Мы видели, что грозная туча, ужаснувшая Москву в 1659 году, пронеслась мимо: хан с Выговским не являлись из-под Конотопа под ее стенами; Малороссия снова подчинилась великому государю. 1659 год завершился удачею: в декабре боярин Василий Борисович Шереметев из Киева ударил на Андрея Потоцкого, разбил его и взял обоз. Но в Малороссии что-то не ладилось.
В декабре 1659 года приехали в Москву от Хмельницкого послы - Андрей Одинец и Петр Дорошенко с наказом бить челом: 1) чтоб царских воевод, кроме Киева и Переяславля, нигде в других городах не было, кроме случаев неприятельского нашествия. Государь указал: этой статье быть по Переяславскому договору, а утесненья от царских воевод и ратных людей Войску Запорожскому не будет. 2) Чтоб гетману с судьями войсковыми и иною старшиною суд на преступных людей вольно было иметь на обеих сторонах Днепра, как над старшиною, так и над чернью, и осужденных по закону карать: иначе водворится непослушание и через непослушание смятение в Войске; чтоб послы гетманские грамоту отдавали сами в руки царского величества и чтоб эта грамота при послах же была прочитываема государю. Первая половина просьбы была отвергнута как несообразная с Переяславским договором; на вторую отвечали: листы гетманские при царском величестве принимают всегда: так повелось издавна; это изменник Ивашка Выговский толковал, будто посланцам их листов до царского величества доносить не дают; но этого никогда не бывало и вперед не будет; листы перед царским величеством читают, и все по ним государю бывает ведомо. 3) Чтоб государь не принимал никаких грамот, челобитен и посланцев из Войска Запорожского, ни от старшин, ни от черни, ни от духовных, ни от мирских людей, без листа от гетмана и печати войсковой: это для разных причин, потому что от оболгания ненавистных людей многие ссоры происходят. Ответ: если кто из Войска Запорожского к царскому величеству без гетманского листа и приедет, то царское величество велит дело рассмотреть, и если которые люди станут приезжать по своим делам, а не для смут, то царское величество и указ им велит чинить по их делам; от которых же объявятся ссоры, то государь никаким ссорам не поверит и велит отписать об этом к гетману. Так гетман бы ничего не опасался; если же исполнить эту их просьбу, то вольностям их будет нарушенье, этим они вольности свои сами замыкают. 4) При мирных переговорах с королем польским и другими окрестными монархами быть и послам Войска Запорожского с вольным голосом и заседать в особом месте; если будет комиссия с королевскими послами, то послы Войска Запорожского станут просить о возвращении от униатов забранных ими у православных владычеств, архимандритств, игуменств и разных маетностей. Царское величество указал: быть по их прошенью, послать им на съезд с польскими комиссарами двух или трех человек добрых, а не советников Ивашки Выговского. 5) Чтоб гетману и всему Войску Запорожскому вольно было послов от разных государств принимать и отпускать, доставляя в Москву списки с грамот, ими принесенных, или даже подлинные грамоты с печатями. Ответ: турецких, польских и других подобных послов не принимать; молдавских и валахских, которые придут с порубежными малыми делами, принимать; если же придут с большими делами, то грамоты присылать в Москву, а самих отпускать. 6) Чтоб царское величество простил Данилу Выговского, Ивашку Нечая, Гришку Лесницкого, Гришку Гуляницкого, Самошку Богданова, Германку Гапонова, Федку Лободу, быть им в прежнем достоинстве, чтоб государь велел освободить пленных, Ивана Сербина и других. Ответ: царское величество пожаловал, вперед этим людям баннитами не быть, а когда гетман сам будет у государя, тогда об этом и указ последует. 7) Чтоб гетману и Войску даны были жалованные грамоты, как даны были Богдану Хмельницкому; чтоб Юрию Хмельницкому дана была грамота на староство Чигиринское и Гадяцкий повет, с которых денежные и хлебные сборы должны идти на гетмана. Эта просьба была исполнена. 8) Чтоб духовенству малороссийскому был предоставлен свободный выбор митрополита; относительно же того, под чьим благословением быть киевскому митрополиту, то нам, мирским людям, говорить об этом не следует: как решит константинопольский патриарх, так и будет. Ответ: царское величество указал: быть тому по нынешнему Переяславскому договору, митрополиту киевскому быть под благословением патриарха московского, потому что духовенство на Переяславской раде приговорило так.
Юрий не был доволен Москвою: просьбы, которые всего больше лежали у него на сердце, не были исполнены. В это время заслышали в Малороссии, что сбираются на нее с двух сторон - король польский и хан крымский. В половине июля 1660 года гетман отправил посланцев к царю с такою информациею: просить государя, чтоб прислал в Малороссию другого боярина для обороны от хана крымского, потому что боярин Василий Борисович Шереметев пошел против ляхов; объявить, что король польский, хитрый в думах и в уставе, наступает крепко на царское величество и на города украинские с посполитым рушением; к нему на помощь крымский хан послал калгу с мурзами. Просить государя, чтоб велел донским козакам промышлять над крымскими городами и таким образом помешать соединению татар с поляками. Просить, чтоб государь отпустил шурина гетманского Ивана Нечая, потому что одним человеком богатая земля не убожится, а бедная не богатеет. "Сколько раз, - писал Юрий в грамоте, - просил я ваше царское величество о Иване Нечае, но до сих пор не мог получить желаемого: думаю, что писание мое до рук вашего царского величества не доходило; сестры мои две вдовы: одна но Даниле Выговском, другая по Иване Нечае с детками беспрестанно слезы проливают кровавые, на меня нарекают и докучают и просят, чтоб вашему царскому величеству бил челом и писал". Посланцы гетманские объявили в Москве, что боярин Василий Борисович Шереметев пошел против коронного войска, а с ним пошло 11 полков черкасских, всех ратных людей у него 60000; наказным гетманом при черкасах переяславский полковник Тимофей Цецура. Коронный гетман Потоцкий стоит около Межибожа, а войска у него с 10000; Чарнецкий и Сапега стоят под Борисовом: два раза приступали они к этому городу, но были отбиты. В Запорожье гетман посылает два полка - Черкасский да Каневский, а с кошевым в Запорогах - с 10000 войска, да охотников с Серком 5000: велено им промышлять над татарами.