Неудовольствием, возбужденным опричниною, хотели воспользоваться враги Москвы, и неудавшиеся попытки их повели к новым казням, содействовали еще более утверждению опричнины. Какой-то Козлов, родом из московских областей, поселился в Литве, женился здесь, отправлен был гонцом от Сигизмунда-Августа к Иоанну и дал знать королю, что успел склонить всех вельмож московских к измене; отправленный вторично в Москву, Козлов вручил от имени короля и гетмана Ходкевича грамоты князьям Бельскому, Мстиславскому, Воротынскому и конюшему боярину Ивану Петровичу Челяднину с приглашением перейти на сторону короля. Грамоты были перехвачены; Иоанн велел написать или, вернее, сам написал от имени означенных бояр бранчивые ответы королю и гетману, которые и были отправлены с Козловым. Бельский, Мстиславский, Воротынский успели выпутаться из беды; не успел старик Челяднин и был казнен вместе с женою и соумышленниками: князем Иваном Куракиным-Булгаковым, Дмитрием Ряполовским, троими князьями ростовскими, Петром Щенятевым, Турунтаем-Пронским, казначеем Тютиным. Мы видели, что этот Челяднин участвовал в возмущении народа против Глинских после пожара; князья ростовские возбудили против себя гнев Иоанна с тех пор, как хотели всем родом отъехать в Литву после болезни царя; во время этой болезни князья Петр Щенятев и Турунтай-Пронский выказали себя явными приверженцами князя Владимира Андреевича (1568 г.).
Мы видели, как духовенство русское могущественно содействовало утверждению единовластия; но когда московские единовластители вступили в последнюю борьбу с остатками старины, с притязаниями князей и дружины, то духовенство приняло на себя священную обязанность - среди этой борьбы сдерживать насилие, не допускать торжествующее начало употреблять во зло свою победу; усердно помогая московскому государю сломить притязания князей и членов дружины, духовенство в то же время брало этих князей и членов дружины под свой покров, блюло над их жизнию как членов церкви; так утвердился обычай, что митрополит и вообще духовенство печаловались за опальных и брали их на поруку. Митрополит Макарий, получивший митрополию вследствие торжества Шуйских, являлся по просьбе молодого Иоанна ходатаем пред Шуйскими за Воронцова, причем подвергался оскорблениям; он пережил Шуйских, пережил волнения, последовавшие за их падением, умел не сталкиваться с Сильвестром и, если верить Курбскому, защищал последнего при его на дении, видел возобновление казней и умер в 1563 году; он хотел несколько раз оставить митрополию, но был удерживаем царем и владыками. Преемником Макария был монах Чудова монастыря Афанасий" бывший прежде духовником государевым. Выговаривая себе неограниченное право казнить своих лиходеев, учреждая опричнину, Иоанн жаловался на духовенство, что оно покрывало виновных, и требовал у него отречения от обычая печаловаться. Афанасий был свидетелем учреждения опричнины, получил позволение отпечаловать боярина Яковлева, князя Воротынского и в 1566 году оставил митрополию по болезни. В преемники Афанасию был назначен Герман, архиепископ казанский; но беседы его, по словам Курбского, не понравились любимцам Иоанновым; Германа отстранили и вызвали соловецкого игумена Филиппа, сына боярина Колычева; Филипп объявил, что он согласится быть митрополитом только под условием уничтожения опричнины; Иоанн рассердился; наконец Филипп уступил убеждениям, что его обязанность нейти прямо против царской воли, но утолять гнев государя при каждом удобном случае. Филипп дал запись: "В опричнину ему и в царский домовый обиход не вступаться, а после поставленья за опричнину и за царский домовый обиход митрополии не оставлять". Но, отказавшись от вмешательства в опричнину, Филипп не отказался от права печаловаться. Начались казни вследствие дела Козлова; опричнина буйствовала; вельможи, народ умоляли митрополита вступиться в дело; он знал, что народ привык видеть в митрополите печальника, и не хотел молчать. Тщетно Иоанн избегал свиданий с митрополитом, боясь печалований; встречи были необходимы в церквах, и здесь-то происходили страшные сцены заклинаний. "Только молчи, одно тебе говорю: молчи, отец святый! - говорил Иоанн, сдерживая дух гнева, который владел им. - Молчи и благослови нас!" Филипп: "Наше молчание грех на душу твою налагает и смерть наносит". Иоанн: "Ближние мои встали на меня, ищут мне зла; какое дело тебе до наших царских советов?" Филипп: "Я пастырь стада Христова!" Иоанн: "Филипп! Не прекословь державе нашей, чтоб не постиг тебя гнев мой, или лучше оставь митрополию!" Филипп: "Я не просил, не искал чрез других, не подкупом действовал для получения сана: зачем ты лишил меня пустыни?" Царь выходил из церкви в большом раздумье, это раздумье было страшно опричникам; они решили погубить Филиппа и нашли сообщников между духовными, во владыках новгородском, суздальском, рязанском, благовещенском протопопе, духовнике царском; последний явно и тайно носил речи неподобные Иоанну на Филиппа; отправились в Соловецкий монастырь, привезли оттуда преемника Филиппова, игумена Паисия, доносы которого легли в основание обвинений на суде соборном; защитников Филиппу не было, все молчало. 8 ноября 1568 года опричники с бесчестием вывели Филиппа из Успенского собора, народ бежал за ним со слезами. Местом изгнания для Филиппа назначен был Тверской Отроч монастырь. В 1,369 году, проезжая Тверь на походе на Новгород, Иоанн заслал к Филиппу одного из самых приближенных опричников, Малюту Скуратова, взять благословение; но Филипп не дал его, говоря, что благословляют только добрых и на доброе; опричник задушил его. Так пал непобежденным великий пастырь русской церкви, мученик за священный обычай печалования. На место Филиппа возведен был троицкий архимандрит Кирилл.