Между разными голосами, поднимавшимися против Никона на соборе, мы не слыхали голоса Паисия Лигарида. Он даже почел за полезное для себя уклониться от развязки дела, в котором так сильно участвовал прежде, и подал царю просьбу: "Я пришел сюда не для того, чтоб спорить с Никоном или судить его, но для облегчения моей епархии от долга, на ней тяготеющего. Я принял щедрую милостыню твою, которой половину украл вор Агафангел: предаю его вечному проклятию как нового Иуду! Прошу отпустить меня, пока не съедется в Москву весь собор; если столько натерпелся я прежде собора, то чего не натерплюсь после собора? довольно, всемилостивейший царь! довольно! не могу больше служить твоей святой палате; отпусти раба своего, отпусти! как вольный, незваный пришел я сюда, так пусть вольно мне будет и отъехать отсюда в свою митрополию". Паисия не отпустили из Москвы, но он счел нужным для себя молчать во время споров с Никоном.
3 декабря было второе заседание без Никона. Царь объявил патриархам, что вчера, 2-го числа, он посылал Никону еду и питье, но тот не принял и сказал, что у него и своего есть много и будто он о том к нему, великому государю, не приказывал. "Никон делает все исступя ума своего", - отвечали патриархи. Когда подсудимый вошел, царь, опять сойдя со своего места, говорил патриархам речь, и все присутствующие били челом на Никона: "Бранясь с митрополитом газским, писал он в грамоте к константинопольскому патриарху, будто все православное христианство от восточной церкви отложилось к западному костелу, тогда как святая соборная восточная церковь имеет в сеое спасителя нашего бога многоцелебную ризу и многих святых московских чудотворцев мощи и никакого отлучения не бывало, держим и веруем по преданию св. апостолов и св. отец истинно: бьем челом, чтоб патриархи от такого названия православных христиан очистили". Тут царь и весь собор патриархам поклонились до земли. "Это дело великое, - отвечали патриархи, - за него надобно стоять крепко; когда Никон всех православных христиан еретиками назвал, то он и нас также назвал еретиками, будто мы пришли еретиков рассуждать, а мы в Московском государстве видим православных христиан; мы станем за это Никона-патриарха судить и православных христиан оборонять по правилам". Выставивши с такою торжественною обстановкою главный пункт обвинения против Никона, показавши, что не может быть примирения с пастырем, так жестоко оскорбившим паству, обвинившим ее в неправославии, для усиления впечатления представили патриархам самую важную улику на Никона, потрясавшую доверие к его словам, к его оправданиям: до сих пор Никон постоянно утверждал, что он не отказывался от патриаршества; теперь царь подал патриархам три письма, в которых Никон называл себя бывшим патриархом. Патриархи объявили: "В законах написано: кто уличится во лжи трижды, тому вперед верить ни в чем не должно; Никон-патриарх объявился во многих лжах, и ему ни в чем верить не подобает: кто кого оклеветал, подвергается той же казни, какая присуждена обвиненному им; кто на кого возведет еретичество и не докажет, тот достоин: священник низвержения, а мирской человек проклятия". Царь поднес письмо Никона о поставлении нового патриарха на его место. Патриархи продолжали: "Когда Теймураз был у царского стола, то Никон прислал человека своего, чтоб смуту учинить, а в законах написано: кто между царем учинит смуту, тот достоин смерти, и кто Никонова человека ударил, того бог простит, потому что подобает так быть". При этих словах антиохийский патриарх встал и осенил Хитрово, потом продолжал: "Архиепископа сербского Гавриила били Никоновы крестьяне в селе Пушкине, и Никон обороны не дал: да он же, Никон, в соборной церкви, в алтаре, во время литургии с некоторого архиерея снял шапку и бранил всячески за то, что не так кадило держал; он же, Никон, на ердань ходил в навечерии Богоявления, а не в самый праздник".
5 декабря - третье заседание собора в присутствии Никона. Еще до прихода последнего государь обратился к патриархам. "Никон, - сказал он, - приехал в Москву и на меня налагает судьбы божии за то, что собор приговорил и велел ему в Москву приехать не с большими людьми. Когда он ехал в Москву, то по моему указу у него взят малый (Шушера) за то, что он в девятилетнее время к Никону носил всякие вести и чинил многую ссору.
Никон за этого малого меня поносит и бесчестит, говорит: царь меня мучит, велел отнять малого из-под креста; если Никон на соборе станет об этом говорить, то вы, св. патриархи, ведайте; да и про то ведайте, что Никон перед поездкою своею в Москву исповедовался, приобщался и маслом освящался". Патриархи подивились гораздо. Когда Никон вошел, то патриарх Паисий начал говорить ему, что он отрекся от патриаршеского престола с клятвою и ушел без законной причины. "Я не отрекался с клятвою, - отвечал Никон, - я засвидетельствовался небом и землею и ушел от государева гнева и теперь иду, куда великий государь изволит, благое по нужде не бывает". Патриархи: "Многие слышали, как он отрекся от патриаршества с клятвою". Никон: "Это на меня затеяли; а если я негоден, то куда царское величество изволит, туда и пойду". Патриархи: "Кто тебе велел писаться патриархом Нового Иерусалима?" Никон: "Не писывал и не говаривал". Тут Иларион рязанский показал письмо его, где именно так было написано. Никон: "Рука моя, разве описался. Слышал я от греков, что на антиохийском и александрийском престолах иные патриархи сидят: чтоб государь приказал свидетельствовать, пусть патриархи положат Евангелие". Патриархи: "Мы патриархи истинные, не изверженные и не отрекались от престолов своих; разве турки без нас что сделали; но если кто дерзнул на наши престолы беззаконно, по принуждению султана, тот не патриарх, прелюбодей; а св. Евангелию быть ne для чего, архиерею не подобает Евангелием клясться". Никон: "От сего часа свидетельствуюсь богом, что не буду перед патриархами говорить, пока константинопольский и иерусалимский сюда будут". Иларион рязанский: "Как ты не боишься суда божия и вселенских-то патриархов бесчестишь!" Патриархи, обратясь к собору: "Скажите правду про отрицание Никоново с клятвою!" Питирим новгородский и Иоасаф тверской показали, что Никон отрекся и говорил: если буду патриарх, то анафема буду. Никон: "Я назад не поворачиваюсь и не говорю, что мне быть на престоле патриаршеском; а кто по мне будет патриарх, тот будет анафема; так я и писал к государю, что без моего совета не поставлять другого патриарха. Я теперь о престоле ничего не говорю; как изволит великий государь и вселенские патриархи". Патриархи велели читать правила амасийскому митрополиту по-гречески, а по-русски читал Иларион рязанский. Читали: "Кто покинет престол волею, без наветов, тому впредь не быть на престоле". Никон: "Эти правила не апостольские, и не вселенских соборов, и не поместных, я этих правил не принимаю и не внимаю". Павел крутицкий: "Эти правила приняла церковь". Никон: "Их в русской Кормчей нет, а греческие правила непрямые, их патриархи от себя написали, а печатали их еретики; а я не отрекался от престола, это на меня затеяли". Патриархи: "Наши греческие правила прямые!" Тверской ирхиепископ Иоасаф: "Когда он отрекался с клятвою от патриаршеского престола, то мы его молили, чтоб не покидал престола: но он говорил, что раз отрекся и больше не будет патриархом, а если возвратится, то будет анафема". Никон по-прежнему отвергал это показание. Тут встал Родион Стрешнев и объявил: "Никон говорил, что обещал быть на патриаршестве только три года". Никон: "Я не возвращаюсь на престол; волен великий государь". Алмаз Иванов: "Никон писал государю, что ему не подобает возвратиться на престол, яко псу на своя блевотины". Никон отперся и прибавил: "Не только меня, и Златоуста изгнали неправедно"; потом, обратись к царю, сказал: "Когда на Москве учинился бунт, то и ты, царское величество, сам неправду свидетельствовал, а я, испугавшись, пошел от твоего гнева". Царь: "Непристойные речи, бесчестя меня, говоришь: на меня никто бунтом не прихаживал, а что приходили земские люди, и то не на меня, приходили бить челом мне об обидах". Со всех сторон поднялись крики: "Как ты не боишься бога непристойные речи говорить и великого государя бесчестить!" Патриархи: "Для чего ты клобук черный с херувимами носишь и две панагии?" Никон: "Ношу черный клобук по примеру греческих патриархов; херувимов ношу по примеру московских патриархов, которые носили их на белом клобуке; с одною панагиею с патриаршества сошел, а другая - крест, в помощь себе ношу". Архиереи: "Когда отрекся от патриаршества, то белого клобука с собою не взял, взял простой монашеский, а теперь носишь с херувимом". Антиохииский патриарх: "Знаешь ли, что антиохийский патриарх судья вселенский?" Никон: "Там себе и суди; в. Александрии и Антиохии ныне патриархов нет: александрийский живет в Египте, антиохийский в Дамаске". Патриархи: "Когда благословили вселенские патриархи Иова-митрополита московского на патриаршество, в то время где они жили?" Никон: "Я в то время не велик был". Патриархи: "Слушай правила святые". Никон: "Греческие правила непрямые, печатали их еретики". Патриархи: "Приложи руку, что наш номоканон еретический, и скажи именно, какие в нем ереси?" Никон отказался это сделать. Патриархи: "Скажи, сколько епископов судят епископа и сколько патриарха?" Никон: "Епископа судят 12 епископов, а патриарха вся вселенная". Патриархи: "Ты один Павла-епископа низверг не по правилам". Царь: "Веришь ли всем вселенским патриархам? они подписались своими руками, что антиохийский и александрийский пришли по их согласию в Москву". Никон посмотрел на подписи и сказал: "Рук их не знаю". Антиохийский патриарх: "Истинные то руки патриаршеские!" Никон - антиохийскому: "Широк ты здесь; как-то ты ответ дашь пред константинопольским патриархом!" Голоса с разных сторон: "Как ты бога не боишься, великого государя бесчестишь и вселенских патриархов и всю истину во лжу ставишь!" Патриархи велели взять у Никона крест, который перед ним носили, на том основании, что ни у одного патриарха нет такого обычая, а Никон взял от латынников. Начался опять спор об отречении; наконец патриархи сказали: "Написано: по нужде и дьявол исповедует истину, а Никон истины не исповедует". Произнесли приговор: "Отселе не будеши патриарх и священная да не действуеши, но будеши яко простой монах".