Еще в то время, как участь Никона не была решена, еще до приезда патриархов восточных, собор духовенства русского решил участь противников Никона, которые ратовали против его новшеств, против исправления книг. В феврале 1666 года десять архиереев решили предварительно признавать православными патриархов греческих, несмотря на то что они живут под властью султана; признавать православными и греческие книги, ими употребляемые; наконец, признавать правильным Московский собор 1654 года. Вятский епископ Александр, архимандрит Спасского Муромского монастыря Антоний, игумны - Златоустовского монастыря Феоктист и Бизюкова Сергий Солтыков; монахи - Ефрем Потемкин, Сергий, Серапион, Григорий (Иоанн Неронов), поп Никита принесли собору покаяние в сопротивлении своем новоисправленным книгам и получили разрешение. Нераскаявшиеся были преданы анафеме и наказаны: протопоп Аввакум заточен в Пустоозерский острог; дьякон Феодор и после поп Лазарь лишены языка и сосланы туда же. В одиннадцать заседаний дело об исправлении книг было окончено: написали наставление духовенству с увещанием употреблять новоисправленные книги, а во всех спорных пунктах относительно крестного знамения, аллилуи и проч. сообразоваться с восточною православною церковью. Кроме того, собор рассмотрел и издал Жезл Правления, книгу ученого белорусского монаха Симеона Полоцкого, направленную против раскольников. Восточные патриархи, осудившие Никона, вместе с новым московским патриархом Иоасафом II подтвердили определения собора 1666 года; тут же решено было не перекрещивать латын при переходе их в православие. Антиохийский патриарх Макарий с дороги из Макарьевского Желтоводского монастыря писал в Москву к патриарху Иоасафу: "В здешней стране много раскольников и противников не только между невеждами, но и между священниками: вели их смирять и крепким наказанием наказывать".
Эти меры пришлось принять против одного из самых знаменитых монастырей в государстве. Мы уже упоминали о смуте, происшедшей в Соловках по поводу новоисправленных книг. В то самое время, как вопрос об этих книгах окончательно решался в Москве, соловецкие монахи опять напомнили о себе челобитьем на нового архимандрита своего, Варфоломея, и "на угодника его, а монастырю владельца, келаря Савватия Обрютина, которые пьянственным и всяким нестройным житием устав и чин св. Зосимы и Савватия нарушили и во всю Русскую землю св. обитель сотворили бесчестну и поносну, священников и дьяконов и рядовую братью напрасно плетьми бьют насмерть, в тюрьмы глухие сажают, голодом морят и, ограбив, вон высылают из монастыря, чтоб про них впредь никто ничего не говорил". В 1666 году Варфоломей был вызван в Москву и подал сказку: "В 1663 году в январе месяце призвал я в алтарь священников и дьяконов и говорил им, чтоб быть в пении и службе по указу великого государя и соборному изложению. В это время начал на меня кричать дьякон Нил: держишься ты уставщика еретика попа Геронтия, да и сам ты еретик: он тебя ереси научил; Арсений Грек научил ереси патриарха Никона, а Никон научил ереси государя. За это дьякон Нил бит безо всякой пощады". Несмотря на то что Варфоломей указал причину нерасположения к себе соловецкой братии, его не хотели снова послать к ней архимандритом, дали ему другой монастырь, а в Соловецкий на его место поставили Иосифа, соловецкого же монаха.
Осенью 1666 года отправился в Соловецкий монастырь ярославского Спасского монастыря архимандрит Сергий. Он собрал монахов и прочел им указ государев, грамоты и наказ архиерейского собора. В ответ раздались крики: "Указу великого государя мы послушны и во всем ему повинуемся, а повеления о символе веры, о сложении перстов, о аллилуии и новоизданных печатных
книг не приемлем!" Тут встает Никанор, бывший архимандрит Саввина монастыря, живший в Соловках на покое; Никанор поднимает руку, складывает три первые пальца и кричит: "Это учение и предание латинское, предание антихристово, я готов пострадать! Да у вас теперь и главы, патриарха, нет, и без него вы не крепки!" "Выберите кого-нибудь, с кем бы можно было говорить без шума", - сказал Сергий монахам. "Геронтий! Геронтий!" - раздалось со всех сторон. Выступает Геронтий и начинает: "Зачем вы в молитве "Господи Иисусе!" отъемлете сына божия?" Оратор был прерван страшным воплем: "Ох, ох! горе нам! отнимают у нас сына божия! где вы девали имя сына божия!" Когда крики утихли, Геронтий взял книгу с житием Евфросина, стал на стул, начал читать и увещевать: "Не прельщайтеся и не слушайте такового учения!" От этих речей встал мятеж и крик больше прежнего. С толпою нельзя было сладить; Сергий попробовал поговорить с Геронтием в келье при немногих свидетелях; но и этот спор кончился ничем; Геронтий говорил: "Прежде от Соловецкого монастыря вся Русская земля всяким благочестием просвещалась и ни под каким зазором Соловецкий монастырь не бывал, яко столп и утверждение и светило сиял; вы теперь новой вере от греков учитесь, а греческих архиереев самих к нам в монастырь под начал присылают, они креститься не умеют, мы их самих учим, как креститься". Сергий, чтоб сломить противника, прибег к страшному средству; он стал спрашивать: "Великий государь царь Алексей Михайлович благоверен ли, благочестив ли, и православен ли, и христианский ли царь?" "Благоверен, благочестив и православен", - отвечал Геронтий с товарищами. Сергий продолжал спрашивать: "А повеления его, к вам присланные, православны ли?" Застигнутые врасплох, принуждаемые или к противоречию, или к произнесению страшных слов против царских повелений, противники замолчали. Сергий продолжал: "Освященный собор православен ли?" "Прежде патриархи были православны, - отвечал Геронтий, - а теперь бог весть, потому что живут в неволе, а российские архиереи православны". "Соборное повеление, с нами присланное, православно ли?" - спрашивал Сергий. "Повеления соборного не хулим, - отвечал Геронтий, - а новой веры и учения не приемлем, держимся предания св. чудотворцев и за их предания хотим все умереть".