Волнение было тем опаснее, что у восставших явился глава, назвавшийся ханом. Для поимки этого хана 16 ноября 1707 года из Уфы послан был в башкирские волости Петр Хохлов с отрядом в 900 человек; с ним отправились и башкирцы, которые обещались верно служить; с другой стороны, от Казани на помощь к Уфе шел Сидор Аристов с конным отрядом в 770 человек да полковник Иван Рыдарь с солдатскими, полками. Хохлов встретился с мятежными башкирцами в урочище Юрактау, в 90 верстах от Уфы и в 30 от Соловарного городка; башкирцы, бывшие с ним, изменили и, соединясь с своими, осадили отряд Хохлова на степи, где морили десять суток, не давая ни пить, ни есть, ни спать, и, когда русские люди обезумели от голоду и бессонницы, воры разорвали обоз, побили и взяли в плен 400 человек, но с 500 остальных Хохлов пробился и ушел в Соловарный городок, откуда выручили его подоспевшие Аристов и Рыдарь.
Мятеж разгорался все более и более, русские села и деревни запылали. Казанский вице-губернатор Кудрявцев писал царю 7 января 1708 года: "Башкирское воровство умножается, и татары Казанского уезда многие пристали, и многие пригородки закамские, также и на казанской стороне Камы-реки дворцовое село Елабугу осадили, и из тех пригородков Заинск, который от Казани расстоянием 200 верст, сожгли и людей порубили, а иных в полон побрали, а уездных людей, татар и чувашу Казанского и Уфимского уездов воры-башкирцы наговаривают, будто ратных людей посылают прибыльщики без твоего указа, собою, и чтоб везде русских людей побивать, потому что они с прибыльщиками одноверцы, и, собрався великим собраньем, хотят идти под Казань. Башкирцы, ходившие на Яик с торгами, говорили, что козаки говорили им, чтоб русских людей, которые будут на них, башкирцев, наступать, рубили".
Обязанность потушить пожар была возложена на боярина и воеводу князя Петра Ивановича Хованского. Понятно, что, готовясь к отчаянной борьбе с Карлом, Петр хотел прекратить башкирский бунт как можно скорее и потому велел Хованскому попытаться уладить дело мирными средствами. 2 февраля 1708 года Хованский послал из Казани толмача и ясачных татар для разговора с ворами башкирцами и татарами; посланные встретились с ворами на Арской дороге в 80 верстах от Казани и говорили им: для чего они, воры, великому государю изменили и в Казанском уезде многие села и деревни и церкви божия выжгли и людей порубили и покололи? Воры отвечали: все это они делают для того, чтоб великому государю учинилось подлинно известно; потому что наперед сего к нему, государю, к Москве на прибыльщиков о всяких своих нуждах посылали они свою братью ясачных людей челобитчиков, и те их челобитчики были переиманы и биты кнутьем, а иные перевешаны, и отповеди им никакие не учинено, и чтоб великий государь пожаловал, велел с них, башкирцев, татар, вотяков и черемисы, для их скудости, новонакладную прибыль снять, и они отступят и пойдут в домы свои.
Давши такой ответ, мятежники пошли дальше и во второй половине февраля стояли уже в 30 верстах от Казани; в Казанском уезде между Камою и Волгою и за Камою русские и вотяцкие села и деревни почти все были разорены, люди побиты или взяты в плен. Отряд под начальством Осипа Бартенева выступил из Казани по Арской дороге и прогнал воров в Уфимский уезд; с другой стороны, станичный атаман Невежин стал успешно действовать из Сергиевска (где сера из воды бежит); лучшие башкирские батыри не могли взять Билярска и были поражены наголову Невежиным, у которого было 200 русских да сотня чуваш. 22 февраля Хованский выступил с полками из Казани. Воры тотчас оробели и начали пересылаться с ним. Кудрявцев говорил Хованскому, чтоб воровских обманов не слушал и учинил им военный страх. "Не учи меня!" - отвечал боярин и вступил в переговоры. Мятежникам было объявлено прощение, только заводчик бунта, хан, был казнен. Но оставались уфимские башкирцы. Не имея возможности при шведской войне послать значительные русские отряды на отдаленный восток, Петр позволил собираться вольнице, которая бы из добычи истребляла воровские жилища огнем и мечом. Кроме того, он хотел усмирить варваров с помощию других варваров. В январе 1708 года стольник Иван Бахметев получил приказ ехать в калмыцкие улусы к тайше Аюке и уговорить его выслать 20 000 калмыков против башкирцев. Аюка дал 20 000 калмыков Бахметеву, но 22 мая прислали к нему из Казани начальные люди грамоту, что воры донские козаки Игнашка Некрасов и Лунка Хохлач вошли в Камышенку и идут к Саратову: чтоб он, Аюка, послал своих калмыков на этих воров к Саратову. Аюка в присутствии Бахметева сказал присланному из Казани: "По указу великого государя я отдал всех своих людей вот ему, Бахметеву, на башкирцев, у меня останется немного людей, которые мне нужны на караулы и разъезды". Согласились разделить калмыков на два отряда: 10000 отправить под Саратов против воровских Козаков, а другие десять тысяч с Бахметевым на башкирцев. 13 июня явился в войско к Бахметеву калмык, который был на Яике, и рассказал, что при нем на Яик приехали три башкирца и говорили, что их, башкирцев, в собрании много, имеют согласие с каракалпаками, киргизами, донскими козаками и кубанцами: положено у них всех друг друга не выдавать. Услыхавши такие вести, Бахметев поспешно пошел вперед, чтоб не допустить башкирцев до воровского соединения, перешел реку Ик, вступил в жилища самих воровских заводчиков, крепкие и лесистые места, побил их на многих боях и загонах, жилища выжег, много побрал полону, лошадей, скота, захвачен был сын главного заводчика - муллы Измаила. Сначала башкирцы положили было не мириться: "Миром нас русские люди обманут", но теперь, увидавши свое бессилие, усмирились: мулла Измаил и батыри приехали к Бахметеву с просьбою, чтоб по указу великого государя вины им отдать, и казали грамоту князя Хованского, в которой говорилось о прощении: "А если мы теперь с калмыцким и русским войском бились, то виноваты и куран целовать станем". Мулла целовал куран за все четыре дороги, что башкирцы изменять впредь не будут и полон весь отдадут.