Рядом с потехами на суше шли потехи на воде. Царь собственноручно построил яхту и спустил ее на Москву-реку весною 1691 года; на Переяславской верфи работы продолжались, и царь так был погружен в них, что в феврале 1692 года Лев Кириллович Нарышкин и князь Борис Алекс. Голицын сами ездили в Переяславль уговаривать царя приехать в Москву для приема персидского посла. 1 мая был спущен на озеро первый корабль; в июле весь двор отправился в Переяславль и пробыл там до сентября: царица Наталья, не имея возможности удержать сына в Москве, должна была сама отправляться на место его любимых потех.
Но матери трудно было следовать за богатырем, который рвался на более широкую воду, "охоте его равную". Переяславское озеро стало ему тесно; он посмотрел Кубенское - то было мелко. Неодолимая сила тянула его к морю. К матери за благословением - не пускает; наконец, "видя великое желание и неотменную охоту", пустила поневоле, взявши обещание не ходить самому по морю, а только посмотреть корабли. В июле 1693 года с большою свитою царь отправился на север, к Архангельску. Как только завидел море, обещание, данное матери, было забыто: по плыл провожать иностранные корабли. А мать шлет письмо за письмом, пишет о возвращении: "О том, свет мой, радость моя, сокрушаюсь, что тебя, света моего, не вижу. Писала я к тебе, к надежде своей, как мне тебя, радость свою, ожидать: и ты, свет мой, опечалил меня, что о том не отписал. Прошу у тебя, света моего, помилуй родшую тя, как тебе, радость моя, возможно, приезжай к нам не мешкав. Ей, свет мой, несносная мне печаль, что ты, радость, в дальнем таком пути. Буди над тобою, свет мой милость божия, и вручаю тебя, радость свою, общей нашей надежде пресвятой богородице: она тебя, надежда наша, да сохранит".
"И ныне подлинно отписать не могу (о своем приезде), для того что дожидаюсь кораблей, - отвечает Петр, - а как они будут, о том никто не ведает, а ожидают вскоре; а как они будут, и я, искупя что надобеть, поеду тотчас день и ночь. Да о едином милости прошу: чего для изволишь печалиться об мне? Изволила ты писать, что предала меня в паству матери божией; такого пастыря имеючи, почто печаловать? Тоя бо молитвами и предстательством не точию я един, но и мир сохраняет господь. За сим благословения прошу - недостойный Петрушка".
Петр пишет, что был на море - обещание не сдержано. Новая причина матери беспокоиться, торопить сына, чтоб возвратился: "Сотвори, свет мой, надо мною милость, приезжай к нам. батюшка мой, не замешкав. Ей, ей, свет мой! Велика мне печаль. что тебя, света моего - радости, не вижу. Писал ты, радость моя ко мне, что хочешь всех кораблей дожидаться: и ты, свет мой, видел, которые прежде пришли - чего тебе, радость моя, тех дожидаться? Не презри, батюшка мой свет, сего прошения. Писал ты, радость моя, ко мне, что был на море: а ты, свет мой, обещался мне, что было не ходить".
А у сына было на уме, как бы пойти подальше на будущий год. Он устроил верфь в Архангельске, заложил корабль, другой заказал в Голландии. По праздникам ходил в церковь, сам читал Апостол и пел с певчими на клиросе; обедывал у архиепископа Афанасия, с которым, между прочим, толковал о плавании по морям и рекам кораблями и другими судами; обедывал и ужинал у иностранных купцов и корабельных капитанов, которые могли порассказать ему так много любопытного.
Сжегши фейерверк, Петр 19 сентября выехал из Архангельска в Москву. Здесь всю осень работал над приготовлениями к новому морскому походу и принял название шкипера вместо бомбардира. На этот раз помехи быть не могло к морскому по ходу: 25 января 1694 года умерла царица Наталья Кирилловна на 42 году своей жизни, после пятидневной болезни. Петр оплакивал кончину матери чрезвычайно, записал очевидец. После похорон (26 числа) вечером явились к царю братья и родственники покойницы, и приход их причинил новую чрезмерную скорбь чрез день, 28 числа, записано, что Петр был на празднике у Лефорта, на другой день там же. Но не одни пиры Лефорта развлекали Петра в его горе. "Федор Матвеевич! - писал он к двинскому воеводе Апраксину. - Беду свою и последнюю печаль глухо объявляю, о которой подробно писать рука моя не может, купно же и сердце. По сих, яко Ной, от беды мало отдохнув и о невозвратном оставя, о живом пишу". Это живое состояло в том, чтоб приготовлено было все нужное для строения нового корабля в Архангельске.
1 мая Петр отправился во второй морской поход, котором; придан был такой же потешный характер, как и сухопутным по ходам: адмиралом был назначен известный генералиссимус князь Ф. Ю. Ромодановский, "человек зело смелый к войне, а паче к водяному пути", как в шутку выражался об нем Петр; вице адмиралом - бывший польский король И. И. Бутурлин, контр адмиралом (шаутбенахтом) - Гордон. Первым делом Петра по приезде в Архангельск был спуск на воду корабля, который заложил он прошлый год. Потом царь отправился на яхте "Св. Петр" в Соловки; на дороге поднялась страшная буря, кораблекрушение казалось неминуемо. Петр приобщился уже св. таин из рук сопровождавшего его архиепископа Афанасия: к счастию, нашелся искусный кормчий, Антон Тимофеев, который успел ввести яхту в Унскую губу, и они стали на якоре близ Пертоминского монастыря. Собственными руками Петр сделал крест в полторы сажени вышиною и поставил на том месте, где вышел на берег; на кресте виднелась голландская надпись: "Сей крест сделал шкипер Петр в лето Христово 1694".