Мужественно вынося испытание, не позволяя себе унизиться до забот о самом себе, Дионисий заботился о товарищах своей беды, хлопотал, чтоб они поскорее от нее избавились. Один из них, старец Арсений Глухой, не одаренный твердостью духа, не мог выдержать испытания; он подал боярину Борису Михайловичу Салтыкову челобитную, в которой подле сознания правоты своего дела, подле негодования на невежественных обвинителей, видим упадок духа, выражающийся обыкновенно желанием обвинить других в своей беде. "24 октября 1615 года, - говорится в челобитной, - писал из Москвы государевым словом Троицкого Сергиева монастыря келарь Авраамий Палицын к архимандриту Дионисию, велел прислать в Москву меня, нищего чернеца, для государева дела, чтоб исправлять книгу Потребник на Москве в печатное дело; а поп Иван Клементьевский приехал в Москву сам собою, а не по грамоте, и как мы стали перед тобою, то я сказал про себя, что меня не будет настолько, что я ни поп, ни дьякон, а в той книге все потребы поповские; а Иван поп сам на государево дело набился и бил челом тебе для себя, потому что у него там у Троицы жена да дети, чтоб государь приказал править книгу троицкому архимандриту Дионисию, а нам бы, попу Ивану да мне, чернецу Арсеньишку, да старцу Антонию с архимандритом же у дела быть: и ты, государь, по Иванову челобитью и по докуке, велел ему дать с дворца государеву грамоту на архимандричье имя". Оправдав сделанные в Потребнике поправки, Арсений продолжает: "Есть, государь, иные и таковы, которые на нас ересь взвели, а сами едва и азбуку знают, не знают, которые в азбуке буквы гласные, согласные и двоегласные, а что восемь частей слова разуметь, роды, числа, времена и лица, звания и залоги, то им и на разум не всхаживало, священная философия и в руках не бывала, а не зная этого, легко можно погрешить не только в божественных писаниях, но и в земских делах, если кто даже естеством и остроумен будет... Наше дело в мир не пошло и царской казне никакой протори не сделало; если бы мы что и недоброе сделали, то дело на сторону, а трудивыйся неразумно и неугодно мзды лишен бывает; а не малая беда мне, нищему чернецу, поднявши такой труд, сидя за государевым делом полтора года день и ночь, мзды лишаему быть; всего нам, бедным клирошанам, идет у Троицы на год зажилого денег по тридцати алтын на платье, одеваемся и обуваемся рукодельем... Не довольно стало, чтоб наши труды уничтожить, но и государыни, благоверной и великой старицы, инокини Марфы Ивановны кроткое и незлобивое сердце на ярость подвигнули. Если бы наше морокование было делано на Москве, то все было бы хорошо и стройно, государю приятно и всем православным в пользу, и великий святитель митрополит Иона по нас был бы великий поборник. Я говорил архимандриту Дионисию каждый день: архимандрит государь! откажи дело государю, не сделать нам этого дела в монастыре без митрополичья совета, а привезешь книгу исчерня в Москву, то и простым людям станет смутно. Но архимандрит меня не слушал ни в чем и ни во что меня ставил, во всем попа Ивана слушал, а тот и довел его до бесчестия и срамоты. Поп Иван на соборе слюнями глаза запрыскал тем, с которыми спорил, и это честным людям стало в досаду; и мне думается, что я, нищий чернец, страдаю от попа Ивана да от архимандрита, потому что архимандрит меня не послушал, дела не отказал, а поп Иван сам на государево дело набился, у дела был большой, нас в беду ввел, а сам вывернулся, как лукавая лисица козла бедного великобородого завела в пропасть неисходную, а сама по нем же выскочила". Наконец порешили дело, осудили Дионисия на заточение в Кириллов Белозерский монастырь; но трудно было провезти его туда, по причине неприятельских отрядов, загораживавших дорогу на север, и потому велели содержать его в Новоспасском монастыре, наложили на него епитемию - тысячу поклонов, били и мучили его сорок дней, ставя в дыму на полатях. Но заточение Дионисия не было продолжительно: приехал в Москву иерусалимский патриарх Феофан, при котором, как мы видели, возвратился Филарет Никитич и был поставлен в патриархи; Филарет, по современным известиям, спрашивал Феофана: "Есть ли в ваших греческих книгах прибавление: и огнем?" Феофан отвечал: "Нет, и у вас тому быть непригоже; добро бы тебе, брату нашему, о том порадеть и исправить, чтоб этому огню в прилоге и у вас не быть". Вследствие этого созван был собор, опять был сильный и долгий спор. Дионисий стоял в ответе больше осьми часов, успел обличить всех своих противников, и с торжеством возвратился в свой монастырь, где продолжал "искать красоты церковной и благочиния братского". Впрочем, Филарет Никитич не был еще успокоен доказательствами Дионисия и свидетельством Феофана; он говорил последнему: "Тебе бы, приехав в Греческую землю и посоветовавшись с своею братьею, вселенскими патриархами, выписать из греческих книг древних переводов, как там написано". Исполняя его желание, Феофан и александрийский патриарх Герасим прислали в Москву грамоты, где подтверждали, что прибавка "и огнем" должна быть исключена. О знаменитом Логине сделан был достойный отзыв в 1633 году, в грамоте патриарха Филарета, которою приказывалось отбирать уставы, напечатанные при Шуйском, "потому что эти уставы печатал вор, бражник, Троицкого Сергиева монастыря крылошанин чернец Логин и многие в них статьи напечатал не по апостольскому и не по отеческому преданию, а своим самовольством". В 1633 году протосипгел александрийский, архимандрит Иосиф, приехал и определен для перевода греческих книг на славянский язык.