Волгою отправились под Астрахань стрельцы с своими головами Черемисиновым и Тетериным, козаки с атаманом Колупаевым и вятчане с главным головою Писемским. Атаман Ляпун Филимонов предупредил их, напал на Дербыша, побил у него много людей, много взял в плен и стал дожидаться Черемисинова с товарищами. Языки сказывали, что крымский хан прислал в Астрахань 700 татар и 300 янычар с пушками и пищалями. В сентябре, когда царь по обыкновению был у Троицы для празднования дня святого Сергия (25 числа), пришло донесение от Черемисинова: приехал он в Астрахань, а город пуст: царь и люди выбежали, разогнанные атаманом Ляпуном; головы сели в Астрахани, город укрепили и пошли к морю, нашли суда все астраханские, посекли их и пожгли, а людей не нашли: люди скрылись далеко на берегу. Пошли в другой раз Писемский и Тетерин, нашли царя от берега верст с 20, напали на него ночью и побили многих людей; наутро собрался царь Дербыш с мурзами ногайскими и крымскими и со всеми астраханцами; русские пошли назад. Дербыш преследовал их и бился, идучи весь день до Волги. После этого Дербыш начал пересылаться с Черемисиновым, бил челом, что изменил государю неволею, чтоб государь ему милость показал; вместе со всеми астраханцами поклялся, что поедут в город и будут служить государю. Головы в ожидании прихода астраханцев укрепились в городе, чтобы можно было сидеть бесстрашно, по Волге козаков и стрельцов расставили, отняли всю волю у ногаев, у астраханцев отняли все рыбные ловли и перевозы. Дербыш не приходил в город по обещанию, клятве своей изменил, отводил его от государя крымский воевода, присланный от Девлет-Гирея, да Юсуфовы дети. Но последние недолго оставались на крымской стороне: началась опять резня между ногаями, три дня бились друг с другом два рода - Юсуфовы дети с Шиг-Мамаевыми детьми, и следствием было то, что Юсуфовы дети помирились с дядею Измаилом, убийцею отца их, и прислали бить челом к русским головам, что хотят служить государю, как служит ему дядя их Измаил, будут кочевать у Астрахани, а дурного ничего делать не будут; головы приняли их челобитье, дали им суда, на чем ехать к Измаилу и на чем кормиться на Волге. Вследствие такого переворота в степной политике судьба Астрахани решилась так, что московскому стрельцу, сидевшему в астраханском кремле, не нужно было заряжать своей пищали: Юсуфовы дети бросились на старого союзника своего Дербыша и прогнали его, отняли крымские пушки и прислали их к Черемисинову в Астрахань; Дербыш побежал к Азову и не возвращался более; черные люди астраханцы начали после этого приходить к головам, присягать и бить челом, чтоб государь пожаловал, велел жить по-старому у Астрахани и дань давать, казнить бы их не велел: они люди черные, водил их царь и князья неволею; много астраханцев развели также ногаи в то время, как те бегали от русского войска.
Так устья Волги окончательно закрепились за Москвою. Из астраханского кремля московский стрелецкий голова легко наблюдал за ногаями, которые просили только позволения кочевать безопасно под Астраханью, ловить рыбу на Волге и торговать беспрепятственно. Государь велел козацкому атаману Ляпуну Филимонову утвердиться на Волге у переволоки, а сотскому Кобелеву - на реке Иргызе для оберегания ногаев от русских и крымских козаков, также для перевозки послов. Усобицы, не перестававшие между кочевниками, ручались и за будущую безопасность этих застепных русских владений: сыновья Юсуфа недолго нажили в мире с дядею Измаилом; осенью 1557 года они согнали его с княжения, но это событие не повело ни к какой перемене в отношениях ногаев к русскому правительству: старший из Юсуфовых детей, ставши князем, поклялся в верности государю и объявил: укрепится он на княжении - будет служить царю и великому князю; сгонят ли его - все же он государев холоп, и другой надежды у него нет ни на кого; а за то бы государь на него не сердился, что он разбранился с Измаилом: у них прошла кровь, Измаил отца у них убил.
Причина, почему ногаи так боялись Москвы, известна; в стане у сыновей Юсуфовых говорили: "Если государь царь даст Измаилу пищальников, то ногаи все пропали; государь взял всю Волгу до самого моря, скоро возьмет и Сарайчик, возьмет весь Яик, Шамаху, Дербент, и нам всем быть от него взятым. Наши книги говорят, что все бусурманские государи русскому государю поработают". Русские посланцы доносили: "Ногаи изводятся; людей у них мало добрых, и те голодны необычно и пеши; не верят друг другу и родные братья; земля их пропала, друг друга грабят". Измаил, который прежде хотел писаться отцом Иоанну, теперь должен быть согласиться писать Иоанна государем; вместе с московским послом убеждали его к этому собственные его люди, бывавшие в Москве послами и знавшие могущество царя; они говорили Измаилу: "Не стыдись, князь Измаил! Пиши белого царя государем: немцы посильнее тебя, да и у них государь все города побрал". Измаил опять осилил племянников, но старший из них, Юнус, отъехал на службу в Москву; русский посол доносил: "Ногаи все пропали, немного их с Измаилом осталось, да и те в розни: Измаил сильно боится Юнуса, потому что все улусные люди Юнуса очень любят и желают видеть его на юрте, а, кроме Юнуса, юрта держать некому. Измаил не юртный человек, да и стар уже; улусы у него мятутся, грозят ему, хотят в Крым бежать". В 1562 году Измаил писал царю: "Прежде братство и дружба твоя к нам была; прежде ты нам говорил, что если возьмешь Казань, то нам ее отдашь; ты Казань взял, а нам ее не отдал. Потом Астрахань взял, хотел и ее также нам отдать и не отдал. Волга пала в море 66-ю устьями, и этими реками всеми ты владеешь: бью челом, дай мне одну из них, Бузан! Станут говорить: у друга своего, белого царя, одной реки не мог выпросить! И твоему и моему имени добрая ли то слава? Твоим жалованьем держу у себя слуг своих. Голодны мы и в нужде большой, неоткуда нам деньгу взять: пожаловал бы ты, прислал 400 рублей". Царь отвечал: "Того слова не бывало, что будто мы хотели тебе Астрахань отдать. А о Бузане мы сыскивали и нашли, что исстари по Бузан был рубеж астраханский; и ты б велел людям своим кочевать по своей стороне Бузана, а за Бузан не переходить". Измаил просил, чтоб царь вывел из Астрахани враждебных ему князей; Иоанн отвечал: "Этих князей скоро нам вывести нельзя потому: как взяли мы Астрахань, то астраханским князьям свое жалованное слово молвили, чтоб они от нас разводу и убийства не боялись. Так чтоб в других землях не стали говорить: вера вере недруг и для того христианский государь мусульман изводит. А у нас в книгах христианских писано: не велено силою приводить к нашей вере. Бог судит в будущем веке, кто верует право или неправо, а людям того судить не дано".