какую им казнь изволишь учинить, то мнится нам, что надлежит послать их в Киев и с совету гетманского повелеть о том малороссийскому народу публично огласить, чтоб они видели, что за сущую их вину то с ними учинено будет, а надлежит, государь, то дело для нынешнего сближения неприятельского, також и для лучшей надежды гетману скорее свершить".
Но Петру не хотелось оканчивать розыска; ему казалось невероятным, чтоб в такое время Кочубей и Искра затеяли дело сами собою, без побуждения от неприятелей. Он велел отослать доносчиков не в Киев, а в Смоленск. 23 мая Головкин писал ему: "Кочубея и Искру отослали мы в Смоленск; только доносим, чтоб продолжением того дела не было сумнения гетману, ибо он пишет к нам многократно, прилежно прося о прислании оных к нему в войско, а не в Киев для обличения их воровства, чтоб то народ малороссийский видел, потому-де что в народе малороссийском, а особливо в поспольстве от их единомышленников рассеиваются многие плевелы, будто его, Кочубея, и Искру до Петербурга проводили и будто на него, гетмана, ваш великий гнев, и ныне обозного генерального челядника, в Киев едущего, в местечке Оленовце за то только, что просил подводы, старшина тамошняя била с таковыми выговорами: полно уже вашего, гетманчики, панства, приедет на вашу всех погибель Кочубей. В простом народе безумные повести оглашаются, будто Кочубей в великой милости вашей здесь, а Искра будто послан гетманом города какого добывать, а когда добудет, отпущен будет на гетманство".
Петр велел привезти доносчиков опять в Витебск и снова допросить, не было ли присылок от неприятелей. Головкин донес ему от 30 мая, что Кочубея и Искру пытали, сколько возможно было по Кочубеевой дряхлости и Искриной болезни, не было ли от иных народов к ним посылки для возмущения? Кочубей и Искра стояли крепко, что не было никакой, все он, Кочубей, затеял по собственной злобе. На вопрос Головкина и Шафирова, какою казнью казнить Кочубея с товарищи, Петр отвечал: "Не иною, что какою ни есть только смертью, хотя головы отсечь или повесить - все равно; о попе, который в том же приличен, соизвольте учинить по своему рассмотрению, а Петра Яковлева вины кажется мало, только что он послан был к духовнику с письмами их, того для отпустить его жить к Москве или инуды куды в великороссийские городы, а не в малороссийские". После этого Кочубей и Искра отправлены были в Киев, а оттуда в местечко Борщаговку, в 8 милях от Белой Церкви, где стоял гетман обозом; здесь 14 июля они были казнены "при всей посполитой речи генеральной и при многом собрании всего малороссийского народа"
Это печальное дело, дошедшее до нас во всех подробностях, не требует длинных объяснений; нет нужды много распространяться о том странном мнении, по которому во всем виноваты министры Головкин и Шафиров, которые, будто бы подкупленные Мазепою, действовали пристрастно. Во-первых, чтоб говорить о подкупе, надобно иметь основания, а этих оснований нет. Во-вторых, были ли подкуплены министры или нет, они не могли действовать иначе, как действовали по тогдашним правилам, соблюдавшимся в подобных делах: как скоро доносчики порознились в своих показаниях относительно самого важного пункта, употреблялась пытка. Можно обвинить не Головкина и Шафирова, но самого Петра; можно обвинить его за это упорство в доверии к Мазепе; прежде гетман выдерживал все искушения, все прежние доносы на него оказывались ложными, но как же Петр не обратил внимания на главное, на перемену обстоятельств, на то, что новое искушение было гораздо сильнее прежних? Эта бесспорная ошибка со стороны Петра объясняется отвращением к малороссийскому безнарядью, к недостойному поведению старшины и полковников, к дрязгам, доносам, которыми они постоянно тревожили правительство; по своему характеру и стремлениям Петр, более чем кто-либо, должен был не любить порядка вещей, господствовавшего в Малороссии; нашел он там гетмана по себе, умного, благонамеренного, знал, как враги подыскивались под этого гетмана, слышал его постоянные жалобы на безнарядье и, естественно, начал питать отвращение к безнарядникам, естественно, в каждом движении, направленном против гетмана, видел движение, враждебное для государства, факцию неприятельскую. Ошибка объясняется - и только; ошибка остается ошибкой. Но если б Петр не сделал этой ошибки, то и тогда дело не могло вестись иначе, как велось. Разве можно было при известных обстоятельствах 1707 и 1708 годов по первому доносу схватить гетмана и нарядить над ним следствие? Многогрешного и Самойловича свергли не по доносу двух человек, а всей старшины, и тут сколько упреков правительству за это? Нужно было, даже для того чтоб спасти доносчиков от Мазепы, перезвать их в безопасное место и узнать от них хорошенько, в чем дело, и тут если бы Головкин и Шафиров действовали под влиянием самой сильной подозрительности против Мазепы, то не могли бы поступить иначе, как поступили. Следовательно, ошибка Петра не имеет никакого отношения к делу: как бы он ни смотрел на Мазепу, после доноса Кочубея и Искры должно было оставить его вне всякого подозрения: донос оказался ложным.