Между тем в марте 1690 года в Киеве подкинуто было письмо на имя царей, в котором говорилось: "Мы все, в благочестии живущие в сторонах польских, благочестивым монархам доносим и остерегаем, дабы наше прибежище и оборона не была разорена от злого и прелестного Мазепы, который прежде людей наших подольских, русских (галицких) и волынских бусурманам продавал, из церквей туркам серебро продавал вместе с образами; после, отдавши господина своего в вечное бесславие, имение его забрал и сестре своей в наших краях имения покупил и покупает; наконец, подговоривши Голицына, приехал в Москву, чтоб вас, благочестивого царя Петра Алексеевича, не только с престола, но и со света изгнать, а брата твоего Иоанна Алексеевича покинуть в забвении. Другие осуждены, а Мазепу, источник и начаток вашей царской пагубы, до сих пор вы держите на таком месте, на котором если первого своего намерения не исполнит, то отдаст Малороссию в польскую сторону. Одни погублены, другие порассыланы, а ему дали поноровку, и он ждет, как бы свой злой умысл втайне совершить. И Шумлянский наш униат, а на деле римлянин, поддается московскому патриарху нарочно, чтоб там, вместе с Мазепою, мог удобнее ковать пагубу престолу вашему царскому".
Киевский воевода князь Михайла Ромодановский переслал письмо в Москву, откуда немедленно отправился в Батурин подьячий Михайлов, который должен был отдать письмо гетману, уверить его в милости царской и спросить: "Как он, гетман Иван Степанович, рассуждает, в польской ли стороне это письмо писано и какое он в Польше имеет подозрение? Или подозревает он кого-нибудь из великороссийских и малороссийских жителей? не из Запорожья ли? Написаны такие дела, о которых в Польше и Литве, кажется, и знать нельзя. Подумал бы гетман, как об этом письме розыскать?"
Приняв письмо у посланного, Мазепа пять раз поклонился до земли, благодаря за милость царскую; потом прочел письмо, осмотрел его со всех сторон, взглянул на образ богородицы, прослезился и сказал, воздев руки к образу: "Ты, пресвятая богородица, надежда моя, зришь на убогую и грешную мою душу, как денно, так и ночью непрестанно имею попечение, чтоб помазанникам божиим до кончины живота своего услужить, за их государское здравие кровь свою излить; а враги мои не спят, ищут, чем бы могли меня погубить".
Насчет составителя письма гетман писал государям: "Не могу я вполне малым моим умом понять, от кого бы именно произошло это лукавое, плевелное и злоумышленное письмо. Подозреваю я Михайлу Гадяцкого, который недавно еще обнаружил ко мне неприязнь, старался навести на меня гнев царский и домогался сам быть гетманом и при бывшем гетмане пасквиль на меня подкинул, будто я отравил гетманского сына Семена и дочь его, боярыню Шереметеву, а на самого гетмана напустил болезнь глазную, да и в Москве живучи, писал на меня пасквили. Неисцелимую он имет болезнь рассылать всюду письма - и на Запорожье, и на Дон, и в Белую церковь, и в Крым. От полковничества Гадяцкого он отставлен, но ревность к исканию славы и чести никогда в нем не угаснет. Покорно прошу перевести его из села, в котором он живет в Лебединском уезде в близости к Малой России, на другое какое-нибудь место. Да и то смею покорно донести: кто это письмо писал, тот должен знать и о чернеце Соломоне, которого какой-то враг мой отправил в Польшу с воровскими письмами будто от моего имени, потому что в нынешнем воровском письме написано, будто Шумлянский во всем со мною соглашается; к этому Шумлянскому и Соломон в Польше имел прибежище: если б этот враг не надеялся что по наущению Соломона Шумлянский будет ко мне писать, то для чего ему в своем пасквиле поминать о Шумлянском?"
В разговоре с Михайловым Мазепа сказал, что вместе с Гадяцким он подозревает Райчу и Полуботка; в письме есть выражение "Для милосердия божия", это выражение употребляет всегда Райча в письмах, а Полуботок Гадяцкому свой и с Райчею друзья "Неприятности мне большие еще оттого, - прибавил Мазепа, - что живет в Малороссии сын митрополичий, зять Самойловича князь Юрий Четвертинский, беспрестанно рассевает он в народе злые слова, что быть Самойловичу опять гетманом; недавно батуринскому попу Василью говорил, что, где прежде была вода, тaм и опять будет; к тестю моему царская милость есть, будет здесь по-прежнему, увидишь, что его злодеям будет!" Мазепа просил, чтоб перевести Четвертинского с женою в Москву, а тещу его отослать к мужу; князь Юрий - стольник, и в этом чине ему далеко от Москвы быть не годится. Когда на прощание Михайлов потребовал у Мазепы назад подметное письмо для хранения в Посольском приказе, то гетман переменился в лице и, выслав всех вон из хоромины, сказал: "Сперва я милостию царскою был обрадован, а теперь во сто раз больше опечален: думаю, что этому письму великие государи изволили поверить и о голове моей будут мыслить". Тщетно Михайлов уверял гетмана в противном, говорил, что письмо нужно в Москве для розыска о злодее, кто его сложил, - Мазепа никак не согласился отдать письмо и при этом сказал писарю Кочубею: "Еще мне за сердце щепа влезла: просят письмо назад".