И в Яренске Голицыны не остались. Дело о сообщниках Шакловитого тянулось, являлись новые показания, обвиняли Голицына в сношениях с колдунами; нашли переписку его с Шакловитым во время первого крымского похода: из переписки оказывалось, что он был именно крайний друг Шакловитому, а не простой знакомец; явился донос, что Голицын взял деньги с хана и потому отступил от Перекопи. Попался и Кропоткин: наконец явился самый опасный донос: монах Иоасаф извещал, что когда он был в Яренске, то князь Василий велел сказать князю Борису, чтоб его, князя Василья, берегли, пригодится, потому что царю Петру только год жить. Донос оказался совершенною клеветою, монах никогда и не бывал в Яренске, а вздумал оклеветать князя Василья, чтоб заслужить милость князя Бориса Алексеевича! Остальные обвинения Голицын отвергнул. Несмотря на то, его перевели в Пустозерск; с дороги он писал царям: "Ныне в пути мучим живот свой и скитаемся Христовым именем, всякою потребою обнищали и последние рубашки с себя проели. А в Пустоозере хлеб зело дорог и всякая живность, и помереть будет нам томною и голодною смертию. Милосердые великие государи! Велите нас, бедных и невинных, возвратить из такого злого тартара". Голицыных перевели в Пинежский волок - и здесь забыли: князь Борис, как увидим скоро, потерял свое первенствующее положение, которое перешло к Нарышкиным.
Решилась участь и третьего близкого к Софье человека, имя которого неразлучно с именами Голицына и Шакловитого. Мы видели, что Леший Медведь, как называли Сильвестра Медведева враги его, успел скрыться из Москвы и направлял путь к западной, польской, границе, но дорогобужский воевода схватил его в Бизюкове монастыре вместе с известным пятидесятником Гладким и отправил обоих в Троицкий монастырь. "Шакловитый, - говорил Сильвестр при допросе, - о государском здоровье и о убийстве никаких слов мне не говаривал, а сказывал мне пятисотный Ларион Елизарьев и, пришед ко мне, плакал, говорил: пришла на нас беда великая, не знаем, как быть, призывал нас Федор Шакловитый, меня, да Андрюшку Кондратьева, Алешку Стрижова, Оброску Петрова, и говорил, чтоб им тайно в ночь побить боярина Льва Кирилловича Нарышкина, да кравчего князя Бориса Алексеевича, и иных; я им отвечал: если вы так сделаете, то пропадете и с Федором здесь и в вечное душами; скажите ему, Федьке, что вам того дела учинить одним невозможно, а иным говорить вы о том не смеете, говорил бы он сам. И он, Ларион, с товарищи ему, Федьке, отказали и того делать не стали. Говорил Федька дважды мне, Селиверстку, наедине: как бы не было царицы Натальи Кирилловны, так бы у царевны с царем Петром было советно. Церкви святой я не смущал, а которые тетрадки писал дьякон Афанасий, что был у Спаса на дворце, о пресуществлении, и ту тетрадку принес ко мне показать он, дьякон, и я с той тетрадки списал себе две тетрадки; на патриарха в той тетрадке ничего не написано, а писано на греков; а книгу о Манне я написал по приказу царевны, и та книга посыпана была к гетману Ивану Степановичу и к киевским властям к свидетельству и с нею другая греческая книга, и в Киеве на обличение греческой книги написана обличительная книга и прислана князем В. В. Голицыным, как в 197 (1689) году был на службе. Извет Филиппа Сапогова, что умышлял я с Шакловитым убить патриарха, - ложный; а караул у меня был от Велика дни для того, чтоб патриарх тайно меня не сослал. И была у меня написана книга летописная, начата с 190 года, о правлении великой государыни и что было с того году, а писана та книга с письма Карионова, а чернил ту книгу я, а переписывал дьячок Ивашка".
На очной ставке с Сапоговым Медведев заперся. Его рас стригли и пытали, дали 15 ударов; не признался. Винился в одном что говорил стрельцам: "Не бойтесь! Хотя царя Петра сторон). и повезет, и много будет дней на десять, а то опять будет рука сильна стороны царевны". Это говорил ему Шакловитый, слыша от одного юродивого. Повинился, что говорил про патриарха: учился мало и речей богословских не знает; повинился, что под портретом царевны подписывал полный титул "вседержавнейшей самодержицы", семь добродетелей и вирши.
Расстриженного, называвшегося теперь уже Сенькою, Медведева отдали в руки духовному начальству, которое приставило к нему двоих увещателей, новоспасского архимандрита Игнатия и Софрония Лихуда; Сенька принес покаяние в ереси, объявил свою Манну обманною. Собор определил сжечь Манну всенародно, Медведева разрешить от церковной клятвы и сослать в монастырь под начал. Но этим дело не кончилось. После долгого укрывательства схвачен был один из главных сообщников Шакловитого, Стрижов, который показал на Медведева, что тот имел связь с каким-то поляком Силиным, занимавшимся чародейством и вызванным в Москву лечить глаза царю Ивану Алексеевичу. Силин долго жил у Медведева, и тот говорил ему, что Софья хочет выйти замуж за Голицына, а Медведева возвести на патриаршество вместо Иоакима. Медведева подвергли новой страшной пытке огнем и железом и потом казнили смертию 11 февраля 1691 года.