Это странное перемирие объясняется желанием Иоанна сосредоточить все свои силы в Ливонии, не развлекаясь войною в других местах. Он не оставлял прежнего плана - сделать из Ливонии вассальное королевство, выдал племянницу свою, Марию Владимировну, за Магнуса, но дал последнему только городок Каркус и не дал вовсе назначенных в приданое за Мариею денег, потому что измена четверых иностранцев, находившихся в русской службе и пользовавшихся особенным расположением Иоанна, - Таубе, Крузе, Фаренсбаха и Вахтмейстера - сделала царя подозрительным: он боялся, чтоб Магнус на русские деньги не нанял войска, с которым стал бы действовать против русских. Немедленно по заключении мира со шведами московские войска явились под Пернау и овладели им, потерявши на приступах 7000 человек, по известиям ливонских летописцев; воевода Никита Романович Юрьев обошелся очень милостиво с жителями Пернау, позволил им со всем добром выйти из города и, чего не могли тут захватить с собою, то взять после. Гелмет, Ермис, Руэн, Пуркель сдались русским тотчас по завоевании Пернау. В начале 1576 года 6000 русских вторглись снова в Эстонию; Леаль, Лоде, Фикель, Габсаль сдались им без выстрела; жители Габсаля вечером после сдачи затеяли пиры, танцы; русские удивлялись этому и говорили: "Что за странный народ немцы! Если бы мы, русские, сдали без нужды такой город, то не посмели бы поднять глаз на честного человека, а царь наш не знал бы, какою казнию нас казнить". Эзель был опустошен; Падис сдан после однодневной осады; шведы тщетно покушались взять его снова.
В генваре 1577 года 50000 русского войска явилось под Ревелем и расположилось здесь пятью лагерями; у осаждающих было три орудия, стрелявшие ядрами от 52 до 55 фунтов; 6 орудий стреляли ядрами от 20 до 30 фунтов; четыре стенобитных орудия бросали каменные массы в 225 фунтов; из 15 орудий стреляли ядрами от 6 до 12 фунтов; при каждом орудии находилось по 700 ядер; но если по тогдашнему времени этот наряд и считался значительным, то в Ревеле было его в пять раз больше, притом осажденные приняли все меры против пожаров, которые должны были произойти от стрельбы осаждающих; удалены были все удобовозгорающиеся предметы; кроме того, что каждый житель должен был сторожить свой дом днем и ночью, отряды беспрестанно разъезжали по ночам, смотрели, не упало ли где раскаленное ядро; составлен был отряд из 400 крестьян под предводительством Иво Шенкенберга, прозванного Аннибалом, сына ревельского монетчика; эти храбрецы вместе с шведскими и немецкими ландскнехтами делали днем и ночью беспрестанные вылазки. После полуторамесячного безуспешного обстреливания русские сняли осаду и удалились. По уходе московских войск в Ревеле объявлена была свобода всем ратным людям идти опустошать русские владения в Ливонии, и вот поднялись все уличные бродяги, даже калеки, на добычу; ограбленные крестьяне присоединились к толпам грабителей, чтоб грабить свою же братью.
Летом сам царь выступил в поход из Новгорода, но вместо того, чтоб идти к Ревелю, как думали, направил путь в польскую Ливонию; правитель Ливонии Ходкевич не решился с своим малочисленным войском противиться Иоанну и удалился. Город за городом сдавались царю и его воеводам, с одной стороны, королю Магнусу - с другой. Но скоро между ними возникло неудовольствие: Магнус стал требовать, что уже время ему, названному королю ливонскому, войти во владение всеми местами, которые заняты были русскими; но до Иоанна доходили уже вести о сношении Магнуса с польским королем и герцогом Курляндским, и потому на требование Магнуса он отвечал: "Хочешь брать у нас города - бери: мы здесь от тебя близко, ты об этих городах не заботься: их и без тебя берегут. Приставов в твои городки, сколько бог помощи подаст, пошлем, а деньги у нас - сухари, какие случились. Если не захочешь нас слушать, то мы готовы, а тебе от нас нашу отчину отводить не следовало. Если тебе нечем на Кеси жить, то ступай в свою землю за море, а еще лучше сослать тебя в Казань если поедешь за море, то мы свою вотчину, Лифляндскую землю, и без тебя очистим". Велев своим воеводам занять города, которыми овладел Магнус, и приблизившись к Вендену, где находился сам ливонский король, Иоанн приказал ему явиться к себе; Магнус отправил к нему сперва двоих послов, но Иоанн велел их высечь и отослать назад в Венден. Жители этого города умоляли Магнуса, чтоб не раздражал царя дальнейшим бесполезным сопротивлением, ехал бы к нему сам и умолил за себя и за них. Магнус поехал в царский стан, впустивши прежде русских ратных людей в город, но замок не был сдан. Увидавши Иоанна, Магнус бросился перед ним на колени и просил о помиловании. "Если б ты не был королевским сыном, - отвечал ему Иоанн, - то я бы научил тебя, как мне противиться и забирать мои города". Магнуса отдали под стражу. В это время немцы, укрывшиеся в Венденском замке начали стрелять; одно ядро чуть-чуть не задело самого царя; тогда Иоанн поклялся, что не оставит в живых ни одного немца в Вендене. Уже три дня продолжалась осада замка; осажденных видели, что далее защищаться нельзя, и решились взорвать себя на воздух, чтоб не ждать мучительной смерти и не видать, как татары будут бесчестить их жен и дочерей. Духовенство одобрило это решение, и 300 человек, большею частию благородного происхождения, заперлись в комнате, под которую подкатили четыре бочки пороха; приобщившись святых таин, зажгли порох и взлетели на воздух. Жители города испытали то, от чего осажденные в крепости избавились добровольною смертию.