Кончивши это второе дело свое, дело сосредоточения земли, династия Рюрика сходит со сцены. Царь Феодор не мог сам управлять государством; явился правитель, который вследствие произведенного прежними государями сосредоточения власти и ослабления могущества вельможных родов мог легко, опираясь на свои близкие отношения к царю, осилить всех своих соперников. Достигнув первенства, Годунов должен был подумать о будущем, и будущее это было для него страшно, тем страшнее, чем выше было его положение настоящее: у Феодора не было сына, при котором бы Годунов, как дядя, мог надеяться сохранить прежнее значение, по крайней мере прежнюю честь; преемником бездетного Феодора долженствовал быть брат его, Димитрий, удаленный в Углич при воцарении старшего брата, удаленный "советом всех начальнейших российских вельмож". Димитрий рос при матери и ее родственниках, Нагих; понятно, какие чувства эти опальные Нагие питали к людям, подвергнувшим их опале, с какими чувствами дожидались прекращения своих бедствий, своего изгнания, в каких чувствах к Годунову и к людям ему близким воспитывали ребенка, который не умел скрывать этих чувств. За будущее должен был бояться не один Годунов, за будущее должны были бояться все те люди, которые были обязаны выгодами положения своего Годунову и лишались всего с его падением, а таких людей было очень много; наконец, за будущее должны были бояться те люди, которых судьба хотя и не была тесно соединена с судьбою Годунова, но по совету которых Димитрий подвергся изгнанию, а к этим людям принадлежали все начальнейшие российские вельможи. И вот в мае 1591 года разнеслась по государству весть, что царевича Димитрия в Угличе не стало, и понесся слух, что погиб он насильственною смертию, от убийц, подосланных Годуновым. Летописцы так рассказывают подробности события.
Сначала хотели отравить Димитрия: давали ему яд в пище и питье, но понапрасну. Тогда Борис призвал родственников своих, Годуновых, людей близких, окольничего Клешнина и других, и объявил им, что отравой действовать нельзя, надобно употребить другие средства. Один из Годуновых, Григорий Васильевич, не хотел дать своего согласия на злое дело, и его больше не призывали на совет и чуждались. Другие советники Борисовы выбрали двух людей, по их мнению, способных на дело, - Владимира Загряжского и Никифора Чепчюгова; но эти отреклись. Борис был в большом горе, что дело не удается; его утешил Клешнин. "Не печалься, - говорил он ему, - у меня много родных и друзей, желание твое будет исполнено". И точно, Клешнин отыскал человека, который взялся исполнить дело: то был дьяк Михайла Битяговский. С Битяговским отправили в Углич сына его Данилу, племянника Никиту Качалова, сына мамки Димитриевой, Осипа Волохова; этим людям поручено было заведовать всем в городе. Царица Марья заметила враждебные замыслы Битяговского с товарищами и стала беречь царевича, никуда от себя из хором не отпускала. Но 15 мая, в полдень, она почему-то осталась в хоромах, и мамка Волохова, бывшая в заговоре, повела ребенка на двор, куда сошла за ними и кормилица, напрасно уговаривавшая мамку не водить ребенка. На крыльце уже дожидались убийцы; Осин Волохов, взявши Димитрия за руку, сказал: "Это у тебя, государь, новое ожерельице?" Ребенок поднял голову и отвечал: "Нет, старое". В эту минуту сверкнул нож; но убийца кольнул только в шею, не успев захватить гортани, и убежал; Димитрий упал, кормилица пала на него, чтоб защитить, и начала кричать: тогда Данила Битяговский с Качаловым, избивши ее до полусмерти, отняли у нее ребенка и дорезали. Тут выбежала мать и начала кричать. На дворе не было никого, все родственники ее разошлись по домам; но соборный пономарь, видевший с колокольни убийство, заперся и начал бить в колокол; народ сбежался на двор и, узнавши о преступлении, умертвил старого Битяговского и троих убийц; всего погибло 12 человек. Тело Димитрия положили в гроб и вынесли в соборную церковь Преображения, а к царю послали гонца с вестию об убийстве брата. Гонца привели к Борису; тот велел взять у него грамоту, написал другую, что Димитрий сам зарезался, по небрежению Нагих, и велел эту грамоту подать царю: Феодор долго плакал.
Для сыску про дело и для погребения Димитрия посланы били в Углич князь Василий Иванович Шуйский, окольничий Андрей Клешнин, дьяк Елизар Вылузгин и крутицкий митрополит Геласий. Посланные осмотрели тело, погребли его и стали расспрашивать угличан, как, по небрежению Нагих, закололся царевич? Им отвечали, что царевич был убит своими рабами - Битяговским с товарищами - по приказанию Бориса Годунова и его советников. Но, приехавши в Москву, Шуйский с товарищами сказали царю, что Димитрий закололся сам. Нагих привезли в Москву и пытали крепко; у пытки был сам Годунов с боярами и Клешниным; но с пытки Нагие говорили, что царевич убит. Царицу Марью постригли в монахини и заточили в Выксинскую пустишь за Белоозеро; Нагих всех разослали по городам, по тюрьмам; угличан - одних казнили смертню, иным резали языки, рассылали по тюрьмам, много людей свели в Сибирь и населили ими город Пелым, и с того времени Углич запустел.