Апокризис раздражил сильно католиков: это видно по тону, в каком было написано возражение на него под заглавием Antirrhesis (1600 года). Автор Антиррезиса для борьбы с сильным противником должен был прибегнуть к отчаянному средству: ко лжи и брани. "Автор Апокризиса, - говорит он, - наполнил свою книгу таким множеством непристойных и ложных вещей, что и сам дьявол, из ада вылезши, не мог большей неправды сочинить, как этот Христофор Филалет в своих книжках написал; поистине, каждый может назвать его diawolofor и philopseudis, а не Christum ferens, et amator veritatis (т. e. не носителем Христа, что значит Христофор, и не любителем истины, что значит Филалет, а носителем диавола и любителем лжи).
Сам король в окружной грамоте своей к русскому народу счел за нужное вооружиться против поведения православных на Брестском соборе: "Митрополит, - пишет король, - с епископами, остальным духовенством и многими другими людьми веры греческой русской, сошедшись на месте обычном, в соборной церкви св. Николы, начал дело, как следует, молитвою, и три дня разбирал дело, справляясь с св. писанием, с правилами св. отец, призывая братским призывом к себе Михаила Копыстенского, епископа перемышльского, и Гедеона Балабана львовского, и других товарищей их, которые сначала сами добровольно приступили к унии и нам, господарю, дали знать об этом, а теперь, по наущению людей упорных, покинувши старшего своего архиепископа, митрополита и братью свою владык, покинувши храм божий, место святое, на котором обязаны были сходиться с старшим своим, и ни разу, во все продолжение собора, в церкви божией не ставши, захотели соединиться с анабаптистами, арианами, богохульниками и с другими старыми еретиками, неприятелями и поругателями веры православной - русской. Кроме того, взявши себе в товарищество шпионов и изменников наших, какого-то Никифора и других греков, чужестранцев, в божнице еретической засели, злостию и упорством, фараоновым сердцем окаменелым поступали и дела, им не принадлежащие, делать осмелились, против своего начальства, против нас, господаря, и против Речи Посполитой, от церкви божией отлучились, тайком заговоры и протесты составляли, к бланкетам печати и руки свои прикладывали, других людей разных, к собору не принадлежавших, к рукоприкладству приводили и силою подписываться заставляли, и, написавши что-то на этих бланкетах, по государствам нашим рассылать осмелились". Увещевая последовать примеру митрополита, принять унию, и извещая о проклятии Копыстенского и Балабана, король запрещает считать их владыками и иметь с ними сообщение, запрещает правительственным лицам противиться постановлениям Брестского собора, признавшего унию, и приказывает карать противников.
Итак, с православными велено было поступать как с преступниками, гонение на них было узаконено. Но указ королевский не мог быть приведен в исполнение во всей силе: наказывать за противление унии пришлось бы слишком многих, целый народ, и некоторые из этих многих были очень сильны, а правительство было очень слабо. В то время, как Сигизмунд приказывал преследовать православных и награждал епископов-униатов, князь Острожский уговорил Балабана и Львовское братство прекратить свои тяжбы на год, в продолжение которого обе стороны обещали князю оборонять заодно православную веру.
Но в то самое время, как Западная Россия волновалась униею, в ней обнаружилось явление, которое должно было иметь решительное влияние на исход борьбы. Мы видели, что оба государства Восточной Европы: Московское и Польское единовременно должны были начать неприязненные отношения к усилившимся на украйнах их козакам, которые вели себя одинаково, как на востоке, так и на западе. Величая себя сберегателями государств, они не ограничивались нисколько пограничною стражею, но, по своему хищническому характеру, которого они не скрывали, объявляя, что если им не нападать на соседей, то жить нечем - по этому характеру своему, козаки нападали на соседей и тогда, когда государству это было вредно, нападали морем на турецкие владения и вовлекали оба государства, и особенно Польское, в опасную вражду с Турциею. Понятно, что Польша должна была всеми силами хлопотать о том, чтоб отнять у козаков возможность вредить государству. По заключении мира с Турциею, по которому Польша обязалась удержать козаков от нападений на турецкие владения, на сейме 1590 года было определено, чтоб коронный гетман обозрел и привел в известность края, обитаемые козаками, дал бы им старшего, ротмистров и сотников из польской шляхты, чтоб козаки присягнули в верности республике, не отправлялись за границу ни водой, ни сухим путем без позволения коронного гетмана, не принимали польских беглецов, и чтоб козаков было определенное число, внесенное в гетманский список. Два комиссара отправились с сейма для постоянного пребывания между козаками, для наблюдения за исполнением сеймового решения. Понятно, что козаки не могли спокойно покориться этому решению; в 1592 году, под начальством какого-то Косинского, в числе 5000 человек, напали они на Подолию и опустошали владения князя Острожского и других панов. Князь Константин выслал войско, которое поразило Косинского под городом Пяткою, недалеко от Тарнополя; впоследствии Косинский был окружен и убит на дороге в Черкасы. В 1595 году, или около этого времени, запорожский гетман Григорий Лобода опустошил Украйну; на Волыни князь Константин Острожский успел уладиться с ним: Лобода отправился в дунайские княжества против турок, Острожский двинулся на Полесье; но в это время от войска Лободы отделился Наливайко с толпою в 1000 человек и занял Острополь, имение Острожского; не знаем, как разделался князь Константин с этим гостем; но знаем, что после Наливайко вторгнулся в Белоруссию, овладел Слуцком. 30 ноября 1595 г. Наливайко уже с 2000 козаков вступил в Могилев на Днепре; запылали дома, лавки, острог; девяносто домов превращено было в пепел; козаки грабили, убивали жителей, не разбирая ни пола, ни возраста. Против разбойников двинулся литовский гетман Радзивилл с 14000 литвы и 4000 татар. Наливайко, заслышав о приближении Радзивилла, вышел из Могилева и огородился возами; из этого козацкого укрепления отбивался он целый день от Радзивилла, отбился и ушел к Быхову. Литва гналась за козаками, но ничего им не сделала, только сама грабила. Коронный гетман Жолкевский писал королю в 1596 году: "Страшно вспомнить, до чего дошло это своевольство; какое забвение величия королевского, замыслы о разрушении Кракова, об истреблении шляхетского сословия!" Наконец Жолкевскому удалось поразить и взять в плен Наливайка при Лубнах в урочище Солонице. Наливайко был казнен в Варшаве в 1597 году. Подозревали Острожского в сношениях с Наливайком; говорили, что и Лобода, с ведома князя, опустошал Украйну; по этому случаю Острожский писал зятю своему, Радзивиллу, воеводе виленскому: "Полагаюсь на бога, который спасет не только от подозрения, но и от смерти".