Но этого было мало. Правительница обещала простить стрельцов и солдат только с условиями: 1) нынешние свои вины заслуживать головами своими, никакого дурна не мыслить, смятения не затевать и никого к тому не подговаривать, ни к каким мятежникам-раскольникам и другим воровским людям не приставать, по-прежнему не собираться с оружием в город и никуда не приходить, кругов, по козачью, не заводить. 2) Кто станет говорить непристойные речи на государей, бояр и всяких чинов людей, или объявятся прелестные и смутные письма, таких людей хватать и приводить и письма приносить в Приказ надворной пехоты. 3) К начальству многолюдством, с шумом и невежеством не приходить. 4) Самим ни с кем не управляться, не своевольничать и не грабить, быть у начальства в послушании. 5) Пушки и всякие запасы, взятые 18 числа, возвратить немедленно в прежние места. 6) Куда кому указано идти на службу, выступить немедленно. 7) Ни у кого дворов себе не отнимать, людей и крестьян в пехотный строй и на свободу не подговаривать и свойственниками их не называть. 8) В солдатский Бутырский полк и в полки надворной пехоты никого вновь, без указа, не приверстывать; солдатских и надворной пехоты детей, которые моложе семнадцати лет и у которых есть отцы, из солдат и надворной пехоты отставить, быть им до 17 лет в недорослях и жить с отцами; боярских людей, крестьян и гулящих людей, которые в нынешнее смутное время писаны в солдаты и надворную пехоту, выкинуть из того строю всех и отдать их помещикам и вотчинникам по крепостям, а гулящих людей переписать и отправить на прежние места жительства, а на Москве не держать, чтоб от них воровства не было. 9) В дело Хованских не вступаться.
8 октября, в воскресенье, патриарх служил обедню в Успенском соборе, который весь был наполнен стрельцами. После обедни на амвоне поставили два налоя: на одном положили Евангелие, на другом - руку апостола Андрея Первозванного; вышел патриарх, прочел поучение о мире и любви, потом прочтены статьи, исполнения которых правительство требовало от надворной пехоты. Стрельцы целовали Евангелие, руку апостола и приняли статьи от патриарха, обещая желать государям добра и не щадить за них голов своих. Иван Хованский был выдан ими Головину и отправлен в Троицкий монастырь: там прочли ему смертный приговор, положили на плаху, но не казнили, а отправили в ссылку.
Октябрь приходил к концу, а двор все еще жил у Троицы, окруженный дворянскими полками. Стрельцы решились, или их заставили решиться, сделать последний, самый трудный шаг - отказаться от дела 15 мая как от подвига и признать в нем мятеж, преступление. Стрельцы подали челобитную: "Грех ради наших, боярам, думным и всяких чинов людям учинилось побиение на Красной площади, и тем мы, холопи ваши, бога и вас, великих государей, прогневали; по заводу вора и раскольщика Алешки Юдина с товарищами, по потачке всякому дурну названного отца их, князя Ивана Хованского, и сына его, князя Андрея, били челом все полки надворной пехоты, покрывая большие свои вины, чтоб вы, великие государи, пожаловали нас грамотами, чтоб нас ворами и бунтовщиками никто не называл, - и жалованные грамоты даны. По злоумышлению тех же Юдина и Хованских били челом, чтоб на Красной площади сделать столп и написать на нем вины побитых, и столп сделан. И ныне мы, видя свое неправое челобитье, что тот столп учинен не к лицу, просим: пожалуйте нас, виноватых холопей ваших, велите тот столп с Красной площади сломать, чтоб от иных государств в царствующем граде Москве зазору никакого не было".
Столп был сломан, и стрельцам с солдатами дана новая жалованная грамота, где говорилось, что по злохитростному умышлению князей Хованских и Алешки Юдина с товарищами солдаты и стрельцы возмутились и в этой смуте побиты были бояре и других чинов люди; за это Хованский и Юдин казнены 17 сентября, а солдаты и стрельцы подали заручные повинные челобитные. Великие государи, видя их слезы, простили им преступление, запретили называть их бунтовщиками и изменниками, приказали выдавать им годовые их оклады сполна, без вычета и безволокитно, без взяток от приказных людей, прибавить подъемные деньги и не делать никаких вычетов на разные полковые потребности, на начальство им не работать.
Только после этой окончательной повинной со стороны стрельцов двор возвратился в Москву 6 ноября. Надобно было прежде всего озаботиться выбором начальника Стрелецкого приказа (название надворной пехоты исчезло). Сначала назначили на это важное место окольничего Змеева, но потом в декабре нашли человека более надежного: думного дьяка Федора Леонтьевича Шакловитого. Твердость нового начальника подверглась скоро испытанию. 26 декабря явилась в Стрелецкий приказ толпа стрельцов из полку Бохина под предводительством двоих - Ивана Пелепельника и Федора Ворона. С невежеством и шумом подали они челобитную, чтоб перевели из их полка несколько стрельцов в другой полк. Им отвечали, что этот перевод уже состоялся и без их челобитной. Стрельцы ушли, но потом возвратились и начали кричать, чтоб выдали им пятисотного Борисова и приказного пристава Кондратьева. Им Отвечали, что этого сделать не довелось, а будет им царский указ по сыскному делу. Стрельцы не переставали кричать, что их прислали всем полком. Шакловитый велел перехватать крикунов и посадить их в приказ. Но вслед за тем в том же полку обнаружилась новая смута: по сыскному делу надобно было взять в приказ стрельца Ивана Жареного; но когда сотенный пришел, чтоб схватить его, товарищи вступились за Жареного, начали кричать: "Пусть нас всех переказнят, а Ивашку мы не отдадим!" Но пришли два стрелецких полка и Ивашку взяли вместе с четырьмя заводчиками смуты и всех казнили смертию. Бохинские стрельцы пришли просить прощения, но им объявили, что за вину свою они на государевом дворе караулов держать не будут и жалованная грамота у них взята. Через несколько времени, впрочем, их совершенно простили.