Оставалось покончить с Астраханью. Мы видели, что Разин, уезжая, оставил здесь вместо себя атамана Ваську Уса и объявил астраханцам, что они могут управиться сами с остальными своими лиходеями. Астраханцы не долго медлили: 3 августа бунт, порубили бердышами подьячих Якова Трофимова и Ивана Бесчастного с товарищами, одних в сугон, других в домах, иных в тюрьмах; прибежали на митрополичий двор, начали искать здесь государева дворцового промышленника Ивана Турчанина, не нашли и напустились на митрополита и на его домовых людей, зачем спрятали Турчанина, грозились всех побить до смерти, ругали Иосифа скверными словами. "Ты угождаешь боярам, - кричали они ему, - только тебе у нас не уцелеть!" На этот раз митрополит спасся, что предсказано ему было и в сонном видении: видел он "палату вельми чудну и украшенну, сидят в ней трое убиенных князей Прозоровских и пьют питие сладкое паче меда, над ними венцы златы с драгим и многоценным камением; и он, митрополит, обретеся в той же палате, токмо от них подале сидел, и питья своего ему не дали пить, глаголюще: он к нам еще не поспел". Рассказывая этот сон, митрополит плакал и говорил: "Еще не пришел час мой смертный!"
Начали ходить слухи, что Стеньке плохо, разбит под Симбирском и бежал; но бунт кипел еще на восточной украйне, царские воеводы еще были заняты там, и воровские козаки не отчаивались. 2 ноября явился к митрополиту татарин и подал царскую грамоту, в которой государь увещевал астраханцев принести повинную. Митрополит велел списать несколько списков с грамоты и распорядился так: ключаря своего Негодяева и Вознесенского игумена Сильвестра отправил к есаулу Лебедеву (на которого, как видно, больше надеялся, чем на атамана Уса) убедить его, чтоб уговаривал своих воровских козаков отстать от воровства, а сам хотел увещевать народ в церкви. Но Лебедев, выслушав игумена и ключаря, "учинился неистов и на другой день поутру начал являть козакам, что митрополит со властями, с попами и дворовыми детьми боярскими складывает у себя грамоты, хочет нас всех отдать боярам руками". Козаки стали собираться на двор к атаману своему, Усу, туда же собирались и приставшие к ним астраханцы, а между тем гудел большой колокол, и народ толпился у соборной церкви. Пришел митрополит, велел ключарю облачиться и прочесть подлинную государеву грамоту вслух перед всем народом; в это время подошли с атаманова двора и козаки с окозачившимися астраханцами и также слушали грамоту. Ключарь кончил чтение и отдал грамоту митрополиту, но тут козаки бросились к последнему и вырвали у него из рук грамоту. Раздраженный таким бесчинством, Иосиф начал бранить Козаков, называл их еретиками, изменниками; те не остались безответными, начали ругать митрополита позорными словами, кричали: "Чернец! знал бы ты свою келью! что тебе до нас за дело? знаешь ли ты раскат?" "Посадить его в воду!" - раздавалось в одном месте. "Послать в заточение!" - в другом. Однако ни одна из угроз не была исполнена: козаки с государевою грамотою отошли к своему воровскому атаману. За митрополита поплатился ключарь: на другой день козаки схватили его, связали и били палками, допрашивали: "Скажи, кто ту грамоту писал? вы с митрополитом, попами и детьми боярскими ее здесь сложили?" "Государева грамота прямая, - отвечал ключарь, - прислана из Москвы". "А есть ли с нее список? - спрашивали воры. Ключарь, не стерпя палок, сказал, что списки есть. Явился к митрополиту есаул и с нечестью отобрал у него списки.
Слухи все приходили хуже и хуже для козаков: бунт улегался на восточной украйне, и вот в апреле пришла страшная весть - Разин взят старыми козаками в Кагальницком. Воры переполошились, но еще не потеряли всей надежды; решили, чтоб одна шайка с атаманом Федором Шелудяком отправилась вверх по Волге к Симбирску; Васька Ус по-прежнему оставался в Астрахани.
Здесь 21 апреля, в великую пятницу, митрополиту дали знать, что юртовские татары привезли из Москвы новую государеву грамоту и стоят за Волгою; Иосиф тотчас послал к новоучрежденным воровским астраханским старшинам, чтоб пришли к нему на совет. Посланный возвратился с ответом, что старшины нейдут, а стоят на базаре. Тогда митрополит пошел сам на базар и стал говорить пароду: "Православные христиане! ведомо мне учинилось, что есть к вам великого государя милость, призывная грамота, привезли татары, стоят они за Волгою; я государевой грамоты принять не смею, потому что вы меня и первою грамотою поклепали, будто я ее со властями и с попами складывал и писал дома; так вы теперь ступайте, возьмите грамоту сами и привезите ее ко мне; а великий государь-свет милостив, вины вам отдаст". Митрополиту отвечали старшины: "Мы не смеем без атамана Васьки Уса" - и пошли к атаману, а митрополит в собор. Тут подошел к нему Васька Ус с есаулом Топорком: Топорок начал бранить митрополита; тот рассердился и кинулся на него с посохом: "Враг ты окаянный, еретик и богоотступник! Что вы не повинуетесь великому государю?" Пошумев у собора, козаки пошли прочь, ругаясь скверными словами.