В невских устьях спешили строить городок - морское пристанище для иностранных судов, но строитель не хотел, чтоб этот новый городок, его тезка, похож был на старый Архангельск, где виднелись только иностранные корабли: на берегах Свири кипела сильная работа, в нетронутых до сих пор лесах ронили громадные деревья и на новой верфи, в Лодейном Поле, строили морские военные суда. Но враги не отдадут без боя Балтийского моря. На невских устьях строят русский городок, а подле них все лето 1703 года стоят 9 шведских кораблей, и нечем отразить их: русские корабли еще только строятся на Свири. Другое дело на сухом пути: здесь можно померяться с шведом, который покинут своим королем и может выставлять для борьбы только небольшие отряды. К реке Сестре подошел шведский генерал Кронгиорт; сам Петр в начале июля пошел на него с четырьмя конными полками: "Бой начат и счастливо совершен, неприятель прогнан, и зело много его порубили, понеже солдаты брать живьем его не хотели". С берегов Сестры Петр отправился в Лодейное Поле спускать суда. А между тем наступила осень. Меншиков с русскими людьми впервые познакомился тут с петербургским октябрем: солнца давно уже нет, страшный ветер и дождь целый день. Тяжко стало Меншикову; он зовет Петра, пишет ему с обычными шутками: "Но ведаем, для чего так замешкались; разве за тем медление чинится, что ренского у вас, ведаем, есть бочек с десять и больше, и потому мним, что, бочки испраздня, хотели сюда приехать, или которые из них рассохлись, замачиваете и размачиваете. О сем сожалеем, что нас при том не случилось". Но после шуток Меншиков сообщает важное известие: шведские корабли, за осенним временем, отошли от невского устья.
Петр в Петербурге. На Неве уже плавает лед, но царь в море, около Котлина-острова меряет морскую глубину: здесь будут укрепления, оборона Петербургу. В ноябре явился в устье Невы первый иностранный купеческий корабль с солью и вином; губернатор Меншиков угостил шкипера и подарил ему 500 золотых, каждому матросу дано по 30 талеров.
В то время когда Петр пробрался к невскому устью и начал строить здесь новый городок, войска его забирали старые русские города, которые швед завел за себя. В конце мая Шереметев начал обстреливать Копорье, и крепость сдалась. "Музыка твоя, - писал Шереметев царю, - хорошо играет: шведы горазды танцевать и фортеции отдавать, а если бы не бомбы, бог знает, что бы делать!" Сдались и Ямы, или Ямбург, и царь велел укрепить его. "Итак, при помощи божией, Ингрия в руках. Дай боже доброе окончание!" - писал Петр Шереметев, доканчивая в июле укрепления Ямбурга, писал уже о зимованье в Ингрии, но Петр отвечал ему: "Когда город совершится, лучше, чтоб вам некакой подход отправить, и, о том разведав, изволь писать, сыскав, например, способа два, три, а мы также на те способы дадим совет, который будет удобнее". Чтоб помочь Шереметеву сыскать способы, Петр отправил к нему в Ямбург Меншикова. Способ был сыскан, и в конце августа Шереметев переправился за Нарову, пошел гостить в Эстонии таким же образом, как гостил прошлый год в Лифляндах. Гости были прежние: козаки, татары, калмыки, башкирцы, и гостили по-прежнему. Шлиппенбах бежал без оглядки. 5 сентября Шереметев вошел беспрепятственно в Везенберг, знаменитый в древней русской истории Раковор, и кучи пепла остались на месте красивого города. Та же участь постигла Вейсенштейн, Феллин, Обер-Пален, Руин; довершено было и опустошение Ливонии. В конце сентября Борис Петрович возвратился домой из гостей: скота и лошадей, по его объявлению, было взято вдвое против прошлого года, но чухон меньше, потому что вести было трудно.
У Финского залива в новорожденной столице строили укрепления, поджидая шведа; в старой Москве строили триумфальные ворота, в которые должен был въехать царь после покорения Ингрии. Петр не зажился в Москве: взоры его были постоянно обращены и на запад, и на восток; пробыв лето близ берегов Балтийского моря, зимою он поехал в Воронеж, но, занимаясь здесь Азовским флотом, который должен был сдерживать турок, царь не забывал невского устья, и Меншиков, остававшийся зимовать в Петербурге как губернатор, получил от него собственноручную модель крепости, которую должно было соорудить на море для безопасности нового городка.
Наступила весна 1704 года. Петр был в Петербурге; надобно было защищать этот дорогой городок, но Петр не хотел ограничиться одною оборонительною войною. Куда же наступать? В Ливонии и Эстонии опустошать было нечего более, но были там две сильные крепости, утверждение в которых было делом первой важности для России на случай, когда Карл XII обратит против нее свои главные силы: то были Дерпт и Нарва. Надобно было спешить их покорением, пока "швед увяз в Польше", по выражению Петра. 30 апреля Шереметев получил приказание от царя двинуться для осады Дерпта. 5 мая Шереметев дал знать, что генерал фон Верден взял на реке Эмбахе 13 шведских судов, плывших в Чудское озеро. Петр "с превеликою радостию принял известие о пресчастливой победе в нечаянном случае" и подтвердил Шереметеву приказание "идти и осадить конечно Дерпт, чтоб сего богом данного случая не пропустить, который после найти будет нельзя". У Шереметева сборы шли медленно; Петр торопил: "Немедленно извольте осаждать Дерпт, и зачем мешкаете, не знаю. Еще повторяя, пишу, не извольте медлить". Шереметев оправдывался в своей медленности тем, что стал здоров не по-старому, что один, ни от кого помощи не имеет: "Легко мне было жить при тебе да при Данилыче (Меншикове): ничего я за милостию вашею не знал"