Не все такими нежными делами занимался в Москве боярин и гетман, 11 декабря в дом к начальнику Малороссийского приказа боярину Салтыкову вдруг приходят переяславский протопоп Григорий Бутович, войсковой судья Петр Забела, писарь, есаул, двое полковников, киевский и нежинский, и начинают жаловаться со слезами: "Вчера обедали мы с боярином и гетманом Иваном Мартыновичем у боярина князя Юрия Алексеевича Долгорукого, и писарь Захар меня, протопопа Григория, лаял, называл брехом и замахивался ножом, хотел зарезать; я у него ножик отнял, так он стал замахиваться вилками, хотел меня колоть". "А нас, - кричали судья и полковники, - Захар также лаял позорными словами; мы терпеть ему не будем; если он так делает над нами теперь здесь, в Москве, то какого добра ждать нам от него вперед?" В тот же день вечером приехал к Салтыкову сам боярин и гетман с старшиною и били челом царю на писаря Захара Шикеева, чтоб великий государь велел им указ свой учинить, войсковой есаул Богдан Щербак бил челом от всего Войска Запорожского, которое в Москве, что им, Войску Запорожскому, от писаря Захара Шикеева чинятся многие налоги и тягости, становится он, Захар, пышнее боярина и гетмана, бьет и увечит многих людей невинно, в Войске он им Захар не надобен и ни в каком чину не годен. На другой день в приказе была очная ставка у Щербака с Шикеевым: Щербак говорил прежнее, что "Шикеев им в Войске не годен, потому что чинит налоги многим людям и бесчестит, а иных бьет безвинно, начал быть пышен и неприступен: не только кто с своим делом к нему придет, но если кто и от гетмана придет, то он говорить с собою не велит, и никто с ним говорить не смеет до тех пор, пока сам не спросит, и отказывает всякому человеку пышно и сердито. Пожаловал великий государь гетману и Войску Запорожскому подводы, и подорожная из приказа прислана; вот гетман с этою подорожною и послал меня в канцелярию к нему, Захару, а он как начал на меня фукать и отослал меня с бесчестьем, ни с каким делом к нему прийти нельзя, всех бесчестит пыхами своими!". Шикеева отправили в ссылку из Москвы.
Иван Мартынович загостился в Москве до конца декабря; а между тем еще с сентября начали приходить из Малороссии дурные вести и требования скорого возвращения гетмана. После отъезда Тетери в Польшу на западном берегу Днепра выдвигается на первый план уже известный нам Петр Дорошенко. Опасения Тетери сбылись: видя, что ни Москва, ни поляки не могут взять решительного верха на Украйне, которая опустошается вконец и союзниками и врагами, Дорошенко решился поддаться туркам, чтоб с их помощию вытеснить из Украйны и Москву и поляков и быть единственным гетманом на обоих берегах. Сначала он хотел посредством Крыма получить облегчение от польских насилий. Еще в январе 1665 года он послал к хану бить челом о заступлении перед королем, чтоб хоругви жолнерские на Украйне становищ не имели, хоть на время дать бы льготу истощенной и убогой стране; чтоб гарнизоны королевские из украинских городов, например из Чигирина, были выведены и там, где останутся, довольствовались бы своим прокормом, не отягощая жителей; чтоб возвратил заточенных: митрополита, Хмельницкого и Гуляницкого. Но челобитье это осталось без действия. В августе Дорошенку удалось избавиться от соперника своего, Опары, который также хотел отложиться от короля с помощию татар. Дорошенко успел уверить татарских мурз, стоявших в Украйне, что Опара ненадежен. 18 августа Опара со всею старшиною поехал из своего табора на совет к мурзам, но, еще далеко не доезжая до их наметов, он был встречен толпою татар, которые его ограбили и в одной рубашке привели к мурзам, а те надели ему цепь на шею и железа на ноги; все татары начали на него плевать и браниться, бросили ему в глаза письмо, которое он посылал к браславскому полковнику, уговаривая его вместе с собою воевать против короля. "Ты королю и нам присягал, - кричали татары, - а теперь хочешь воевать!" Овладевши Опарою и старшинами, татары двинулись на козацкий табор; козаки отстреливались целый день и к ночи заставили татар отступить. На рассвете другого дня татары снова налегли, опять ничего не успели и вступили в переговоры с козаками: "Если возьмете в гетманы Дорошенка, которого поставили мурзы, то не станем вас добывать, если же не возьмете, то сейчас пошлем за ляхами и будем вас добывать". Козаки, делать нечего, согласились; приехал Дорошенко и начал приводить их к присяге королю и хану, Опару же и всех его советников повели в Крым. Дорошенко вместе с татарами начал наступательное движение на браславского полковника Дрозда, верного Москве. Дорошенко уже отнял было воду у браславцев, но 22 сентября Дрозд сделал вылазку на неприятельские шанцы, побил всех находившихся там ратных людей Дорошенка, взял 8 знамен и дал возможность браславцам добывать воду. Овруцкий полковник Демьян Васильевич Децик разбил неприятелей между Мотовиловкою и Паволочью; западные черкасы вздумали было явиться и на восточной стороне, но были побиты. Наказный гетман, переяславский полковник Ермоленко, извещая об этом царя, так оканчивал свою грамоту: "Пожалуй нас, холопей своих, отпусти к нам поскорей Ивана Мартыновича Брюховецкого гетмана, ибо мы без него, как дети без отца: а как скоро он к нам придет, то весь народ христианский повеселеет и города малороссийские не будут в сомнении". Епископ Мефодий писал Брюховецкому из Нежина: "Теперь на Украйне без вашей милости ничего доброго нет, всяк в свой нос дует. Если б боярин Петр Васильевич Шереметев поспешил в Киев, то все б посмирнее было и тому бы бедному Дрозду, который в осаде 6 недель сидит, крепости прибыло; благодаря Дрозду на восточной стороне Днепра еще тихо от татар, а, сохрани боже, что с ним станется, тогда все силы бусурманские обратятся сюда. Доложи великому государю чрез боярина Петра Михайловича Салтыкова о великой обиде, которую делают начальные люди, полковники-немцы, их ротмистры и капитаны, немцы и ляхи, бедным людям в Котельве. И я в Котельве их тазал, и боярин Шереметев посылал к воеводе Протасьеву в Гадяч, чтоб наказал их; но тот ничего не может им сделать: жен от мужей поотнимали и вдов опозорили; бога ради, надобно это утолить, чтоб не было беды какой". Дрозд продолжал держаться в Браславле и отбил сильный приступ, неприятелей, как псов, набил и знамена все отнял. Таковы были вести в октябре; в ноябре пришли другие: Дрозд сдался от великой нужды; Децик покинул Мотовиловку и отступил к Киеву и оттуда поехал в Переяславль к наказному гетману; часть войска его разбрелась, другая перешла на восточную сторону, а на западной из верных козаков не осталось никого, кроме тех, которые были в Каневе. Децик покинул Мотовиловку, не выжегши ее; этим воспользовался королевский белоцерковский комендант и королевские черкасы, Малюта с товарищами, стали накликать в нее старых жителей и из других мест; чтоб укрепить ее по-прежнему, обещали прислать туда и немецкую пехоту. Это начало грозить большою опасностью Киеву, от которого Мотовиловка была только в 35 верстах и которому от нее и прежде не было покоя, когда она была за поляками. Чтоб предупредить беду, киевский воевода князь Никита Львов послал под Мотовиловку рейтарского майора Синягина. В полночь Сипягин подошел к городу, велел своим ратным людям перелезть через стену и отбить ворота; жители услыхали, начали стрелять, но рейтары всех их побили и выжгли город. Малюта в эту ночь ночевал в местечке Василькове, маетности Печерского монастыря; Синягин направился на Васильков, чтоб захватить Малюту, но печерские чернецы дали ему возможность уйти до прихода Синягина. В декабре епископ Мефодий начал говорить Львову, что в местечке Бышевке и других ближних местечках польские залоги (гарнизоны) небольшие и ездят из местечка в местечко без опасения, поэтому надобно послать на них ратных людей для поимки языков. Львов и отправил 18 декабря подполковника Якшина с отрядом из 120 человек. Якшин ночью захватил языков в Бышевке; но за 15 верст от Киева нагнал его из Белой Церкви майор с немцами, татарами и черкасами, разбил наголову и взял знамена. Мефодий, приехав в Киев, писал оттуда отчаянное письмо к Ракушке, казначею, или подскарбию, войсковому: "Пишу эту грамоту, слезами поливаючи; в Киеве ничего доброго не делается, потому что воевода нынешний - человек ни к чему не пригодный; во-первых, человек старый, к ратному делу неспособный; во-вторых, болен ногами и через порог избы не переступит; кроме слез, худобы и воровства, в Киеве ничего не сыщешь; если не поспешит боярин Шереметев или замедлит гетман на Москве, то будет беда с Киевом и с нашим Заднеприем. Ради бога, пиши к гетману, чтоб бил челом о скором отпуске и спешил сюда, потому что без головы составы все мертвы; пиши и к наказному, чтоб по крайней мере Канева не потеряли".