Решительнее в пользу Никона отозвался иерусалимский патриарх Нектарий: в марте 1664 года он отправил в Москву посланца своего Савелия с двумя грамотами, к царю и Никону, с наказом, кроме них, не отдавать этих грамот никому. В грамоте к царю Нектарий увещевал призвать снова Никона на патриарший престол, показав ему присланные с Мелетием статьи вселенских патриархов, как руководство для его будущего поведения, и если он обещает руководствоваться ими, то достоин прощения; просил царя не приклонять уха к советам людей завистливых, любящих смуты, особенно если такие будут из духовенства. "В настоящем положении нашем, - пишет Нектарий, - когда наша церковь находится под игом рабства, мы уподобляемся кораблям, потопляемым беспрестанными бурями, и в одной вашей русской церкви видим ковчег Ноев". Нектарий увещевает царя последовать кротости Давидовой и не полагать во время своего царствования злого и гибельного начала сменять патриархов, правомыслящих о догматах веры; говорит, что нельзя обращать большого внимания на отречение Никона: указывает примеры, когда отречения иерархов были уничтожаемы; что же касается до Никона, то он не подал даже письменного отречения, царь и народ не принимали этого отречения, которое состоит только в словах. Нектарий заключает, что непременно должно или возвратить Никона, или возвести на его место другого, но гораздо лучше решиться на первое. Нектарию дано было знать, что Лигарид ищет титула экзарха патриаршеского и уже называется так в Москве; поэтому патриарх наказал своему посланному объявить в Москве, что это самозванство, что никто не облечен званием экзарха; Нектарий просил также, чтоб никого не принимали в качестве послов патриаршеских, если на грамотах не будет патриаршеской печати; переводить грамоты патриаршеские просит отдавать не грекам, но царским переводчикам, потому что греки искажают смысл грамот. Савелий объявил также: "Я слышал от патриарха, что, кроме Никона, на престоле другому никому быть нельзя, потому что вины его никакой нет".
Но еще до получения грамоты Нектария тот же Мелетий отправился опять на Восток с таким наказом от царя: "Непременно так сделать, чтоб александрийский, антиохийский, иерусалимский и бывший Паисий, а по нужде два, антиохийский и иерусалимский, приехали бы, А которые захотят прислать вместо себя, то говорить накрепко, чтоб прислали архиереев добрых, ученых, благоразумных, однословных, крепких, правдивых, могущих рассудить дело божие вправду, не желая мзды и ласкания, не бояся никакого страха, кроме страха суда божия. И ты, Мелетий, будучи у вселенских патриархов, памятуя страх божий, про патриарха Никона никаких лишних слов не говори, кроме правды".
Мелетий в январе 1665 года нашел Нектария иерусалимского в Молдавии: сам не поехал к нему, но послал с государевою грамотою Стефана Грека и подьячего Оловенинова. "Великий государь, - говорили они Нектарию, - просит и молит тебя, чтоб изволил потрудиться для христианского дела, пошел в Московское государство". "От великого государя, - отвечал Нектарий, - прислан был ко всем нам Мелетий Грек, и он знает, что я именно за тем и приехал в Молдавскую землю, чтоб отсюда идти в Москву, но за войною мне никак нельзя было проехать. С Мелетием мы послали к великому государю правила, и по ним для чего до сих пор ничего не сделано?" Оловенинов рассказал о приезде Афанасия иконийского, о свидетельствовании подписей, и когда Нектарий вторично спросил, почему же ничего не сделано по правилам, подлинность которых была засвидетельствована, то Оловенинов отвечал: "Без вселенского патриарха призывать Никона и другого на его место ставить невозможно; да у великого государя и другие дела есть, которых без вас никак устроить нельзя, весь церковный чин в несогласии, в церквах служит всякий по-своему, а пастыря нет". Узнавши, что во время отъезда Оловенинова государь еще не получил грамоты, отправленной с Савелием, патриарх очень горевал. "Если б моя грамота до государя дошла, - говорил он, - то и без нас давно дело сделалось бы". Нектарий обещал идти в Москву. "Пойду, хотя бы мне и смерть принять, - говорил он, - потому что я считаю великого государя вселенским царем; это единственный христианский царь, единственная наша надежда и похвала". Несмотря на то, Нектарий не поехал в Москву; Мелетию удалось уговорить ехать туда двоих патриархов: Макария антиохийского и Паисия александрийского.
Что же делал в это время человек, которого имя повторялось беспрестанно и в Константинополе, и в Яссах, в Египте и Сирии, что делал Никон? В 1663 году началось новое соблазнительное дело. Опять сосед Никона по землям Воскресенского монастыря, Иван Сытин, подал государю челобитную, что патриарх его крестьян пыткою пытал, а иных перевешал. Никон написал оправдательное письмо: "Извещаю о себе св. Евангелием, что ни, не знаю того дела, ни ведаю, сделал то дело малый иноземец: поймавши на озере Ивановых крестьян, побил батогами без нашего ведома, а у меня такого указа не было; бил он их за то, что у него рыбу покрали; я послал малого к тебе, великому государю: изволь его расспросить, хотя и с пристрастием. Сотвори суд праведный, припомни свое обещание, на избрании нашем пред всем собором и синклитом данное, что тебе ни во что священное не вступаться; а теперь делаешь над нами неправды великие, клеветников, врагов божиих, слушаешь и всех чинов людей в грех вводишь тем, что в патриаршей крестовой делается". Призванный к допросу патриарший сын боярский Лускин показал, что он действительно бил сытинских крестьян без Никонова ведома, но когда они стали похваляться поджогом, то он отвел их к патриарху, и тот велел бить их батогами в другой раз. В феврале 1664 года окольничий Сукин и дьяк Врехов отправились в Воскресенский монастырь с страшными, сокрушительными словами: "Ты писал, что про дело не ведаешь, а малый твой сказал, что ты крестьян батогами бить велел в монастыре в другой раз, значит, ты очень хорошо про дело знаешь. Ты писал, чтоб учинить суд праведный; но суд чинить здесь не в чем, потому что крестьяне биты батогами дважды без розыску и без свидетельства. Да объяви против своего письма, во что священное великий государь вступается, над тобою какие неправды чинит и клеветников кого слушает? Когда присылают ему бить челом на тебя и на твои монастыри, то он о розыске посылает говорить тебе, как и теперь по сытинскому делу. Объяви, чем великий государь в грех вводит в патриаршей крестовой? В патриаршей крестовой сидят теперь власти: рязанский архиепископ Иларион да боярин Петр Михайлович Салтыков - и розыскивают, что при твоем патриаршестве из соборной церкви и из монастырей взяты какие церковные утвари и книги, потому что этим церквам и монастырям взятые тобою утвари и книги даны при прежних великих князьях и царях и при нем, государе, а не келейной какой-нибудь казны сыскивают: за церковные вещи великий государь будет стоять и сыскивать и вперед".