Между тем Никон стал изнемогать. Кирилловский архимандрит известил патриарха, что заточник при смерти, принял схиму, освящен елеем; архимандрит испрашивал особых распоряжений насчет похорон: где положить, как поминать? Иоаким велел похоронить как простого монаха. Но Никон и на смертном одре не считал себя простым монахом, не думал отказываться от патриаршества. В последнем письме своем к братии Воскресенского монастыря он называет себя патриархом; в этом письме Никон уведомляет о своей тяжкой болезни, приковавшей его к постели: "А милость великого государя была, что хотел меня из бедности взять, по вашему челобитью, и писал жаловал своею рукою, а ныне то время совершилось, а его милостивого указу нет, умереть мне будет внезапу. Пожалуйте, чада моя, не попомните моей грубости: побейте челом еще о мне великому государю, не дайте мне напрасною смертию погинуть, моего житья конец приходит". Воскресенские монахи подали это письмо государю; он показал его патриарху, другим архиереям, умоляя их согласиться на переведение умирающего. Наконец согласились. Никона взяли из Кириллова монастыря, с большим трудом довезли до реки Шексны, где посадили на струг и повезли Шексною, а потом Волгою к Ярославлю. Когда доплыли до Толгского монастыря, Никон, чувствуя крайнее изнеможение, велел пристать к берегу и приобщился. После этого струг был введен из Волги в реку Которость: здесь Никон умер 17 августа 1681 года, 75 лет от рождения. Тело привезли в Воскресенский монастырь, где похоронили с большим торжеством, в присутствии царя.
Конечно, не плачевные челобитные и ловкие оправдания Матвеева, а перемены придворных отношений были причиною тому, что участь и пустозерских заточников в одно время с участью Никона, именно в 1680 году, была облегчена: их перевели в Мезень. Облегчение было не очень велико, если судить по новым жалобам Матвеева: "А и на Мезень велено нас переволочь от Пустозерского и горькослезного места, от моря к тому же пустому морю, за тою ж теснотою и стражею темничною, - писал Матвеев государю, - а и на Мезени нам тунедателей нет; жалованья дано 150 рублей, и того будет на день нам и сиротам нашим по три денежки, а на одежду нам твоего государевого милостивого указа нет. А и противникам церковным, которые сосланы на Мезень, Аввакума жена и дети, и тем жалованья на день по грошу на человека, а на малых но три денежки, а мы не противники ни церкви, ни вашему царскому повелению; плачу, что ветхий сединою, древен работами сверстан кормом с единолетним". В конце 1681 года царь Феодор помолвлен на Апраксиной, которая, как говорят, была крестница Матвеева. Первым делом невесты царской было - бить челом жениху о крестном, и в первых числах января 1682 года в Мезень приехал капитан Лишуков с указом объявить Матвееву и сыну его, что царское величество, рассмотря их невинность и бывшее на них ложное оклеветание и милосердуя о них, указал их из-за пристава освободить, московский их двор, подмосковные и другие вотчины и пожитки, оставшиеся за раздачею и продажею, возвратить, сверх того пожаловал им государь новую вотчину в Суздальском уезде - соло Верхний Ландех с деревнями, 800 дворов крестьянских, и указал отпустить их из Мезени в город Лух, где ждать им нового указа. Но этого указа они уже не дождались от Феодора.