Знать, когда именно совершается великое таинственное действие, и с этим сообразовать свою молитву было очень важно для русских людей, и спор не мог легко потухнуть. Полоцкий умер; но он оставил из великороссиян ревностного ученика, готового и способного ратовать за мнения учителя. Одним из подьячих в приказе Тайных дел при царе Алексее был Семен Петрович Медведев, подружившийся здесь с товарищем своим Федором Шакловитым. Медведев обратил на себя внимание своею смышленостию, и его отдали учиться латинскому языку к Симеону Полоцкому; учился он три года, но когда отправлен был на посольство в Курляндию Ордин-Нащокин, то Медведеву с товарищами велено было ехать на посольство для наученья. Ученый подьячий не xoтел оставаться в Приказе, постригся в монахи под именем Сильвестра. прослыл чернецом великого ума и остроты ученой и сделан был строителем Заиконоспасского монастыря в Москве. Медведев стал ревностным защитником мнений Полоцкого и, следовательно хлебопоклонной ереси, а Медведев был хорош при дворе правительницы по дружбе своей с Шакловитым. Притом ученый Медведев очень неуважительно отзывался об учености патриарха Иоакима и личная вражда разгорелась вместе со спором о времени пресуществления и о других учениях Полоцкого, о других латинских новшествах. Самое сильное участие в споре с Медведевым приняли справщик (корректор) Евфимий и ризничий Акинф, которые, по словам Медведева, возмущали душою патриарха. Евфимий и Акинф скоро нашли себе сильных союзников. Еще в 1682 году архидиакон Чудова монастыря Карион Истомин подал царевне Софии вирши, в которых уговаривал ее привести в исполнение мысль брата Феодора:
В ученых греках патриарх Иоаким нашел себе сильных защитников против мнений Полоцкого. Между ними и Медведевым завязалась полемика. Медведев написал сочинение под именем Манна, где доказывал, что пресуществление совершается при произнесении слов Христовых. Лихуды доказывали противное в книге своей Акос, или врачевание, противополагаемое ядовитым угрызением змиевым. Против Акоса дьякон Афанасий написал: Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов; Лихуды отвечали Диалогами грека-учителя к некоему Иисуиту. Спор не ограничился одними учеными, стал общим делом: не только священники, но и миряне, даже женщины, при встрече друг с другом повсюду спорили о. времени пресуществления. Не все архиереи держались мнения патриарха; в наставительной грамоте рязанского митрополита Павла духовенству своей епархии читаем: "В божественной литургии ума намерение твердо имети. Ума же намерение сие есть, егда глаголет словеса сия: приимите, ядите и пийте от нея, да имать ум свой весь собран в оны словеса, еже бы преложитися хлебу в тело Христово и вину в кровь Христову, си есть; еже глаголет во время оно, сия и мыслит, а не иная. Блюди, о иерее! аще во время оно ум твой будет неподвижим, истинно божественную службу совершиши; аще ж в то время уста твоя глаголют оне словеса, ум же твой иная мыслит, веждь, яко смертию, сиречь непрощенно согрешаеши".
Вмешались в дело поляки, иезуиты, находившиеся в Москве: по рукам ходили польские книги, наполненные латинскими мудрованиями, слышались голоса, что на Флорентийском соборе латины осилили греков.
Что такое Флорентийский собор? кто знает? и где взять прочесть, чтоб было что отвечать врагам? Иоаким пишет в Киев, к митрополиту Гедеону: "Ныне, грех ради наших, видим, что дышит на паству змей адский: одни принимают и хвалят собор Флоренский, другие его не принимают, и спор идет в том сильный, а верных писаний обе стороны показать не могут, потому что в книгах наших редко где об этом находим известие; и тебе бы, сын, постараться известить нашей мерности, для чего этот собор был, как начался и всеми четырьмя патриархами принят ли? Хотим получить известие от ваших книг, потому что у вас больше об этом рукоиисных и печатных книг". Гедеон объяснил, в чем дело, указал на печатные книги, где заключаются известия о Флорентийском соборе, и между прочим указывал на книгу, отпечатанную в Москве в 1648 году: "Книга о вере единоистинной и православной и о св. восточной церкви". В конце письма Гедеон говорит: "Аз твоему святейшеству яко отцу архипастырю и господинови моему исповедую, яко Флоренское соборище не приимую, паче же яко ересь противную отметаю".