Пока упрямый Кучум был жив и не отказывался от вражды к Москве, до тех пор нельзя было ждать покоя в Сибири, и вот завели с ним опять сношения. Воейков послал сказать ему, чтоб он ехал к государю, государь его пожалует, жен и детей велит отдать; Кучум отвечал: "Не поехал я к государю, по государевой грамоте, своею волею в ту пору, когда я был совсем цел; а теперь за саблею мне к государю ехать не по что, теперь я стал глух и слеп, и нет у меня ничего. Взяли у меня промышленника, сына моего Асманака царевича; хотя бы у меня всех детей побрали, а один остался Асманак, то я бы с ним еще прожил; а теперь сам иду в Ногаи, а сына посылаю в Бухары". Старик пошел в Ногаи за смертию: его убили там. Семейство Кучума отправили в Москву с воеводами и козаками; дорога была тяжела для пленных, потому что провожавшие их воеводы не смели ничего сделать без царской грамоты, обо всякой безделице писали в Москву и дожидались ответа, а между тем пленники нуждались в необходимом. Козаки, по обычаю, буйствовали; воеводы писали царю: "Пришел к царевичам ночью пьяный козак, царевичей бранил непристойными словами, потом пришли ночью и к нам козаки и нас бранили. Мурзам от козаков теснота великая, а нас не слушают, ходят пьяные, воруют, к царевичам и к царицам ходят бесчинно, а нас и атаманов своих не слушают, говорят: мы вам не приказаны, так мы такие же, что и вы". Пленников ввезли торжественно в Москву напоказ народу и потом разослали по городам.
Строение городов в Сибири продолжалось; построены были: Верхотурье, Мангазея, Туринск, Томск. Томскому воеводе велено было прибрать в свой город в служивые люди и на пашню из зырян 50 человек, но ему удалось прибрать в Сургуте только пять человек. Тогда царь писал на Верхотурье, чтобы там прибрали для Томска 50 человек из гулящих охочих людей, и дать им по два рубля с полтиною денег человеку, хлеба по четверти муки, по полосмине круп, столько же толокна; прибрать молодцев молодых добрых, которые бы стрелять умели. Кроме служилых и пашенных людей, в новопостроенные сибирские города переводились из других городов и торговые люди: так, в 1599 году велено было двоим купцам из Вятки переселиться на Верхотурье. Прибирались туда и ямские охотники; им дано было от заимодавцев льготы на три года, с тем чтоб они в это время устроили себе дворы и завели пашню. Верхотурские стрельцы, козаки, пашенные крестьяне и ямские охотники били челом государю: держат они по найму для своей нужды, для пашни и для гоньбы ярыжных козаков, дают им найму по три рубля с полтиною и по четыре рубля на лето, кроме того, что они едят и пьют у них; но этих козаков берут у них воевода и голова на царские изделья; кроме того, воевода и голова нанимают к казенным баням ярыжных козаков, дают им найму в год по четыре и по пяти рублей, и эти деньги, также деньги на банную поделку велят собирать с их ярыжных козаков. Царь запретил это. Позволено было пинежанам и мезенцам ездить в Сибирь, торговать с тамошними народцами, платя десятый лучший мех в казну царскую. В 1604 году бил царю челом верхотурский ямской охотник Глазунов: торгует на Верхотурье верхотурский жилец, торговый человек Лучанин всякими товарами с вогуличами; у кого сведает какой товар, перекупает, а младшим людям товару никакого купить не даст; сам на товаре даст рубли два или три, а возьмет рублей восемь, десять или пятнадцать, царской десятинной пошлины не платит, говорит, что у него жалованная грамота. Царь писал воеводе, что если ямщик говорит правду, то брать у Лучанина пошлину, какая берется с приезжих торговых людей, и не велеть ему перекупаться товарами, чтобы верхотурским всяким людям в том нужды и тесноты не было.
В Верхотурском уезде заведены были казенные соляные варницы; но промышленность эта не могла идти успешно по причине недостатка в людях. Своего хлеба в новопостроенных сибирских городах недоставало, надобно было присылать хлебные припасы туда из Европейской России; самый удобный способ доставки был по рекам, но для этого нужны были суда, и вот для постройки судов велено было выслать в Сибирь плотников с Перми, Вятки, Выми, Сольвычегодска, Устюга человек 80 и больше; эти плотники устраивались пашнею в удобных для судостроения местах; судовые снасти отправлялись из Ярославля и Вологды. Надобно бы озаботиться и о дорогах сухопутных; проведена была дорога между Соликамском и Верхотурьем; прокладывали ее посошные люди под надзором вожа и целовальников; вож воровал, приказывал дороги чистить узко, мосты мостить худые, целовальники на него жаловались; жаловались воеводы и служилые люди, ездившие в Сибирь, что по этой новой дороге хлебных запасов и сибирской казны провозить будет нельзя и служилым людям ездить по ней будет с большою нуждою; царь велел послать целовальников и посошных людей чистить дорогу сызнова, чтобы на ней заломов и пней не было. Годунов заботился и о туземцах: в 1598 году он писал, чтобы не брать у тюменских татар подвод для гонцов, не взыскивать ясака с татар и остяков бедных, старых, больных и увечных; заботился о примирении выгод туземцев и русских переселенцев, писал верхотурскому воеводе, чтоб он вогуличам с верхотурскими торговыми людьми сенные покосы, рыбные и звериные ловли и всякие угодья поделил, как доведется, чтобы вогуличам нужды не было и верхотурским торговым людям чтобы также нужды не было. Крещеных дикарей велено было записывать в стрельцы; церкви в новопостроенных городах были снабжаемы книгами.