17 мая, когда заговорщики были заняты истреблением самозванца и поляков, Михайла Молчанов, один из убийц Федора Годунова, успел скрыться из дворца и из Москвы. В сопровождении двоих поляков Молчанов направил путь к литовским границам, распуская везде по дороге слух, что он царь Димитрий, который спасается из Москвы и вместо которого москвитяне ошибкою убили другого человека. Этот слух скоро достиг Москвы и распространился между ее жителями. Мы не удивимся такому, с первого взгляда странному явлению, если вспомним, что не все москвичи принимали участие в убийстве Лжедимитрия, что многие из них шли в Кремль с целию спасать царя из рук поляков, и вдруг им выкинули обезображенный труп Лжедимитрия, в котором трудно было различить прежние черты. Чему хотим верить, тому верим охотно; как обыкновенно бывает в таких случаях, всякий старался представить свое мнение о чудном, таинственном событии, свою догадку, свое: мне показалось; так, одному французскому купцу показалось, что на трупе Лжедимитрия остались ясные знаки густой бороды, уже обритой, тогда как у живого царя не было бороды; тому же французу показалось, что волосы у трупа были длиннее, чем у живого царя накануне; комнатный слуга убитого Лжедимитрия, поляк Хвалибог, клялся, что труп, выставленный на Красной площади, нисколько не походил на его прежнего господина: лежал там, говорил он, какой-то малый, толстый, с бритым лбом, с косматою грудью, тогда как Димитрий был худощав, стригся с малыми по сторонам кудрями по обычаю студенческому, волос на груди у него не было по молодости лет. Маска, надетая на лицо Лжедимитрия, также была поводом к толкам, что тут скрывалась подстановка, и вот молва росла более и более. Но если некоторые жители Москвы верили в спасение Лжедимитрия, тем более должны были верить ему жители областей. Сам Шуйский видел, что ему нельзя разуверить народ касательно слухов о втором Лжедимитрии и что гораздо благоразумнее вооружиться против прав первого, дабы самозванец, и спасшийся, по мнению некоторых, от убийц, оставался все же самозванцем. Для этого Шуйский немедленно велел с большим торжеством перенести из Углича в Москву тело царевича Димитрия, после чего разосланы были грамоты с извещением об этом событии и с повторением о злодействах Лжедимитрия, с приобщением показания Бучинских, грамот, данных самозванцем воеводе сендомирскому, и переписки его с папою, равно как известия о покаянии царицы Марфы. Но в то время как в Угличе и в Москве прославляли святость невинного младенца, павшего под ножами убийц, на престоле сидел человек, который при царе Феодоре торжественно объявил, что царевич сам себя заколол в припадке падучей болезни! Шуйский решился даже сам нести всею Москвою до Архангельского собора тело царевича!
Грамоты Шуйского не помогли. В то время как Молчанов в самую минуту убийства Лжедимитрия уже помышлял о его воскрешении, в то же время князь Григорий Петрович Шаховской думал о том же и во время смуты во дворце унес государственную печать, как вещь нужную для исполнения своих замыслов. Новый царь помог ему в этом как нельзя лучше, сославши его воеводою в Путивль за преданность Лжедимитрию. Шаховской, приехав в Путивль, собрал жителей и объявил им, что царь Димитрий жив и скрывается от врагов; путивльцы немедленно восстали против Шуйского, и примеру их последовали другие северские города. В Чернигове начальствовал тот самый боярин князь Андрей Телятевский, который прежде не хотел участвовать в переходе целого войска на сторону первого Лжедимитрия, а теперь объявил себя на стороне второго, о котором еще никто ничего не знал обстоятельно: нет сомнения, что личные отношения к Шуйскому были причиною такого поступка. Начались волнения и в Москве; здесь еще не смели произнести громко имя Димитрия и потому старались привести толпу в движение по другому поводу: на домах иностранцев и бояр написали, что царь предает домы этих изменников народу на разграбление. Толпы начали сбираться, но на этот раз их разогнали. Чрез несколько времени, в один воскресный день, когда царь шел к обедне, увидел он множество народа у дворца: толпы были созваны известием, что царь будет говорить с народом. Шуйский остановился и, плача от досады, начал говорить окружавшим его боярам, что им не нужно выдумывать коварных средств, если хотят от него избавиться, что, избрав его царем, могут и низложить его, если он им неугоден, и что он оставит престол без сопротивления. Потом, отдав им царский посох и шапку, продолжал: "Если так, выбирайте кого хотите". Видя, однако, что все неподвижны, ниоткуда нет возражения, Шуйский подумал, что пристращал крамольников, что большинство за него, и потому, взявши снова посох, сказал: "Мне уже наскучили эти козни: то меня хотите умертвить, то бояр и иностранцев или по крайней мере ограбить их; если вы меня признаете царем, то я требую казни виновных". На этот раз все спешили уверить его в преданности своей и просили наказать возмутителей; схватили пятерых из толпы, высекли кнутом и сослали. Шуйский хотел воспользоваться этим усердием, чтобы вскрыть заговор, составленный во имя князя Мстиславского, но по исследовании дела нашли, что этот боярин вовсе не виноват в нем, что во имя его действовали родные, из которых больше всех был уличен боярин Петр Никитич Шереметев: его послали в Псков воеводою.