Но во времена Курбского не против одного протестантизма нужно было ратовать защитнику православия: уже последовало и католическое, иезуитское, противодействие, более опасное чем разделенный протестантизм. Курбский писал виленскому бурмистру Кузьме Мамоничу: "Слышал я от многих людей достойных об этом иезуите, который отрыгал много ядовитых силлогизмов на святую веру нашу, называя нас схизматиками, тогда как сами они совершенные схизматики, напившиеся от мутных источников, истекающих от новомудренных их пап. Но об этом, бог даст, будем пространнее беседовать не только с своим, но, если случится, и с ними; а теперь одно припомяну, чем они наших несовершенных в писаниях устрашают, говоря: кто не повинуется папе, тот не спасется. Это ложное их страшилище обличится; а теперь советуйте нашим, чтоб, без православных ученых не сражались с ними, не ходили бы к ним на проповеди. Не стыдятся они правоверных, в седмостолпных догматах стоящих, ругать и срамить, с еретиками смешивать, лютеранами, цвинглианами, кальвинистами, и отводить от православия к полуверию, к новомысленной и хромой феологии от истинного богословия. Похвально словесности навыкать и действовать, чтоб правду оборонять; а они, смешавши елокуцию с диалектическими софизмами и придав к тому пронунциацию, на правоверных обращают, истину стараются разорить ораторскими штуками, похлебствуя папе своему, превознося грозного вельможного епископа, оружием препоясанного и полки воинов водящего, и хуля наших патриархов, убогих и нищих, смиренномудрием Христовым украшенных, между безбожными турками мученически терпящих и благочестия догматы невредимо соблюдающих". В другом письме к тому же Мамоничу Курбский пишет: "О злохитростях иезуитских я уже тебе писал: не ужасайтесь софизмов их, но стойте только в православной вере крепко. Злохитростями своими супостаты не изгубят восточных церквей! Что они выдали против нашей церкви? Книжки своими силлогизмами ногайскими изукрашенные, софистически превращая и растлевая апостольскую феологию? Но вот, по божией благодати, подана нам книга от Святой Горы, точно самою рукою божиею принесена ради простоты и глубокого неискусства церковников русских церквей, не говорю-по лености и обжорству наших епископов. Об этой книге я уже тебе говорил, что князь Константин Острожский дал переписать пану Гарабурде и мне. В этой книге не теперешние дудки их и пищульки, но все силлогизмы, папою и всеми кардиналами и наилучшим их феологом Фомою (Аквинским) на апостольскую феологию восточных церквей отрыгнутые, опровергнуты боговидными мужами, Григорием и Нилом, митрополитами солунскими. Я советую вам письмо мое это прочесть всему собору виленскому, да возревнуют ревностию божиею по праотеческом родном своем правоверии, да наймут писаря доброго, и переписавши книгу, да читают ее трезво, отлучившись от пьянства: в ней готовые ответы блаженных тех мужей. А если будем растянувшись лежать в давнообычном пьянстве, тогда не только паны иезуиты и пресвитеры римской церкви, сильные в священном писании, силлогизмами и софизмами поганскими могут вас растерзать лежащих, но и дрянные зверки, то есть новоявленные еретики, могут вас растерзать и развести каждый в свою нору. Итак не унывайте, не отчаявайтесь, не ужасайтесь софизмов; но выберите одного из пресвитеров, или хотя из простых людей, словесного и в писаниях искусного, и приняв ту книгу в руки, противьтесь этим непреоборимым оружием".
Княгиня Чарторыйская писала к Курбскому, что сын ее в страхе божием и правоверии праотеческом утвержден, имеет охоту к священному писанию и что она хочет послать его в Вильну учиться, к иезуитам. Курбский отвечал: "Намерение твое похвально; но, как слуга и приятель твой, я не хочу от тебя утаить, что многие родители отдали детей своих иезуитам учиться свободным наукам, но они, не науча, прежде всего отлучили их от правоверия, как сыновей князя Коршинского и других. Впрочем, Василий Великий, Григорий Богослов, Иоанн Златоустый ездили учиться в Афины к поганским философам, а правости душевной и праотеческого правоверия не лишились. Я оставляю это дело на мудрое рассуждение вашей милости и приятелей твоих".
Другой знаменитый ревнитель по православию, князь Константин Острожский, считал позволительным низлагать врагов православия одних другими, пользоваться сочинениями протестантов против иезуитов, Курбский не разделял этого мнения: когда однажды Острожский прислал ему книгу иезуита Скарги и письмо арианина Мотовила, против нее направленное, то Курбский отвечал: "Кто слыхал от века, или в каких хрониках писано, чтоб волка-растерзателя к стаду овец на пажить призывать? Где слыхано, чтоб христианин правоверный от арианина христоненавистного услаждался епистолиями, или принимал от него писания на помощь церкви Христа бога?" Когда в другой раз Острожский прислал Курбскому книгу Мотовила против иезуитов, то он отвечал: "Ваша милость прислал мне книгу, сыном дьявольским написанную, антихристовым помощником сочиненную! Мне, христианину правоверному, брату своему присяжному, ваша милость эту книгу вместо поминка шлет? О беда, плача достойная! О нужда окаяннейшая! В такую дерзость и стултицию (глупость) начальники христианские впали, что не только ядовитых драконов в домах своих питать и держать не стыдятся, но и за оборонителей и помощников их себе почитают! И что еще дивнее: церковь божию оборонять им приказывают и книги против полуверных латин писать им повелевают!" Причину такого поведения князя Острожского Курбский полагает в лености и нерадении, в нежелании самому заняться изучением св. писания: "От лености все это нам приключается, от нежелания читать св. писание; я об этом тебе много и на словах докучал, чтоб ты читал его часто, хотя понемногу, и не перестану тебе докучать до самой смерти своей (потому что очень люблю тебя), пока не увижу, что ты приложишь об этом большее старание".