Мы видели, как Сигизмунд-Август был равнодушен к католицизму, и потому при нем панам греческой веры легко было испросить уравнение прав православного шляхетства с католиками: это уравнение последовало на виленском сейме 1563 года. При Батории русская церковь в Литве сильно почувствовала, чего она должна ожидать вперед от католического противодействия и главных проводников его, иезуитов: в 1583 году король велел отобрать землю у всех полоцких церквей и монастырей, кроме владычних, и отдать их иезуитам. В 1584 году во Львове, накануне Рождества Христова, католики, по приказанию архиепископа своего, с оружием в руках напали на православные церкви и монастыри, выволокли священников из алтарей, одних уже по освящении даров, других перед самым причастием, запечатали церкви и настрого запретили отправлять в них богослужение.
Еще при жизни владык короли уже назначали им преемников иногда людей светских, бояр, "ласково взглянувши на их верную службу, по желанию воеводы и бояр". Иногда престарелый владыка сдавал управление епархиальными делами какому-нибудь светскому лицу, оставивши за собою только звание и старшинство; новый правитель обращался к королю с просьбою об утверждении его на владычном столе в случае смерти старого архиерея. Назначивши митрополита в Киев, король давал знать об этом патриарху константинопольскому, чтоб тот благословил нового митрополита; грамота королевская патриарху в этом случае имела такую форму: "Даем знать достоинству вашему, что в панствах наших Великого княжества Литовского в животе не стало митрополита киевского и галицкого и всея Руси; на его место представлен нам от жителей греческого закона годный на то, смиренный владыка такой-то. Благословите его на митрополию по закону вашему, к службе церкви святой христианской, к научению и управлению всем, принадлежащим к этому достоинству, за что будет получать и от нас такую же благодарность, какую от предков наших прежние митрополиты получали. При этом желаем вам всякого добра". Мы видели, что распря полоцкого владыки с митрополитом о титуле и распря того же владыки полоцкого с владыкою владимирским решены были королем с панами радными: но в 1548 году, когда полоцкий архиепископ Симеон вместе с князьями, панами и боярами своей области подал жалобу королю на митрополита Макария, что тот поставил его опять ниже владыки владимирского, то митрополит объявил королю, что это суд духовный, в который король не может вступаться в силу привилегии, данной митрополиту Иосифу, что дело должно быть решено на соборе, по закону греческому; король согласился на созвание собора, выговорив, что если которая-нибудь из тяжущихся сторон найдет соборный приговор несправедливым, то имеет право перенести дело на решение королевское. В том же году бурмистры, радцы и мещане виленские греческого закона выпросили у митрополита грамоту, по которой виленское духовенство отдавалось в их управу и, если б кто-нибудь из священников не захотел их слушаться, того они могли отставлять от церкви и замещать другим с позволения митрополичьего. Протопоп и все священники подали жалобу королю на такой поступок митрополита. Король в 1542 году писал к митрополиту: "Очень удивило нас то, что мещане виленские мимо нас обратились с таким делом к тебе и выхлопотали такие неприличные грамоты, по которым присвоили в свою мещанскую управу наше господарское владение, что им никак не следует; не следовало и тебе священников, богомольцев наших, записывать своими грамотами кому-нибудь во владение; нельзя церквей божиих нашего стольного города брать из-под нашей господарской управы и отдавать в управление подданным: этого никогда при предках наших не бывало. Мы велели эту твою грамоту взять в нашу канцелярию и приказываем: если у какой-нибудь церкви умрет священник, то бурмистр или кто-нибудь из добрых людей вместе с твоим наместником, протопопом виленским, идут в эту церковь, переписывают в ней церковное имущество и запечатывают ее, а ключи церковные отдаются в соборную церковь Богородицы. Потом, выбравши доброго и ученого человека, они дают тебе знать, и ты, увидавши его годность, ставишь его в священники и приказываешь отдать ему ту церковь со всем ее имуществом". К мещанам король писал, чтоб они не смели управлять священниками под страхом пени в 1000 коп грошей и вперед подобных грамот у митрополита не брали: грамоты эти не имеют никакой силы; ибо митрополит имеет власть над духовенством только в делах духовных, а в других делах не может ни к чему их приневоливать. Но этим дело не кончилось: священники не переставали жаловаться королю на мещан, а мещане-на священников; тогда король в 1544 году, признавши, что имеет право чинить постановление божиим церквам, дал им уставную грамоту, в которой определил способ избрания священников, дьяконов и причетников: когда священник тяжело занеможет, то протопоп дает знать об этом бурмистру греческого закона; бурмистр идет сам или посылает двух радцев и писаря, которые и переписывают все церковные вещи, вместе с протопопом и священниками; когда же священник умрет, то бурмистр запирает церковь и держит у себя ключи до тех пор, пока будет поставлен новый священник; выбирают священника, дьякона, уставника и пономаря бурмистры и радцы с протопопом и двумя священниками. В грамоте определяется, сколько платить священникам за погребение, за соборование маслом; относительно исповеди постановлено: мещане приходят к отцам своим духовным по доброй воле, а не по нужде и, где хотят, там исповедаются; священники неволею никого не должны к себе призывать. Священники не имеют права вмешиваться в духовные дела лиц светских. Недовольные судом епископа жаловались королю, и тот приказал митрополиту пересмотреть дело.