Но между тем при беспрестанных сношениях псковичи торговые и всякие люди приезжали в Новгород, и от них были в разговорах многие смутные речи. В Новгороде началась молва, особенно с тех пор, как прислан был государев указ, велено хлеба покупать на государя, и стали по торжкам биричи кликать, чтобы русские люди покупали хлеба только про себя, непомногу, четвериками. Приехал из-за границы новгородец Никита Тетерин и начал рассказывать, что немцы собираются, ждут казны из Москвы, и как только казна придет, то им всем идти на Новгород; начались толки: "Государь этого не знает, отпускают казну бояре". Дней через пять после этого, вечером 15 марта, приехал в Новгород датский посланник Граб, и все начали говорить: "Вот и немцы с казною приехали!" Посадский человек Трофим Волк разговорился с русским толмачом, ехавшим при посланнике, Нечаем Дрябиным, и тот сказал ему, что идет из Москвы к немцам большая казна; Волк не смолчал об этой новости, а другой посадский, Елисей Лисица, явился к земской избе на площадь и стал кричать на весь мир, что гость Семен Стоянов провозит за рубеж хлеб и мясо, а немцы везут из Москвы большую денежную казну. На крик Лисицы собрались толпы народа и решили разделаться с немцами; земский староста Андрей Гаврилов, вместо того, чтоб унимать их, сделался предводителем мятежа. Датский посланник, только что выехавший из Новгорода, был остановлен, избит; Волк отличился пред всеми: бил Граба по щекам, проломил ему нос, сидел над ним с ножом и, наконец, обобрал его. Пожитки посланника, в которых видели казну государеву, не тронули, свезли их на Пушечный двор, но разграбили дворы своих богатых людей, братьев Стояновых, Василья Никифорова, Василья Проезжалова, Михайлы Вязьмы, Никиты Тетерина, Андрея Земского; взяли в земскую избу с Любского двора приезжих торговых немцев; в Каменном городе караульщики от ворот и от набата были отбиты, сполошный колокол заливался. Митрополит Никон и воевода окольничий князь Федор Андреевич Хилков выслали голов стрелецких и детей боярских унимать мятежников, но эти посланные, ничтожные числом, не могли ничего сделать; один из них, стрелецкий сотник Марк Басенков, чуть не был сброшен с башни.
Мятеж этим не кончился; на другой день, 16 марта, загудел опять сполошный колокол, раздались крики: "Государь об нас не радеет, деньгами подмогает и хлебом кормит немецкие земли". Но у мятежников не было предводителя; староста Андрей Гаврилов скрылся, испугавшись последствий затеянного дела; стали искать, кого бы взять в начальные люди, и нашли: за приставом сидел митрополичий приказный Иван Жеглов и двое детей боярских, Макар и Федор Негодяевы; Никон извещал об них государю, что они люди недобрые, хвалятся, что знают все, знают, что у царя и у короля в палатах делается, вынуты были у них воровские книги и тетради и отосланы в Москву. 16 марта толпа с шумом пришла в Софийский собор, где был митрополит и воевода, и отсюда отправилась освобождать Жеглова с товарищами; в земской избе составилось новое правительство: подле Жеглова засели здесь: посадский Елисей Лисица, Игнатий Молодожник, Никифор Хамов, Степан Трегуб, Панкратий Шмара, Иван Оловяничник, стрелецкий пятидесятник Кирша Дьяволов, подьячий Гришка Аханатков.
У воеводы не было материальных средств противиться этим новым правителям; митрополит решился действовать против них духовным оружием. 17 марта, в день Алексия, человека божия, в именины государевы, к св. Софии собралось множество народа; здесь на заутрени и на обедни Никон поименно проклял новых правителей. Начался ропот: "Государь жалует на свой ангел, из тюрем виноватых людей распускает, а митрополит в такой праздник проклинает; но проклинает он не одного Молодожника и Лисицу, а всех новгородцев, у них у всех одна дума". Так поднимали злобу на Никона, старались ожесточить против него всех, но не было предлога идти гилем на Софийский двор; 19 числа предлог нашелся. Прибежал с Софийской стороны на Торговую съезжей избы пристав Гаврила Нестеров, прозвищем Колча, сын площадного подьячего, и говорил: "Митрополит Никон и окольничий князь Федор изменники". Митрополит и воевода, узнавши об этом, велели схватить Колчу, которого привели в Софийский дом, били батогами и посадили в тюрьму. Вдруг прибегают в земскую избу отец его и жена с криком: "Миряне, вступитесь! Митрополит и окольничий сына моего пытают, бьют и огнем жгут". Толпа взволновалась и двинулась на Софийский двор. Испуганный Хилков скрылся у митрополита, который велел запереть двор: толпа. подойдя к дверям, кричала: "Выпустите из тюрьмы Гаврилу Нестерова". Митрополит и воевода отвечали: "Мы за него не стоим, что хотите с ним, то делайте". Народ освободил Нестерова, но тот снял с себя рубашку и стал показывать спину; тогда толпа опять двинулась к митрополиту и разломала двери. В крестовой найден был князь Хилков, и мятежники стали говорить ему: "Зачем ты от нас бегаешь? Нам до тебя дела нет, а если до тебя дело будет, то ты никуда от нас не уйдешь".