В Южной Сибири продолжалась борьба с киргизами, которые осенью 1679 года опустошали Томский уезд, будучи подведены изменниками, государевыми ясачными людьми. Конные и пешие козаки выступили против разбойников, поразили их и отняли добычу, с потерею пяти человек своих. В то же время другая большая толпа киргизов приступила к Красноярску и к острожкам его уезда; крепостей взять им не удалось, но 16 деревень было сожжено; тубинцы соединились с киргизами; это озлобило красноярских детей боярских и козаков: они взяли тубинских аманатов, вывели за город и расстреляли в виду их родичей. Узнавши об этом, государь велел красноярского воеводу Загряжского посадить в тюрьму на день: зачем выдал аманатов служилым людям, а служилым людям велел сказать: "Довелись из них лучшие люди за ту вину, что аманатов расстреляли, смертной казни; но для нынешней их службы и разорения мы ту вину велели им отдать; и они бы, видя нашу такую премногую милость, нам служили и у тубинских князцов аманатов взяли добрых родов".
На севере самоеды не хотели платить ясака; когда летом 1679 года ясачные сборщики приехали в старый мангазейский город, то к ним явился самоедский князец Ныла и бросил на землю ясак - 76 песцов, тогда как прежде платили соболями и бобрами. "Давайте ясак по-прежнему", - сказали ему сборщики. В ответ Ныла крикнул своим родичам: "Промышляйте над ними!" Самоеды бросились с ножами на сборщиков, но те оттолкнули их, схватили Нылу и убили; родичи его бежали из города, но, собравшись с силами, начали приступать к нему; русские отбивались от них три дня и три ночи; осажденных выручили двое самоедских же князьков, которые ударили на своих и отбили их от города. Другие самоеды осаждали Обдорский городок и свирепствовали против своих, не хотевших действовать заодно с ними против русских.
На востоке поднимались то якуты, то тунгусы. Из Верхневилюйского зимовья ясачный сборщик дал знать якутскому воеводе, что разных родов ясачные тунгусы стояли с месяц около зимовья, хотели побить козаков и зимовье взять. Еще осенью 1675 года якуты убили несколько русских промышленников, и заводчиком оказался родоначальник Балтуга, якут Ярканской волости. К нему отправлены были для разговору двое козаков да несколько мирных якутов; но один из козаков был убит самым варварским образом. Якутский воевода послал на Балтугу отряд из русских и мирных якутов. После долгих переговоров Балтуга прислал аманатов, двоих детей - сына и племянника своего, и объявил, что сам придет, когда захочет; если же русские люди и якуты пойдут на него войною, то он всех побьет и станет драться до последнего ребенка, а живой русским людям не дастся; мирных якутов уговаривал, чтоб они к русским не приставали и на него войною не ходили, если же пойдут, то он и их побьет вместе с русскими. Но смелость не была в уровень с силами. Якутский патриот принужден был бежать перед врагами его свободы и, раненый, был схвачен и привезен в Якутск. Туда же привезли изуродованный труп козака, убитого якутами. Это зрелище взволновало якутских служилых людей, и они подали челобитную: "Посылают нас на твои, великого государя, службы и для ясачного сбора, и в посылки за изменниками в походы ходим; и твои изменники, ясачные и неясачные иноземцы, нас побивают до смерти и надругательство чинят многое, груди вспарывают, сердце вынимают, руки обсекают, глаза выкалывают. Божиею милостию изменника Балтугу с родниками поймали в бою, и на поимке он многих служилых людей переранил. Милосердый государь! Вели своему воеводе тем изменникам по Соборному Уложенью указ учинить". Брат убитого козака не вытерпел, подошел к раненому и связанному брату Балтуги и проколол его копьем до смерти. Воевода приговорил бить его кнутом на козле: не бей самовольством пойманных и связанных! Градские всех чинов люди упросили вместо кнута бить батогами: но служилые люди оскорбились, что их братью наказывают за изменников, и подали другую челобитную: "Хотим мы промышлять по великой реке Лене и по Витиму и по иным сторонним рекам, с наших промыслов в твою великого государя казну сбирается со всякого зверя десятая и с отпуску денежная казна; а теперь иноземцы якуты и тунгусы нас, сирот твоих, грабят, огнем жгут и убивают вместо свиней, разорили нас вконец и промыслы все остановили, а мы от них обороняться не смеем, боясь от тебя казни, и нам впредь на промыслы ходить никак нельзя, а твоей казне в том учинится недобор и поруха великая". Воевода, выслушав челобитье служилых людей, приискал в Соборном Уложении главу об изменниках, нашел, что их должно казнить смертью, и послал за указом в Москву. Здесь было принято искони - приводить иноземцев под государеву высокую руку ласкою, а не жесточью; притом здесь хорошо знали, что служилые люди часто сами выводят из терпения иноземцев, и потому пришел указ: великий государь Балтугу в вине простил для своего многолетнего здоровья и для поминовения отца своего, смертью казнить не велено, велено бить кнутом на козле нещадно и дать на поруки. Но в следующем же году поруки 20 человек ясачных якутов подали челобитную, что Балтуга с родичами свою братью якутов бьет грабит, насильства всякие чинит и ясака не платит.