Феодор утвердился на престоле не без смут: как по смерти великого князя Василия началась немедленно смута по поводу удельного князя, так и теперь смута началась также по поводу удельного князя, брата Феодорова, Димитрия, хотя этот удельный и был младенец. Как видно, смута началась еще при жизни Иоанна, потому что в первую же ночь по его смерти, 18 марта, приверженные к Феодору вельможи обвинили в измене Нагих, родственников Димитрия по матери, велели их схватить, держать под стражею, схватили и многих других, которых жаловал покойный царь, и разослали по городам, иных по темницам, других за приставами; домы их разорили, поместья и отчины роздали в раздачу. Волновались вельможи и горожане; для охранения порядка отряды войска ходили по улицам и пушки стояли на площадях. Потом Димитрий с матерью, отцом ее и родственниками, Нагими, отослан был в свой удел-Углич. Иностранцы пишут, что главным заводчиком смуты в пользу Димитрия был Богдан Бельский, человек славившийся умом, досужеством ко всяким делам, беспокойный, честолюбивый, склонный к крамолам. По отъезде Димитрия в Углич Бельский остался в Москве и продолжал крамолы, вследствие чего противные ему бояре с народом осадили его в Кремле и принудили к сдаче. Русские летописцы также говорят о восстании московского народа против Бельского. По их словам, в народе разнесся слух, что Бельский с своими советниками извел царя Иоанна, а теперь хочет побить бояр, хочет искать смерти царю Феодору, после которого быть ему самому на царстве Московском. Чернь взволновалась, возмутила и ратных людей, пришли с великою силою и оружием к городу, и едва успели затворить от них Кремль. К черни пристали рязанцы-Ляпуновы, Кикины и другие городовые дети боярские, оборотили пушку к Фроловским (Спасским) воротам и хотели выбить их вон. Тогда царь Феодор выслал к народу бояр, князя Ивана Федоровича Мстиславского, Никиту Романовича Юрьева и двоих дьяков, братьев Щелкаловых, велел уговаривать народ милостиво, что возмутил его кто-нибудь не по делу, хотя пролития крови христианской, и расспросить, что их приход в город и на кого? На этот вопрос в народе раздался крик: "Выдай нам Богдана Бельского: он хочет извести царский корень и боярские роды". Тогда царь велел объявить народу, что Богдана Бельского он велел сослать в Нижний Новгород; и народ, слыша слова государевы и видя всех бояр, разошелся по домам. По другим известиям, в народе ходили слухи, что Бельский прочит царство Московское советнику своему Борису Годунову и что заводчиками Смуты были рязанцы Ляпуновы и Кикины, по внушению князей Шуйских. Наконец, по одному известию, поводом к Смуте было следующее обстоятельство: между боярами были две стороны: к одной принадлежали: князь Мстиславский, Шуйский, Голицын, Романов, Шереметев, Головин; к другой-Годуновы, Трубецкие, Щелкалов (?); Богдан Бельский хотел быть больше казначея, Петра Головина, и за Петра стал князь Мстиславский, а за Богдана - Годунов; Бельского хотели убить до смерти, и едва ушел он к царице; в это время один сын боярский выехал из Кремля на торг, начал скакать и кричать, что бояр Годуновых побивают до смерти; народ взволновался и двинулся к Кремлю; увидевши, что Кремль заперт, всколебался еще сильнее и стал придвигать пушки к воротам; тогда бояре помирились, выехали и уговорили народ разойтись. По некоторым известиям, в этом деле было убито 20 человек и около 100 ранено.
Как бы то ни было, верно одно, что приверженцы Феодора опасались неприязненных движений со стороны приверженцев Димитрия, что Богдан Бельский своими честолюбивыми стремлениями возбудил против себя сильную ненависть многочисленной и могущественной стороны в Думе и должен был ей уступить вследствие случайного или подготовленного его врагами мятежа народного. Летописец говорит, что Борис Годунов, мстя за приход на Богдана Бельского, велел схватить и разослать по городам и темницам дворян Ляпуновых, Кикиных и других детей боярских, также многих посадских людей; но мы знаем, как летописцы любили приписывать Годунову всякий насильственный поступок: они приписывают ему же и отдачу под стражу Нагих тотчас по смерти царя Иоанна; мы знаем также, что в это время он вовсе не имел того могущества, которым обладал после.
По словам летописца, пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Феодора, чтоб был на Московском государстве царем и венчался царским венцом. Это известие очень любопытно: зачем явились именитые люди из городов в Москву? Был ли обычай прежде, что именитые люди из городов являлись в Москву поздравлять нового государя и теперь они, устрашенные смутами, умоляют Феодора поскорее принять царский венец? Или положение дел было так смутно и опасно, или действительно рождался вопрос, кому быть царем-возрастному, но неспособному Феодору или младенцу Димитрию-и было так много людей на стороне последнего, что Дума сочла за нужное вызвать именитых людей из городов? Англичанин Горсей, бывший в это время в Москве, говорит о соборе, бывшем 4 мая, на котором присутствовали митрополит, архиепископы, епископы, игумены и все дворянство.